Công ty TNHH Công nghiệp Chính xác Việt Nam 1 hỏi, DN có vốn 100% đầu tư nước ngoài (DN thường) có bị truy thu thuế tồn dương cho hàng sản xuất XK (tồn kho thực tế nhiều hơn tồn hồ sơ hải quan – chạy thanh khoản). Khi phần này có XK và DN đã mở tờ khai loại hình E62 thì DN sẽ xin hoàn thuế ở đâu? Tại nơi chi cục mở tờ khai XK E62 hay tại cơ quan truy thu thuế?. Nếu hoàn tại chi cục mở tờ khai thì sẽ vướng mắc là số thuế hoàn này thì sẽ trích từ tài khoản nào? Số tiền phạt 20% do tồn dương này có được xin hoàn khi xuất khẩu không?

Tổng cục Hải quan trả lời: Về việc hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa NK để sản xuất, kinh doanh nhưng đã đưa vào sản xuất hàng hóa XK và đã XK sản phẩm đã được quy định tại Điểm d, Khoản 1, Điều 19, Luật Thuế XK, thuế NK, Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ. Nếu DN nộp thừa tiền phạt sẽ được hoàn trả theo quy định.

Công ty TNHH TM Vietslar hỏi, khi DN không có mua bán trong nước mà XK 100% thì có được hoàn thuế hay không?  DN NK hàng từ nước ngoài, giao cho DN trong khu vực phi thuế quan gia công, sau đó XK. Như vậy, DN đóng 2 lần thuế GTGT NK làm cho số thuế GTGT đầu vào còn khấu trừ quá lớn. Đề nghị Tổng cục Hải quan cho giải pháp xử lý?

Về vấn đề DN đề nghị, Tổng cục Hải quan cho biết căn cứ Khoản 3, Điều 1, Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2016 thì: “4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ XK

a) ...

b) Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa NK sau đó XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan, Nghị định số 01/2015/NĐ-CP ngày 2/1/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành phạm vi địa bàn hoạt động hải quan, trách nhiệm phối hợp trong phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và các văn bản hướng dẫn”.

Căn cứ Khoản 2, Điều 1, Nghị định 146/2017/NĐ-CP ngày 15/12/2017 của Chính phủ có hiệu lực thi hành từ ngày 1/2/2018 thì: “Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT đối với trường hợp: Hàng hóa NK sau đó XK mà hàng hóa XK đó không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan; hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của pháp luật về hải quan”.

Công ty TNHH FUJI SEAL Việt Nam có làm thủ tục hoàn thuế GTGT Tờ khai sản xuất XK tại Cục Thuế Bình Dương và được hoàn thuế GTGT đó, nhưng sau đó, Cục Thuế Bình Dương có công văn cho biết là thuế GTGT của tờ khai nhập sản xuất XK phải hoàn ở cơ quan Hải quan đăng ký. DN đã nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT cho tờ khai sản xuất XK tại Hải quan Thủ Dầu Một, nhưng cơ quan này thông báo chưa thể hoàn vì có công văn mật của Tổng cục Hải quan.

DN cho rằng, từ khi DN tiến hành nộp hồ sơ cho đến nay đã hơn một năm vẫn chưa có câu trả lời nào cho việc hoàn thuế GTGT của tờ khai sản xuất XK. DN muốn biết khi nào vấn đề hoàn thuế của DN được thực hiện?

Về việc này, ngày 14/12/2017, Tổng cục Hải quan đã có Công văn số 8168/TCHQ-TXNK trả lời Công ty TNHH Fuji Seal Việt Nam.

Theo đó, căn cứ Khoản 1, Điều 156, Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật thì: "Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng từ thời điểm bắt đầu có hiệu lực. Văn bản quy phạm pháp luật được áp dụng đối với hành vi xảy ra tại thời điểm mà văn bản đó đang có hiệu lực. Trong trường hợp quy định của văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực trở về trước thì áp dụng theo quy định đó".

Căn cứ Khoản 20, Điều 5, Luật Thuế GTGT thì nguyên liệu NK để sản xuất, gia công hàng hóa XK theo hợp đồng sản xuất, gia công XK ký kết với các bên nước ngoài thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Căn cứ Khoản 13, Điều 1, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế; Khoản 1, Điều 29, Nghị định 83/2013/NĐ-CP; Điểm a, Khoản 1, Điều 49, Thông tư 38/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính quy định về tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa;

Căn cứ Khoản 3, Điều 11, Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế thì: "Cơ sở kinh doanh trong tháng, qúy có hàng hóa, dịch vụ XK nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa NK để sản xuất XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan".

Cũng tại Khoản 6, Điều 1, Nghị định 100/2016/NĐ-CP thì: "Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa NK sau đó XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn".

Theo hướng dẫn tại Điểm d1, Khoản 2, Điều 129, Thông tư 38/2015/TT-BTC thì: "Người nộp thuế chưa phải kê khai, nộp thuế GTGT của số lượng nguyên liệu, vật tư NK để sản xuất hàng XK còn tồn kho, chưa đưa vào sản xuất sản phẩm nhưng chưa XK sản phẩm trên cơ sở kết quả kiểm tra theo quy định tại Điều 59 Thông tư này. Trường hợp đã nộp thuế GTGT trước ngày thông tư này có hiệu lực thì khi thực tế XK sản xuất sản phẩm từ thiên nhiên, vật tư NK, người nộp thuế được hoàn lại tiền chậm nộp thuế GTGT (nếu có) theo hướng dẫn tại Điều 49 Thông tư này".

Công văn số 18304/BTC-TCHQ ngày 16/12/2014 có hướng dẫn về hoàn trả thuế GTGT hàng NK nộp nhầm, nộp thừa như sau:

Đối với tờ khai XK trước ngày 1/7/2016: Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan nhưng chưa được cơ quan Thuế hoàn (hoặc đã nộp NSNN số tiền thuế thu hồi theo quyết định truy thu của cơ quan Thuế) thì cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế GTGT cho người nộp thuế.

Trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế GTGT đối với hàng hóa NK để sản xuất XK cho cơ quan Hải quan, số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Thuế hoàn thì cơ quan Thuế không thực hiện thu hồi số tiền thuế GTGT đã hoàn.

Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK với cơ quan Thuế nhưng chưa được hoàn thì cơ quan Thuế hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh lại số thuế GTGT đã nộp thừa khâu NK và không tính tiền chậm nộp trong trường hợp kê khai điều chỉnh giảm với cơ quan Thuế số tiền thuế GTGT của hàng hóa NK để sản xuất XK đã kê khai thuế GTGT đầu vào khâu NK với cơ quan Thuế số thuế GTGT đã được cơ quan Thuế ban hành quyết định hoàn thuế, số thuế GTGT đã nộp theo quyết định thu hồi hoàn của cơ quan Thuế, tổng hợp chi tiết đề nghị cơ quan Hải quan hoàn thuế GTGT theo trường hợp hoàn nộp thừa thuế GTGT tại khâu NK.

Trên cơ sở kiến nghị của người nộp thuế, cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan phối hợp với người nộp thuế để xác định chi tiết theo từng tờ khai NK về số tiền thuế GTGT đã nộp cho cơ quan Hải quan; số tiền thuế GTGT đã được cơ quan Thuế hoàn, số tiền thuế GTGT còn lại chưa được hoàn, số tiền thuế GTGT đề nghị cơ quan Hải quan tiếp tục hoàn.

Đối với các tờ khai XK phát sinh từ ngày 1/7/2016 trở đi, việc xử lý thuế GTGT đối với hàng hóa NK sau đó XK (bao gồm cả hàng hóa NK để sản xuất XK) thực hiện theo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt, Luật Quản lý thuế; Nghị định 100/2016/NĐ-CP; Thông tư 130/2016/TT-BTC và các văn bản hướng sửa đổi, bổ sung.

Công ty TNHH may thêu Thuận Phương thắc mắc, DN thỏa mãn đầy đủ điều kiện để miễn thuế theo Khoản 2, Điều 12, Nghị định 134/2016/NĐ-CP (có cơ sở sản xuất hàng sản xuất XK trên lãnh thổ Việt Nam, có sở hữu máy móc thiết bị và có thực hiện báo cáo cơ sở sản xuất theo Luật Hải quan 2014). DN có các đơn hàng vượt quá công suất nhà máy nên phải đem gia công lại một phần đơn hàng (hoặc do tiến độ giao hàng gấp dù đơn hàng không vượt năng lực sản xuất). DN hỏi, phần nguyên liệu NK được đem gia công sản phẩm hoàn chỉnh các cơ sở sản xuất trong nước, sản phẩm sau gia công được XK cùng sản phẩm công ty tự sản xuất thì phần nguyên liệu này có được miễn thuế NK hay không?

Trước mắt, Tổng cục Hải quan đề nghị DN thực hiện theo đúng quy định tại Điều 12 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ.

Đồng thời Tổng cục Hải quan ghi nhận vướng mắc của DN để có đánh giá tổng thể và kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xem xét sửa đổi, bổ sung chính sách cho phù hợp.