Theo đó, đối với những vấn đề mà Cục Thuế tỉnh Thanh Hóa nêu ra tại Công văn số 853/CT-KT3 ngày 13/3/2017 về việc xin ý kiến trước khi xử lý về thuế liên quan đến chứng từ thanh toán đối với mua hàng trả chậm, Tổng cục Thuế có ý kiến trả lời như sau:

Thứ nhất, về khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) trong trường hợp mua hàng hoá trả chậm:

Về khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp mua hàng hoá trả chậm giai đoạn từ 1/1/2014 đến trước ngày 15/11/2014:Tại Khoản 6 Điều 1 Luật Thuế GTGT số 31/2013/QH13 quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau: Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hoá, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.

Bên cạnh đó, tại Khoản 2 Điều 9 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT (có hiệu lực từ ngày 1/1/2014) quy định về điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ, hóa đơn GTGT và chứng từ không dùng tiền mặt của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31/12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31/12, nếu không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTGT đầu và phải kê khai, điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ.”

Về khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp mua hàng hoá trả chậm từ ngày 15/11/2014: Tại Khoản 2 Điều 2 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ (có hiệu lực từ ngày 15/11/2014) và tại Khoản 8 Điều 3 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 quy định về việc thanh toán hàng hoá trả chậm như sau: "Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hàng hóa dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào."

Để cắt giảm thủ tục hành chính giúp người nộp thuế không còn phải điều chỉnh nhiều lần việc tăng, giảm số thuế GTGT được khấu trừ, tại Nghị định số 91/2014/NĐ-CP đã không còn quy định “Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng hoặc đến ngày 31/12 hàng năm đối với trường hợp thời điểm thanh toán theo hợp đồng sớm hơn ngày 31/12, nếu không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế GTG đầu vào và phải kê khai, điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ” (đã quy định tại Khoản 2 Điểu 9 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP) và tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 tiếp tục giữ nguyên nội dung thay thế nêu trên.

Tại Điều 10, Thông tư 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung điểm c Khoản 3 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC; và Tại điểm c khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính quy định về việc thanh toán hàng hoá trả chậm như sau: "Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ 20 triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn GTGT và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp khi thanh toán, cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được khấu trừ đối với phần giá trị hàng hóa, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt (kể cả trong trường hợp cơ quan thuế và các cơ quan chức năng đã có quyết định thanh tra, kiểm tra kỳ tính thuế có phát sinh thuế GTGT đã kê khai, khấu trừ).

Như vậy, căn cứ quy định nêu trên, từ ngày 15/11/2014 khi Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 có hiện lục thi hành thì trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Đến thời hạn thanh toán ghi trong hợp đồng cơ sở kinh doanh vẫn chưa thanh toán cho khách hàng nên chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh chưa phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã kê khai khấu trừ.

Khi thanh toán thực tế, nếu cơ sở kinh doanh không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng (thanh toán bằng tiền mặt hoặc các hình thức không được xác định là thanh toán quan ngân hàng) thì cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được khấu trừ tương ứng với phần giá trị hàng hoá, dịch vụ không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng vào kỳ tính thuế phát sinh việc thanh toán bằng tiền mặt.

Thứ hai, về thủ tục giải quyết kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước:

Về việc kê khai bổ sung và xử lý vi phạm về thuế đối với doanh nghiệp theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, ngày 23/9/2009, Bộ Tài chính đã có Công văn số 13479/BTC-TCT gửi Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Theo đó, trường hợp doanh nghiệp không đồng ý với kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước, thì doanh nghiệp phải báo cáo giải trình với Kiểm toán Nhà nước.

Sau khi có báo cáo giải trình của doanh nghiệp, Kiểm toán Nhà nước đã có kết luận về giải trình của doanh nghiệp thì doanh nghiệp phải thực hiện theo kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước.

Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế tỉnh Thanh Hoá căn cứ hướng dẫn tại điểm 4 Công văn số 13479/BTC-TCT ngày 23/9/2009 để hướng dẫn Chi nhánh Công ty Cổ phần Xi măng Công Thanh thực hiện.