Theo Tổng cục Thuế, để triển khai thực hiện Nghị quyết 36a/NQ-CP về Chính phủ điện tử, Tổng cục Thuế đã ban hành kế hoạch hành động với nhiều nhiệm vụ cụ thể nhằm tiếp tục phát triển các ứng dụng hiện đại hoá hệ thống Thuế, đáp ứng yêu cầu cải cách thủ tục hành chính (TTHC), giảm số giờ tuân thủ về thuế, cải thiện môi trường kinh doanh, nâng cao năng lực cạnh tranh quốc gia.

Nhờ những đổi mới, cải cách đó, hệ thống khai thuế qua mạng hiện tại đã được triển khai theo mô hình tập trung tại Tổng cục Thuế, hỗ trợ người nộp thuế khai hầu hết tất cả các tờ khai phát sinh, tờ khai bổ sung, tờ khai quyết toán, báo cáo tài chính, báo cáo hóa đơn của các sắc thuế. Kết quả tính đến ngày 21/10, Hệ thống khai thuế qua mạng đã được triển khai cho 63 Cục Thuế và 100% các Chi cục Thuế trực thuộc. Cả nước đã có trên 559.815 doanh nghiệp (DN) kê khai qua mạng (đạt 99,76% trên tổng số 561.142 DN đang hoạt động). Đồng thời, thực hiện tiếp nhận và xử lý hơn 34 triệu hồ sơ kê khai thuế điện tử.

Đối với dịch vụ nộp thuế điện tử, Tổng cục Thuế đang tiếp tục phối hợp với 43 ngân hàng thương mại hoàn thành kết nối triển khai dịch vụ nộp thuế điện tử với Tổng cục Thuế và 63 Cục Thuế, đồng thời tuyên truyền, vận động DN tham gia sử dụng dịch vụ. Tính đến 21/10, đã có trên trên 541.282 DN đã đăng ký sử dụng dịch vụ với cơ quan Thuế (đạt tỷ lệ 96,46%) và trên 523.756 DN hoàn thành đăng ký dịch vụ với ngân hàng (đạt tỷ lệ 93,34%) với tổng số tiền nộp thuế điện tử trong năm 2016 là trên 355.519 tỷ đồng và gần 2 triệu giao dịch nộp thuế điện tử.

Việc triển khai hệ thống cấp hóa đơn điện tử có mã xác thực cũng được chú trọng. Tổng cục Thuế đang hỗ trợ 249 DN triển khai tại 2 Cục Thuế là Hà Nội và TP.Hồ Chí Minh trong việc đăng ký và xuất hóa đơn điện tử có xác thực. Hiện đã xác thực được 2.012.129 hóa đơn với số tiền thuế đã được xác thực  trên 669 tỷ đồng.

Theo Tổng cục Thuế, những tháng cuối năm, ngành Thuế sẽ tiếp tục phát triển các ứng dụng đáp ứng yêu cầu triển khai chính sách thuế mới và quy trình quản lý thuế mới nhằm đơn giản hoá thủ tục hành chính, giảm số giờ tuân thủ về thuế cho người nộp thuế. Cùng với đó sẽ hoàn thiện, xử lý vướng mắc trong quá trình triển khai hệ thống TMS, đồng thời nâng cấp, triển khai hệ thống trao đổi thông tin giữa cơ quan Thuế và cơ quan liên quan.

Mục tiêu quan trọng nhất được Tổng cục Thuế đặt ra là tập trung cải cách hành chính, rút ngắn quy trình xử lý, chuẩn hóa, giảm số lượng và đơn giản hóa nội dung hồ sơ theo hướng xử lý hồ sơ điện tử. Song song với đó là đổi mới nâng cao ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý, công khai minh bạch hoạt động quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế trên môi trường mạng, nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động, phục vụ người dân và DN.

Ngành Thuế phấn đấu đến hết năm 2016 đạt ít nhất 90% thực hiện bằng phương thức điện tử về cả 3 chỉ tiêu (số DN đang quản lý thuế trên địa bàn; số chứng từ nộp thuế; số tiền thuế thu được trên địa bàn quản lý). Đồng thời xây dựng và triển khai hầu hết các dịch vụ công ở mức độ 3 và được cung cấp trực tuyến thông qua môi trường mạng. Đến năm 2017, một số dịch vụ công phổ biến, liên quan đến nhiều người dân, DN được cung cấp ở mức độ 4. Trong đó tập trung vào các lĩnh vực: Thanh toán thuế, phí và lệ phí, miễn, giảm, hoàn thuế và cung cấp các dịch vụ thuế điện tử hỗ trợ người nộp thuế.