Hiện nay, Luật Quản lý thuế mới chỉ quy định những nội dung liên quan đến hoàn thuế, gồm: Các trường hợp thuộc diện hoàn thuế: Hồ sơ hoàn thuế; trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế; công chức quản lý thuế trong việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; trách nhiệm của cơ quan quản lý thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Trong thực tế triển khai đã phát sinh một số vướng mắc. Đầu tiên phải kể đến các trường hợp hoàn thuế. Luật Quản lý thuế đang quy định hoàn nộp thừa theo một số Luật thuế như: Xuất nhập khẩu, Thu nhập cá nhân, Tiêu thụ đặc biệt và các luật thuế khác. Theo cách diễn giải như vậy sẽ không bao quát hết các trường hợp hoàn nộp thừa. Theo cơ quan Thuế, để bảo đảm tính khái quát về trường hợp hoàn thuế, cần thiết gom thành 2 trường hợp được hoàn thuế là hoàn theo pháp luật thuế Giá trị gia tăng và hoàn nộp thừa đối với trường hợp người nộp thuế có số đã nộp lớn hơn số phải nộp.

Đối với việc phân loại hồ sơ kiểm tra trước hoàn, Luật Quản lý thuế quy định cụ thể một số trường hợp phải kiểm tra trước hoàn như hoàn lần đầu, hoàn miễn trừ ngoại giao, hoàn với doanh nghiệp chuyển đổi mô hình tổ chức, không thực hiện giao dịch thanh toán qua ngân hàng, không giải trình bổ sung thông tin trong hồ sơ hoàn thuế… Do đó, sẽ có nhiều trường hợp phải kiểm tra trước hoàn, trong khi cơ quan Thuế không đủ nguồn lực thực hiện và chưa theo nguyên tắc quản lý rủi ro, dẫn đến tính thực thi của luật chưa cao. Vì vậy, cơ quan Thuế cho rằng nên chuyển một số tiêu chí tại luật hiện hành thành các yếu tố rủi ro để tính điểm, phân loại mức độ rủi ro khi giải quyết hoàn thuế. Đối với các trường hợp có rủi ro cao thì thuộc diện phân loại kiểm tra trước hoàn thuế.

Ngoài ra, trong vấn đề thẩm quyền quyết định hoàn thuế, hiện Luật Quản lý thuế giao cục trưởng Cục Thuế hoặc thủ trưởng cơ quan quản lý thu có thẩm quyền quyết định hoàn thuế, không phân biệt theo thẩm quyền phê duyệt của dự án đầu tư, độ lớn khoản được hoàn hoặc mức độ phức tạp đòi hỏi chuyên môn cao của một số trường hợp giải quyết hoàn.

Theo Bộ Tài chính, để bảo đảm việc kiểm soát hoàn tiền thuế từ ngân sách nhà nước chặt chẽ, đúng đối tượng, giảm thiểu rủi ro mất thuế, cần thiết có quy định phân cấp trách nhiệm thủ trưởng cơ quan tài chính, cơ quan thuế được quyền quyết định hoàn thuế.

Bộ Tài chính cho rằng, Luật Quản lý thuế cần hoàn thiện các quy định về hoàn thuế với mục tiêu: Áp dụng nguyên tắc quản lý rủi ro trong giải quyết hoàn thuế dựa trên cơ sở dữ liệu thông tin về người nộp thuế qua công tác quản lý của cơ quan Thuế và thu thập từ các cơ quan khác có liên quan. Cũng cần phải phân cấp thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế của thủ trưởng cơ quan các cấp (Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế, Cục Thuế…), bảo đảm tăng cường giám sát và trách nhiệm trong việc giải quyết hoàn thuế, quyết định chi tiền từ ngân sách nhà nước cho người nộp thuế. Đồng thời phải cải cách thủ tục hành chính trong giải quyết hoàn thuế, rõ ràng về cơ chế trách nhiệm trong giải quyết hoàn thuế.

Để làm được điều đó, cần phải rà soát, hoàn thiện quy trình giải quyết hoàn thuế theo hướng điện tử hoá từ khâu tiếp nhận, trả kết quả giải quyết hoàn thuế đến các khâu tác nghiệp cụ thể trong nội bộ hệ thống ngành thuế; Rà soát các quy định của pháp luật có liên quan để đề xuất sửa đổi phù hợp với quy định  mới. Nhất là việc phải hoàn thiện hệ thống ứng dụng công nghệ thông tin, xây dựng cơ sở dữ liệu liên quan đến giải quyết hoàn thuế, tích hợp thông tin về tình hình kê khai, nộp thuế, tuân thủ pháp luật thuế, áp dụng cơ chế quản lý rủi ro trong giải quyết hoàn thuế.

Trước thực tế đó, tại Tờ trình đề nghị xây dựng Luật Quản lý thuế sửa đổi, Bộ Tài chính đã đề nghị: Sửa đổi quy định tại Điều 57, Điều 58, Điều 59, Điều 60 Luật Quản lý thuế theo nguyên tắc: Quy định 2 trường hợp được giải quyết hoàn thuế: Hoàn thuế theo Luật thuế Giá trị gia tăng và hoàn nộp thừa; áp dụng nguyên tắc rủi ro trong việc phân loại hồ sơ hoàn thuế, phân công cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế và lựa chọn trường hợp thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế.

Đồng thời bổ sung quy định về hồ sơ hoàn thuế theo hướng cải cách thủ tục hành chính đối với một số trường hợp hoàn thuế nộp thừa, giao Chính phủ quy định cụ thể hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp được hoàn thuế. Ngoài ra, Luật Quản lý thuế sửa đổi sẽ được bổ sung quy định về thẩm quyền giải quyết, ban hành quyết định theo mức tiền đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế, theo quy mô, thẩm quyền cấp giấy chứng nhận đầu tư của dự án đầu tư.