Hệ thống giao dịch trực tuyến của HNX áp dụng cho thị trường UPCoM có các đặc điểm cũng tương tự như hệ thống đã áp dụng cho thị trường cổ phiếu niêm yết. Giao dịch trực tuyến cho phép hệ thống giao dịch của các công ty chứng khoán thành viên kết nối trực tiếp với hệ thống giao dịch của HNX để thực hiện giao dịch chứng khoán, tự động hóa và rút ngắn quá trình nhận lệnh, xử lý và xác nhận giao dịch của nhà đầu tư. Lệnh giao dịch của nhà đầu tư được nhập trực tiếp vào hệ thống của HNX thông qua hệ thống máy chủ của công ty chứng khoán, kết quả và thông tin giao dịch được trả tức thời về hệ thống của công ty chứng khoán. Thời gian truyền lệnh được rút ngắn rất nhiều so với phương thức nhập lệnh thủ công trước đây. Giao dịch trực tuyến còn đảm bảo tính ổn định, an toàn dữ liệu, tránh nhầm lẫn, giảm thiểu sai sót trong quá trình nhập lệnh, nhất là ở thời điểm thị trường giao dịch sôi động. Việc đưa vào áp dụng hệ thống giao dịch trực tuyến sẽ hỗ trợ cho các công ty chứng khoán (CTCK) trong việc giảm thiểu nhân sự cho việc nhập lệnh (đặc biệt với việc thị trường UPCoM kéo dài thời gian giao dịch từ 13h30  đến 15h00). Đồng thời, hệ thống máy trạm phục vụ cho việc nhập lệnh bằng tay cũng được dẹp bỏ, các CTCK không còn bị ràng buộc về không gian nhập lệnh như trước đây.

 Ngay trong ngày đầu tiên áp dụng hệ thống giao dịch trực tuyến cho thị trường UPCoM sẽ có 62 CTCK tham gia kết nối với hệ thống này. Các CTCK thành viên còn lại sẽ được kết nối trong thời gian sắp tới sau khi đảm bảo được các yêu cầu về kỹ thuật và cơ sở hạ tầng theo quy định của HNX.