Tại Nghị quyết số 105/NQ-CP, Chính phủ giao cho Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành nghiên cứu, rà soát, đánh giá để đề xuất việc cần thiết sửa đổi, bổ sung Nghị định số 132/2020/NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết trong quý IV/2023.

Theo Kiểm toán nhà nước (KTNN), việc quản lý thuế đối với các giao dịch liên kết gặp nhiều khó khăn do cơ chế, chính sách chưa hoàn thiện, còn bất cập, ngay cả quy trình thanh tra giao dịch liên kết cũng chưa được ban hành, cơ sở dữ liệu của các doanh nghiệp (DN) có giao dịch liên kết cũng chưa được xây dựng đầy đủ…

Quyết toán thuế khi có giao dịch liên kết là việc doanh nghiệp khi có phát sinh với các bên có quan hệ liên kết thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ kê khai cũng như nghĩa vụ lập hồ sơ trong giao dịch liên kết. Đây là vấn đề đang được nhiều doanh nghiệp quan tâm.

Tính đến hết tháng 9/2021, toàn ngành Thuế chỉ thực hiện được 46.752 cuộc thanh kiểm tra, bằng 51,1% kế hoạch. Tổng số tiền kiến nghị xử lý qua thanh tra, kiểm tra là 34.040,08 tỷ đồng bằng 80,79% so với cùng kỳ năm 2020.

Tại Thông tư số 45/2021/TT-BTC, ngày 18/6/2021, Bộ Tài chính đã hướng dẫn cụ thể việc áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Thông tư đã đưa ra một số nội dung mới về quyền, nghĩa vụ, trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế trong việc áp dụng APA.

Theo số liệu thống kê của Tổng cục Thuế, tính đến 15/8/2021, toàn ngành Thuế đã thực hiện được 41.172 cuộc thanh tra, kiểm tra, đạt 39,75% kế hoạch năm 2021, bằng 99,82% so với cùng kỳ năm 2020. Trong đó, đã tiến hành thanh tra, kiểm tra 186 doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết;  truy thu, truy hoàn và phạt 527,01 tỷ đồng.

Có hiệu lực từ ngày 03/8/2021, Thông tư số 45/2021/TT-BTC, ngày 18/6/2021, Bộ Tài chính đã hướng dẫn cụ thể việc áp dụng cơ chế Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị áp dụng cơ chế Thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) song phương hoặc đa phương, người nộp thuế có trách nhiệm thông báo với bên liên kết thuộc phạm vi đề nghị áp dụng APA để đề nghị cơ quan thuế đối tác liên lạc và xúc tiến việc trao đổi, đàm phán với Tổng cục Thuế.

Theo quy định của pháp luật thuế, khi xác định 02 doanh nghiệp có mối quan hệ liên kết thì giao dịch phát sinh giữa 2 doanh nghiệp này là giao dịch liên kết và phải thực hiện kê khai xác định giá giao dịch liên kết theo quy định.

Mới đây, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 132/2020/NĐ-CP quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Nghị định quy định cụ thể các trường hợp người nộp thuế được miễn kê khai, miễn lập Hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.