Theo đó, thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp nội địa thuê doanh nghiệp chế xuất, gia công hàng hóa được quy định tại Điều 76 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính. Thủ tục hải quan đối với việc xuất khẩu sản phẩm gia công thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 61 Thông tư số 38/2015/TT-BTC, ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính.

Về chính sách thuế, trường hợp tờ khai hải quan phát sinh trước ngày 01/9/2016 (thời điểm Nghị định 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ có hiệu lực thi hành), Khoản 4 Điều 12 Nghị định 87/2010/NĐ-CP ngày 13/08/2010 của Chính phủ quy định: “Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công cho phía Việt Nam được miễn thuế xuất khẩu, khi nhập khẩu trở lại được miễn thuế nhập khẩu trên phần trị giá của hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công theo hợp đồng”.

Điểm c khoản 4 Điều 103 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính quy định: “Hàng hóa xuất khẩu ra nước ngoài để gia công cho phía Việt Nam được miễn thuế xuất khẩu, khi nhập khẩu trở lại Việt Nam thì phải nộp thuế nhập khẩu đối với sản phẩm sau gia công (không tính thuế đối với phần trị giá của vật tư, nguyên liệu đã đưa đi gia công theo hợp đồng gia công đã ký; mức thuế thuế nhập khẩu tính theo sản phẩm sau gia công nhập khẩu; xuất xứ của sản phẩm xác định theo quy định về xuất xứ của Bộ Công Thương)”

Trường hợp tờ khai nhập khẩu trở lại phát sinh trước ngày 01/9/2016, Tổng cục Hải quan nhất trí với đề xuất của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh tiến hành kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Kết quả kiểm tra nếu đủ căn cứ xác định số tiền thuế được hoàn thì xử lý hoàn thuế cho doanh nghiệp theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thực hiện.

Trường hợp tờ khai nhập khẩu trở lại phát sinh từ ngày 01/9/2016 (thời điểm Nghị định 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ có hiệu lực thi hành), Công văn số 6519/BTC-TCHQ ngày 19/05/2017 của Bộ Tài chính quy định, trường hợp doanh nghiệp nội địa ký hợp đồng thuê DNCX gia công sản phẩm mà nguyên liệu, vật tư do doanh nghiệp nội địa cung cấp toàn bộ thì sản phẩm sau gia công khi nhập khẩu trở lại nội địa được miễn thuế nhập khẩu.

Trường hợp sản phẩm sau gia công khi nhập khẩu trở lại nội địa doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu thì cơ quan hải quan xử lý tiền thuế theo quy định tại Điều 49 và Điều 132 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính.