Sau hơn 2 năm triển khai, Luật thuế SDĐPNN đã đạt được những kết quả khả quan. Thế nhưng, quá trình thực hiện Luật thuế SDĐPNN cũng bộc lộ những bất cập, phát sinh vướng mắc, gây khó khăn cho công tác quản lý sắc thuế này.

Theo ông Lê Hoàng Sử, Chi cục trưởng Chi cục thuế TP. Bà Rịa, Luật thuế SDĐPNN cho phép người sử dụng đất có đất ở nhiều nơi (huyện, thị, thành phố trong cùng một tỉnh) được quyền lựa chọn nơi kê khai thuế tổng hợp ở nơi thuận lợi nhất về vị trí đất, hạn mức đất ở, giá đất... để tính nộp thuế. Nhưng vấn đề này cũng không phải dễ, nếu như trên cùng một thửa đất có cả đất thổ cư, đất vườn, đất ở sử dụng vượt hạn mức... thì việc xác định từng loại đất để tính thuế thực sự rối rắm trong khi Luật quy định đến 3 mức thuế suất: 0,03% - 0,07% - 0,15%; riêng đối với đất lấn chiếm là 0,2%. Việc áp dụng mức thuế suất nào, cách tính đất trong hạn mức, ngoài hạn mức ra sao là bài toán khó cho việc tự kê khai thuế, nhất là đối với một bộ phận nông dân chưa đủ khả năng tự tính toán kê khai nộp thuế.

Ông Đặng Văn Hùng, Chi cục trưởng Chi cục thuế huyện Tân Thành cho biết, nhiều trường hợp chủ sử dụng đất sang nhượng đất phi nông nghiệp trên địa bàn cho người ở địa phương khác, nhưng hai bên không làm thủ tục chuyển đổi quyền sử dụng đất. Tình trạng này gây khó khăn cho công tác xác minh chủ đất, kê khai tính thuế, lập bộ để thu thuế.

Quy định về miễn thuế đối với đất xây dựng nhà tình nghĩa (nhà đại đoàn kết) cũng đang khiến người dân và cơ quan quản lý chưa đồng thuận. Cụ thể, quyết định cấp quyền sử dụng nhà tình nghĩa không ghi diện tích đất ở, nhưng trong giấy chứng nhận quyền sử dụng đất có diện tích lớn hơn hạn mức đất ở. Như vậy, vấn đề đặt ra là diện tích miễn thuế có được tính cho toàn bộ thửa đất, hay chỉ trong hạn mức đất ở, hoặc chỉ riêng cho diện tích xây dựng nhà tình nghĩa? Mặt khác, trường hợp người được cấp nhà tình nghĩa đã chết, để lại cho người thừa kế tiếp tục sử dụng nhà và quyền sử dụng đất ở thì người thừa kế có tiếp tục được hưởng chính sách miễn thuế?

Bà Thái Thị Mộng Hoàng, Giám đốc Công ty TNHH Phúc An cho rằng, doanh nghiệp (DN) có dự án đầu tư hiện phải nộp “thuế trùng” cho việc sử dụng đất. Trên cùng một diện tích đất thực hiện dự án, DN đã trả tiền thuê đất hàng năm cho Nhà nước, nhưng vẫn phải nộp thêm khoản thuế SDĐPNN (mặc dù không nhiều) là bất hợp lý. Bà Mộng Hoàng đề nghị sửa đổi, bổ sung quy định các dự án thuê đất và nộp tiền thuê đất hàng năm không thuộc đối tượng điều chỉnh của Luật thuế SDĐPNN, bởi nghĩa vụ tài chính với Nhà nước đã thực hiện theo hợp đồng thuê đất với cơ quan thẩm quyền.

Vấn đề đang gây lãng phí trong quản lý thuế SDĐPNN là chi phí cho công tác tổ chức thu cao hơn số thuế thu được. Theo quy định, mức thu thuế SDĐPNN tính theo bảng giá đất do UBND tỉnh ban hành. Thực tế cho thấy, nhiều nơi có giá đất thấp từ vài trăm ngàn đồng đến dưới 500 ngàn đồng/m2 (như đất ở khu dân cư nông thôn tại các tuyến đường do xã, huyện quản lý; đất hẻm ở các tuyến đường loại 4, loại 5 thuộc vị trí 4, vị trí 5 khu vực dân cư đô thị).

Với giá đất thấp, cùng với diện tích đất tính thuế nhỏ, đồng thời được hưởng chính sách giảm thuế thì số thuế phải nộp của mỗi thửa có khi chỉ vài ngàn đồng/năm. Trong khi đó, cơ quan thuế phải chi nhiều hơn cho công tác quản lý thu như: Tổ chức việc kê khai thuế, in thông báo thuế, phát hành thông báo thuế, chi trả thù lao thu - nộp, quyết toán thuế... Do đó, đối với ngưỡng có mức thuế phải nộp từ 10 ngàn đồng/năm trở xuống, nên được bổ sung quy định thuộc đối tượng miễn thuế để tránh lãng phí.