Theo đó, tổng vốn thực hiện Chương trình mục tiêu đầu tư phát triển hệ thống y tế địa phương giai đoạn 2016 - 2020 là 19.829 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn nhưng không vượt quá 22.500 tỷ đồng).

Trong đó, vốn đầu tư phát triển ngân sách trung ương là 2.389 tỷ đồng (điều chỉnh tăng thêm khi có nguồn nhưng không vượt quá 5.060 tỷ đồng); Vốn ODA và viện trợ 4.940 tỷ đồng; Vốn ngân sách địa phương và xổ số kiến thiết 10.000 tỷ đồng; Nguồn vốn khác 2.500 tỷ đồng.

Chương trình cũng đặt ra mục tiêu phấn đấu đến năm 2020, góp phần đạt chỉ tiêu 26,5 giường bệnh/10.000 dân; tiếp tục tập trung đầu tư, hoàn thành 64 dự án chuyển tiếp đã được đầu tư trong giai đoạn 2011- 2015 nhưng chưa hoàn thành do thiếu vốn và triển khai thực hiện tối thiểu 28 dự án khởi công mới trong giai đoạn 2016 - 2020 và tăng lên khi được bổ sung nguồn ngân sách trung ương nhưng tối đa không quá 52 dự án.