Theo Tổng cục Hải quan, hiện tại, có 05 Thông tư liên tịch hướng dẫn thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia, cụ thể:

- Thông tư liên tịch số 178/2015/TTLT-BTC-BNNPTNT-BTNMT-BYT ngày 12/11/2015 của Bộ Tài chính, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Y tế  hướng dẫn thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia có hiệu lực thi hành từ ngày 27/12/2015;

- Thông tư liên tịch số 64/2016/TTLT-BTC-BVHTTDL ngày 25/4/2016 giữa Bộ Tài chính và Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch hướng dẫn thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia đối với thủ tục thẩm định nội dung đồ chơi trẻ em nhập khẩu thuộc phạm vi quản lý chuyên ngành của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch có hiệu lực thi hành ngày 15/6/2016;

- Thông tư liên tịch số 77/2016/TTLT-BTC-BKHCN ngày 03/6/2016 giữa Bộ Tài chính và Bộ Khoa học công nghệ hướng dẫn thực hiện cơ chế một cửa quốc gia đối với thủ tục kiểm tra nhà nước về chất lượng đối với hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam thuộc trách nhiệm quản lý của Bộ Khoa học và Công nghệ có hiệu lực ngày 15/6/2016;

- Thông tư liên tịch số 80/2016/TTLT-BTC-BTTTT ngày 13/6/2016 giữa Bộ Tài chính và Bộ Thông tin truyền thông hướng dẫn thực hiện cơ chế một cửa quốc gia trong lĩnh vực thông tin và truyền thông có hiệu lực thi hành ngày 31/7/2016;

- Thông tư liên tịch số 89/2016/TTLT-BTC-BCT ngày 23/6/2016 giữa Bộ Tài chính và Bộ Công Thương hướng dẫn thực hiện Cơ chế một cửa quốc gia có hiệu lực thi hành ngày 20/8/2016.

Nội dung chính của 05 Thông tư liên tịch nêu trên như sau:

1. Quy định về mô hình kết nối và cơ chế ra quyết định trong Cơ chế một cửa quốc gia

- Cơ chế một cửa quốc gia: Là một hệ thống tích hợp, bao gồm: Cổng thông tin một cửa quốc gia, hệ thống thông quan của Cơ quan hải quan, hệ thống xử lý chuyên ngành của các Bộ.

- Cổng thông tin một cửa quốc gia là điểm trung gian kết nối, tiếp nhận và chia sẻ thông tin với các hệ thống công nghệ thông tin của các Bộ. Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin của người khai, chuyển thông tin tới các hệ thống xử lý chuyên ngành, nhận kết quả và phản hồi kết quả tới người khai và các hệ thống xử lý chuyên ngành.

 - Việc ra quyết định trên Cơ chế một cửa quốc gia được thực hiện tuần tự theo thứ tự ra quyết định của các cơ quan xử lý. Cơ quan ra quyết định cuối cùng đối với việc thông quan hàng hóa (Hải quan) thực hiện trên cơ sở các quyết định của các cơ quan xử lý chuyên ngành chuyển tới một cách kịp thời thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia.

- Các quy trình trao đổi của Cơ chế một cửa quốc gia được thiết kế nhằm tạo thuận lợi cho sự di chuyển liên tục của thông tin từ người khai tới Cổng thông tin một cửa và tới các hệ thống xử lý chuyên ngành và ngược lại. 

2. Quy định quy trình khai, tiếp nhận, trao đổi và phản hồi thông tin trên Cổng thông tin một cửa quốc gia

Các Thông tư liên tịch trên điều chỉnh một số nội dung liên quan đến thực hiện khai, sửa đổi, bổ sung thông tin khai và nộp các chứng từ trong hồ sơ hành chính một cửa thông qua Cơ chế một cửa quốc gia, cụ thể:

Các chứng từ điện tử thực hiện thủ tục hành chính theo quy định gồm:

- Thông tin khai dưới các hình thức: Tờ khai, đơn đăng ký, đăng ký, xác nhận đăng ký hoặc loại khác để thực hiện thủ tục hành chính trong danh mục các thủ tục hành chính một cửa;

- Kết quả xử lý của cơ quan xử lý dưới các hình thức: Quyết định thông quan, giải phóng hàng hoặc đưa hàng hóa về bảo quản, giấy phép, xác nhận hoặc kết quả xử lý khác tương ứng với thủ tục hành chính trong danh mục các chứng từ điện tử;

- Thông báo chấp nhận hoặc từ chối hoặc yêu cầu sửa đổi, bổ sung thông tin khai trên Cơ chế một cửa quốc gia.

Thông tư không điều chỉnh với các chứng từ khác thuộc hồ sơ để thực hiện thủ tục hành chính một cửa. Hình thức và nội dung của các chứng từ khác trong hồ sơ để thực hiện các thủ tục hành chính một cửa tuân thủ các quy định pháp luật hiện hành đối với thủ tục hành chính nêu trên.

3. Quy định về đăng ký tài khoản người sử dụng Cổng thông tin một cửa quốc gia

- Trường hợp người khai đã được các Bộ cấp tài khoản truy cập các hệ thống xử lý chuyên ngành hiện có thì người khai lựa chọn sử dụng một trong các tài khoản đó để truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia. Để sử dụng tài khoản truy cập, người khai truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia tại địa chỉ https://vnsw.gov.vn và thực hiện đăng ký tài khoản sử dụng trên Cổng thông tin một cửa quốc gia theo các thông tin quy định theo Mẫu ban hành kèm theo Thông tư liên tịch.

Đơn vị quản lý Cổng thông tin một cửa quốc gia chịu trách nhiệm hướng dẫn người khai về việc sử dụng tài khoản đã đăng ký để truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia trong trường hợp có vướng mắc phát sinh.

- Trường hợp người khai chưa có tài khoản người sử dụng, việc đăng ký tài khoản người sử dụng trên Cổng thông tin một cửa quốc gia sẽ được thực hiện như sau: Người khai truy cập Cổng thông tin một cửa quốc gia tại địa chỉ https://vnsw.gov.vn và thực hiện đăng ký thông tin hồ sơ trên Cổng thông tin một cửa quốc gia theo các thông tin quy định.

Theo quy định tại các Thông tư liên tịch, Cổng thông tin một cửa quốc gia có chức năng tiếp nhận chứng từ điện tử và các thông tin có liên quan, xác thực chữ ký số của người khai và các cơ quan xử lý. Chuyển chứng từ điện tử, thông tin khác của người khai đến cơ quan xử lý, tổ chức đánh giá sự phù hợp được chỉ định do DN lựa chọn, đồng thời lưu trữ thông tin từ người khai trên Cổng thông tin một cửa quốc gia nhằm mục đích tra cứu, thống kê.

Tiếp nhận thông báo từ các cơ quan xử lý. Trả các chứng từ điện tử cho người khai. Trao đổi kết quả xử lý giữa các cơ quan xử lý. Lưu trữ trạng thái của các giao dịch điện tử được thực hiện trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, lưu trữ các chứng từ điện tử. Cung cấp một số chức năng báo cáo, thống kê số liệu theo yêu cầu từ các cơ quan xử lý và người khai.

4. Quy định về Cổng thông tin một cửa quốc gia

Quy định về Cổng thông tin một cửa quốc gia bao gồm các nội dung:

- Các chức năng cơ bản của hệ thống như tiếp nhận, gửi, nhận và phản hồi thông tin, lưu trữ chứng từ gốc, chuyển đổi chứng từ, trạng thái giao dịch..

- Đối tượng được truy cập, thẩm quyền và mức độ truy cập vào Cổng thông tin một cửa quốc gia.

- Quy định về bảo đảm an toàn thông tin, dữ liệu.

- Đơn vị quản lý Cổng thông tin một cửa quốc gia.

- Quy định về trách nhiệm của các Bộ đối với quản lý, vận hành Cổng thông tin một cửa quốc gia.

- Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin khai điện tử từ người khai, xác thực chữ ký số (nếu có), chuyển toàn bộ thông tin (bao gồm cả chữ ký số trong trường hợp người khai sử dụng chữ ký số) đến hệ thống xử lý chuyên ngành đồng thời lưu trữ thông tin từ người khai trên Cổng thông tin một cửa quốc gia nhằm mục đích tra cứu, thống kê.

5. Quy định về việc sử dụng chữ ký số để thực hiện các thủ tục hành chính một cửa

Hiện tại, chữ ký điện tử đã được áp dụng cho các thủ tục hành chính đang triển khai chính thức thông qua Cơ chế một cửa quốc gia để tăng cường tính bảo mật trong thực hiện các giao dịch điện tử trong Cơ chế một cửa quốc gia. Cụ thể, như sau:

- Cổng thông tin một cửa quốc gia tiếp nhận thông tin, chứng từ; xác thực chữ ký số của người khai; gửi toàn bộ thông tin khai (bao gồm cả chữ ký số) đến hệ thống xử lý chuyên ngành của các Bộ.

- Việc đăng ký chữ ký số, quy định về hồ sơ, thủ tục đăng ký sử dụng chữ ký số do Đơn vị quản lý Cổng thông tin một cửa quốc gia quy định.

- Người khai phải đăng ký lại với Đơn vị quản lý Cổng thông tin một cửa quốc gia các thông tin theo quy định trong các trường hợp sau: Các thông tin đã đăng ký có sự thay đổi, gia hạn chứng thư số, thay đổi cặp khóa, tạm dừng chứng thư số. Thủ tục đăng ký lại được thực hiện tương tự đăng ký mới.

6. Quy định về trao đổi thông tin giữa các Bộ, ngành

Quy định về cơ chế phối hợp và trao đổi thông tin giữa các cơ quan để thực hiện các thủ tục hành chính trong Cơ chế một cửa quốc gia gồm: Nguyên tắc trao đổi thông tin, nội dung, hình thức, tần suất trao đổi; quản lý, sử dụng các thông tin trao đổi giữa các cơ quan, đơn vị đầu mối thực hiện việc cung cấp, trao đổi thông tin của các Bộ trong Cơ chế  một cửa quốc gia.