Theo quy định, nhiều đối tượng sẽ được miễn phí hải quan và lệ phí đối với hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh. Cụ thể, hàng viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại, quà tặng cho cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị, xã hội và cá nhân trong định mức miễn thuế đều thuộc diện miễn. Quà biếu, quà tặng vì mục đích nhân đạo, từ thiện; đồ dùng của tổ chức, cá nhân nước ngoài theo quy chế miễn trừ ngoại giao; hành lý mang theo người cũng được áp dụng chính sách này.

Đối với hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới trong định mức miễn thuế, người dân cũng không phải nộp phí, lệ phí. Tương tự, phương tiện vận tải của cư dân biên giới được quản lý theo phương thức mở sổ theo dõi, không phải sử dụng tờ khai.

Ngoài ra, các loại hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh, xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh được miễn phí và lệ phí theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên hoặc theo cam kết của Chính phủ.

Mức thu phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh được quy định chi tiết trong Biểu mức thu ban hành kèm theo Thông tư. Các mức thu này được xây dựng trên cơ sở bảo đảm tính minh bạch, phù hợp với thực tiễn hoạt động hải quan và hài hòa với các cam kết quốc tế.

Thông tư nêu rõ, người nộp phí, lệ phí có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ tài chính khi đăng ký tờ khai đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh; khi phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh. Đối với hàng hóa tạm xuất, tái nhập theo quy định tại Nghị định số 64/2020/NĐ-CP, tổ chức, cá nhân cũng phải nộp phí khi được cấp sổ ATA. Bên cạnh đó, khi nộp đơn đề nghị kiểm tra, giám sát hàng hóa có yêu cầu bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ, gia hạn thời hạn áp dụng biện pháp kiểm tra, giám sát hoặc tạm dừng thủ tục hải quan đối với hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ, người nộp đơn phải nộp phí, lệ phí theo quy định.

Thông tư cho phép người nộp phí, lệ phí lựa chọn hình thức nộp bằng tiền mặt hoặc thanh toán không dùng tiền mặt. Phí sẽ được nộp vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách nhà nước của cơ quan Hải quan tại Kho bạc nhà nước, trong khi lệ phí nộp trực tiếp vào ngân sách nhà nước. Đối với trường hợp đăng ký tờ khai nhiều lần trong tháng, nghĩa vụ nộp phí, lệ phí phải hoàn thành chậm nhất vào ngày 10 của tháng tiếp theo, căn cứ trên danh sách tờ khai do cơ quan Hải quan thông báo.

Việc ủy nhiệm thu phí, lệ phí được thực hiện theo quy định của Luật Quản lý thuế năm 2019 và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP. Theo đó, tổ chức được ủy nhiệm thu có trách nhiệm nộp toàn bộ lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước, đồng thời nộp phí vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của cơ quan hải quan tại Kho bạc Nhà nước theo hợp đồng ủy nhiệm thu và các quy định pháp luật liên quan.

Thông tư số 86/2025/TT-BTC được kỳ vọng sẽ góp phần tăng cường hiệu quả quản lý nhà nước trong lĩnh vực hải quan, đồng thời hỗ trợ các tổ chức, cá nhân trong việc thực hiện thủ tục nhanh chóng, thuận lợi và minh bạch hơn.