Theo Tổng cục Hải quan, điểm b khoản 3 Điều 30 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP quy định Danh mục miễn thuế gửi qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan Hải quan (Hệ thống VNACCS). Trường hợp hệ thống gặp sự cố và trường hợp máy móc, thiết bị phải nhập khẩu làm nhiều chuyến, không trừ lùi được số lượng tại thời điểm nhập khẩu thì thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy.

Cũng tại điểm c khoản 3 Điều 31 Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại khoản 14 Điều 1 Nghị định 18/2021/NĐ-CP quy định hệ thống xử lý dữ liệu điện tử tự động trừ lùi số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế. Trường hợp Danh mục miễn thuế bản giấy, cơ quan Hải quan thực hiện cập nhật và trừ lùi sổ lượng hàng hóa xuất nhập khẩu tương ứng với số lượng hàng hóa trong Danh mục miễn thuế; điểm b khoản 7 Điều 31 Nghị định 134/2016/NĐ-CP quy định chủ dự án thông báo Danh mục miễn thuế, nhận thông tin phản hồi của cơ quan Hải quan thông qua hệ thống (trừ trường hợp chưa thực hiện được bằng phương thức điện tử).

Bên cạnh đó, tại khoản 2 Điều 18 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính, quy định về việc một tờ khai được khai báo tối đa 50 dòng hàng, trường hợp quá 50 dòng hàng thì người khai hải quan khai trên nhiều tờ khai hải quan.

Đối chiếu với các quy định hiện hành, theo Tổng cục Hải quan, Danh mục miễn thuế được thông báo trên Hệ thống VNACCS, trường hợp hệ thống gặp sự cố, thì thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy. Trường hợp máy móc, thiết bị phải nhập khẩu làm nhiều chuyến, không trừ lùi được số lượng tại thời điểm nhập khẩu (gọi tắt là tổ hợp, dây chuyền) thì thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy.

Tại Nghị định 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP không quy định trường hợp Danh mục miễn thuế điện tử đã nhập khẩu một phần hàng hóa được phép dừng sử dụng trên hệ thống để chuyển sang thông báo Danh mục miễn thuế bản giấy đối với lượng hàng hóa còn lại.

Cũng theo Tổng cục Hải quan, để đảm bảo việc trừ lùi số lượng chính xác hàng hóa nhập khẩu theo Danh mục miễn thuế đã thông báo, Hệ thống VNACCS không cho phép người khai sử dụng Danh mục miễn thuế khi Danh mục này đang được sử dụng ở tờ khai hai quan khác chưa được thông quan (nguyên tắc này giống như trường hợp sử dụng Danh mục miễn thuế, phiếu theo dõi trừ lùi bản giấy: kết thúc trừ lùi ở tờ khai hải quan này mới thực hiện trừ lùi cho tờ khai hải quan khác).

Trường hợp tờ khai hải quan nhập khẩu hàng hóa phải kiểm tra chất lượng chưa thông quan, để có thể tiếp tục đăng ký tờ khai hải quan mới có sử dụng cùng Danh mục miễn thuế, thì doanh nghiệp sử dụng nghiệp vụ IDA01 gọi lại tờ khai hải quan chưa được thông quan đó, sửa các chỉ tiêu liên quan đến Danh mục miễn thuế: Mã miễn thuế, số Danh mục miễn thuế, số dòng tương ứng trong Danh mục miễn thuế (theo đó không khai báo tại các chỉ tiêu này).

Sau đó, doanh nghiệp có thể đăng ký tờ khai hải quan tiếp theo có sử dụng Danh mục miễn thuế đã thông báo với cơ quan Hải quan. Khi có kết quả kiểm tra chất lượng của cơ quan có thẩm quyền, doanh nghiệp sử dụng nghiệp vụ IDA01 để sửa lại tờ khai hải quan của lô hàng đang chờ kết quả kiểm tra chất lượng và khai báo đầy đủ các chỉ tiêu trên hệ thống.