Ngày 6/11/2013, Bộ Tài chính đã có Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ.

Theo đó, tại khoản 3 Điều 18 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn khai tiền thuê đất, thuê mặt nước và thông báo nộp tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định, tiền thuê đất phải nộp của người nộp thuế do cơ quan thuế xác định trên cơ sở hồ sơ kê khai tiền thuê đất của người nộp thuế và ra thông báo cho người nộp thuế biết, nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp cơ quan có thẩm quyền điều chỉnh đơn giá thuê đất, thuê mặt nước thì cơ quan thuế phải xác định lại tiền thuê đất, thuê mặt nước phải nộp và thông báo cho người nộp thuế thực hiện.

Khoản 1, Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC hướng dẫn xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa của người nộp thuế: Tiền thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt được coi là nộp thừa khi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 (mười) năm tính từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước...

Theo Điểm b Khoản 2 Điều 33 Thông tư nêu trên, người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo thứ tự quy định: Bù trừ tự động với số tiền phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo của từng loại thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) quy định của mục lục ngân sách nhà nước.

Trường hợp quá 06 (sáu) tháng kể từ thời điểm phát sinh số tiền thuế nộp thừa mà không phát sinh khoản phải nộp tiếp theo thì thực hiện theo hướng dẫn tại điểm c khoản này...

Căn cứ vào các hướng dẫn trên, Tổng cục Thuế cho biết, trường hợp Ngân hàng TMCP Đầu tư & Phát triển Đắk Lắk đã nộp tiền thuê đất năm 2016 ngày 31/5/2016; sau đó ngày 31/3/2017 Cục Thuế có Thông báo 563/TB-TC điều chỉnh đơn giá theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 09/9/2016 về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước (tại Điểm b, Khoản 2, Điều 4 Thông tư số 333/2016/TT-BTC ngày 26/12/2016 của Bộ Tài chính), dẫn đến Ngân hàng có số tiền thuê đất nộp thừa thì số tiền thuê đất nộp thừa của Ngân hàng được giải quyết theo hướng dẫn tại Điểm b Khoản 2 Điều 33 Thông tư số 156/2013/TT-BTC và thời điểm phát sinh số tiền thuê đất nộp thừa là thời điểm cơ quan thuế ra thông báo điều chỉnh đơn giá đối với Ngân hàng (ngày 31/3/2017).