Các chợ đầu mối này không chỉ tập trung ở khu vực cận đô, mà còn phát triển ở các huyện có tiềm năng về sản xuất, hạ tầng giao thông đồng bộ kết nối với nội đô và các vùng phụ cận.

Chợ đầu mối sẽ được đầu tư xây dựng đồng bộ, hiện đại, bảo đảm vệ sinh môi trường, có hệ thống kiểm soát an toàn vệ sinh thực phẩm gắn với chế biến và kênh phân phối hiện đại; nông sản an toàn được kiểm soát từ các chợ đầu mối, sau đó mới đưa tới hệ thống cửa hàng tiện ích, chợ dân sinh...

Mới có 20% các loại nông sản, thực phẩm tại Hà Nội được phân phối qua hệ thống các siêu thị, cửa hàng chuyên doanh, cửa hàng tiện ích… 80% còn lại được phân phối, tiêu thụ thông qua các chợ đầu mối (kiểu cũ), chợ dân sinh, khiến việc kiểm soát an toàn thực phẩm gặp khó khăn. Bên cạnh đó, việc xây dựng chợ cũng còn gặp khó khăn trong khâu đền bù, giải phóng mặt bằng nên các doanh nghiệp cũng không mấy "mặn mà" với việc đầu tư phát triển hệ thống chợ nói chung, chợ nông thôn và chợ đầu mối tiêu thụ nông sản an toàn nói riêng. 

Để khắc phục những vấn đề trên, việc quản lý quy hoạch chợ tại một số địa phương cần được coi trọng hơn. Cùng với đó, để chợ đầu mối hoạt động hiệu quả, kinh doanh nề nếp, bảo đảm an toàn vệ sinh thực phẩm… thì từ cấp cơ sở cần có biện pháp mạnh xử lý các chợ cóc, chợ tạm tràn lan như hiện nay.

Ông Tạ Văn Tường, Phó Giám đốc Sở NN&PTNT Hà Nội cho biết, cùng với mở rộng kênh phân phối nông sản thực phẩm qua hệ thống siêu thị, cửa hàng tiện ích, cửa hàng chuyên doanh nông sản thực phẩm, việc củng cố chợ đầu mối, chợ truyền thống, chợ dân sinh đáp ứng yêu cầu về giao thương, vệ sinh an toàn thực phẩm là đòi hỏi bức thiết.

Việc mở rộng hệ thống phân phối nông sản an toàn nhằm kiểm soát đồng bộ, hiệu quả hoạt động này đang được Hà Nội gấp rút thực hiện. Hiện công tác quy hoạch, triển khai dự án đang được thành phố gấp rút triển khai với sự giúp đỡ, tư vấn của nhiều tổ chức nước ngoài, có kinh nghiệm quản lý chợ hiện đại.