Để giải đáp vấn đề mà Liên đoàn Địa chất và Khoáng sản biển băn khoăn, Cục Thuế TP. Hà Nội đã viện dẫn các căn cứ liên quan gồm: Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế; Điều 3 Luật Thuế GTGT quy định về đối tượng chịu thuế GTGT; Thông tư liên tịch số 55/20215/TTLT-BTC-BKHCN ngày 22/4/2015 của Bộ Khoa học và Công nghệ; Công văn số 3901/TCT-CS ngày 29/8/2016 và Công văn số 1863/TCT-CS ngày 5/5/2016 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về thuế GTGT; Khoản 7 Điều 3 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính; Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.

Cụ thể, trường hợp hóa đơn chưa giao cho người mua, nếu phát hiện hóa đơn lập sai, người bán gạch chéo các liên và lưu giữ số hóa đơn lập sai. Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua nhưng chưa giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ hoặc hóa đơn đã lập và giao cho người mua, người bán và người mua chưa kế khai thuế nếu phát hiện sai phải hủy bỏ, người bán và người mua lập biên bản thu hồi các liên của số hóa đơn đã lập sai. Biên bản thu hồi hóa đơn phải thể hiện được lý do thu hồi hóa đơn. Người bán gạch chéo các liên, lưu giữ số hóa đơn lập sai và lập lại hóa đơn mới theo quy định.

Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người ban và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời, người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót.

Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế GTGT… tiền thuế GTGT cho hóa đơn số…, ký hiệu… Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm.

Căn cứ Điểm 2.1 Khoản 2 Phụ lục 4 hướng dẫn lập hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ đối với một số trường hợp sau: Tổ chức nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế bán hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, đối tượng được miễn thuế GTGT thì sử dụng hóa đơn GTGT, trên hóa đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất, số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ…

Căn cứ các quy định trên, Cục Thuế TP. Hà Nội hướng dẫn Liên đoàn Địa chất và Khoáng sản biển thực hiện như sau:

Một là, trường hợp Liên đoàn là đơn vị sự nghiệp công lập, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế có thu nhập từ việc thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học phù hợp với hướng dẫn tại Luật Khoa học và Công nghệ bằng nguồn kinh phí ngân sách nhà nước, thì việc thực hiện đề tài nghiên cứu khoa học không thuộc đối tượng điều chỉnh của Luật Thuế GTGT.

Liên đoàn Địa chất và Khoáng sản biển phải lập hóa đơn GTGT khi thực hiện đề tài nghiên cứu khoa học, trên hóa đơn GTGT chỉ ghi dòng giá bán là giá thanh toán, dòng thuế suất, số thuế GTGT không ghi và gạch bỏ.

Hai là, trường hợp Liên đoàn ký Hợp đồng thuê khoán chuyên môn số 05/2019/HĐ-KHCN-KC.09/16-20 ngày 31/5/2019 với Viện Tài nguyên môi trường và phát triển bền vững thực hiện nội dung: Đo địa chấn nâng phân giải cao để liên kết tài liệu trong vùng đề tài; lập và luận giải các mặt cắt địa chất- địa vật lý, hình thái đáy các phân vị thuộc Pliocen-đệ tứ của đề tài KHCN KC.09/16-20 thì nếu các bên đã thanh lý hợp đồng, thanh toán và bên bán đã lập hóa đơn theo quy định, nhưng sau đó chủ đầu tư chấp thuận trả kinh phí cho hợp đồng ít hơn số tiền trên hóa đơn đã lập thì Liên đoàn và Viện thực hiện xử lý đối với hóa đơn đã lập theo hướng dẫn quy định tại Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.

Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung đối với hồ sơ khai thuế đã lập có sai sót theo hướng dẫn quy định tại Điều  47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.