Tại buổi Họp báo chuyên đề giới thiệu về hoàn thuế giá trị gia tăng điện tử, hoá đơn điện tử được tổ chức sáng ngày 25/11/2016, đại diện lãnh đạo Tổng cục Thuế đã trả lời những băn khoăn của người nộp thuế và báo chí về quy trình tiếp nhận và trả kết quả hoàn thuế của cơ quan thuế.

Theo đó, đại diện Tổng cục Thuế cho biết, cơ quan Thuế thực hiện tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, đồng thời, gửi thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử ngay sau khi người nộp thuế gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử.

Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế sẽ tự động cập nhật hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử vào hệ thống quản lý thuế tập trung (TMS) để xử lý. Hệ thống TMS tự động thực hiện kiểm tra các quy tắc nghiệp vụ cơ bản trên Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước của người nộp thuế.

Nếu cập nhật thành công, hệ thống TMS chuyển trạng thái xử lý hồ sơ đến Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để tạo Thông báo về việc xác nhận nộp và thời gian trả kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế điện tử gửi người nộp thuế.

Trong trường hợp cập nhật không thành công do lỗi từ phía người nộp thuế, hệ thống TMS sẽ tạo Thông báo hồ sơ chưa đủ thủ tục, cơ quan Thuế thực hiện các thủ tục ban hành Thông báo và chuyển thành văn bản điện tử gửi người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trong khi đó, nếu cập nhật không thành công do lỗi từ phía cơ quan Thuế thì cơ quan Thuế có trách nhiệm xác định lỗi phát sinh để xử lý hồ sơ hoàn thuế điện tử.

Trong trường hợp hồ sơ hoàn thuế cần giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, cơ quan Thuế thực hiện các thủ tục ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu và chuyển thành văn bản điện tử gửi người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Nếu hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan Thuế thực hiện các thủ tục ban hành Thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau/Quyết định kiểm tra thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Đồng thời, cơ quan thuế sẽ chuyển thành văn bản điện tử gửi người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế và cập nhật thời hạn xử lý hồ sơ trên hệ thống TMS.

Kết thúc quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan Thuế ban hành Quyết định hoàn thuế, Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Thông báo về việc không được hoàn Thuế và chuyển thành văn bản điện tử gửi người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.