Theo Quyết định, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng chuyên ngành của Tổng cục Hải quan là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Cục Tài vụ - Quản trị, hoạt động theo nguyên tắc tự đảm bảo về kinh phí hoạt động.

Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng chuyên ngành của Tổng cục Hải quan hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ công tác, tổ chức bộ máy, quản lý viên chức, người lao động và quản lý tài chính theo Quy chế tổ chức và hoạt động được người có thẩm quyền thành lập Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng chuyên ngành của Tổng cục Hải quan phê duyệt theo quy định của pháp luật.

Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng chuyên ngành của Tổng cục Hải quan có tư cách pháp nhân đầy đủ, được sử dụng con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng thương mại theo quy định của pháp luật...