Theo khoản 3 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2014, mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vận tải quốc tế và hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT quy định tại Điều 5 của Luật này khi xuất khẩu, trừ các trường hợp sau đây: Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của Chính phủ.

Theo khoản 1 Điều 6 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT, thì thuế suất, mức thuế suất 0% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vận tải quốc tế, hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT quy định tại Điều 5 Luật Thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các hàng hóa, dịch vụ quy định tại Điểm đ Khoản này.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

Đối với dịch vụ xuất khẩu bao gồm dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, tiêu dùng trong khu phi thuế quan.

Trường hợp cung cấp dịch vụ mà hoạt động cung cấp vừa diễn ra tại Việt Nam, vừa diễn ra ở ngoài Việt Nam nhưng hợp đồng dịch vụ được ký kết giữa hai người nộp thuế tại Việt Nam hoặc có cơ sở thường trú tại Việt Nam thì thuế suất 0% cung cấp dịch vụ bảo hiểm cho hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất 0% trên toàn bộ giá trị hợp đồng.

Trường hợp, hợp đồng không xác định riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì giá tính thuế được xác định theo tỷ lệ % chi phí phát sinh tại Việt Nam trên tổng chi phí…

Ngoài ra, theo Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ, tại khoản 1, Điều 9 quy định về thuế suất 0% được áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% hướng dẫn tại khoản 3 Điều này.

Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu là hàng hóa, dịch vụ được bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; bán, cung ứng cho tổ chức, cá nhân trong khu phi thuế quan; hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của pháp luật.

Dịch vụ xuất khẩu bao gồm dịch vụ cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở nước ngoài và tiêu dùng ở ngoài Việt Nam; cung ứng trực tiếp cho tổ chức, cá nhân ở trong khu phi thuế quan và tiêu dùng trong khu phi thuế quan.

Trường hợp cung cấp dịch vụ mà hoạt động cung cấp vừa diễn ra tại Việt Nam, vừa diễn ra ở ngoài Việt Nam nhưng hợp đồng dịch vụ được ký kết giữa hai người nộp thuế tại Việt Nam hoặc có cơ sở thường trú tại Việt Nam thì thuế suất 0% trên toàn bộ giá trị hợp đồng.

Trường hợp hợp đồng không xác định riêng phần giá trị dịch vụ thực hiện tại Việt Nam thì giá tính thuế được xác định theo tỷ lệ % chi phí phát sinh tại Việt Nam trên tổng chi phí.

Cơ sở kinh doanh cung cấp dịch vụ là người nộp thuế tại Việt Nam phải có tài liệu chứng minh dịch vụ thực hiện ở ngoài Việt Nam.

Tại khoản 2, Điều 9 quy định về điều kiện áp dụng thuế suất 0% là: Đối với dịch vụ xuất khẩu: Có hợp đồng cung ứng dịch vụ với tổ chức, cá nhân ở nước ngoài hoặc ở trong khu phi thuế quan; Có chứng từ thanh toán tiền dịch vụ xuất khẩu qua ngân hàng và các chứng từ khác theo quy định của pháp luật.

Riêng đối với dịch vụ sửa chữa tàu bay, tàu biển cung cấp cho tổ chức, cá nhân nước ngoài, để được áp dụng thuế suất 0%, ngoài các điều kiện về hợp đồng và chứng từ thanh toán nêu trên, tàu bay, tàu biển đưa vào Việt Nam phải làm thủ tục nhập khẩu, khi sửa chữa xong thì phải làm thủ tục xuất khẩu.

Bên cạnh đó, căn cứ khoản 3 Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/1/2014 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ, quy định về xử lý hóa đơn đã lập thì trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót.

Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế GTGT… tiền thuế GTGT cho hóa đơn số… ký hiệu… Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm.

Do vậy, trường hợp Công ty TNHH Codar Việt Nam thực hiện cung cấp dịch vụ kiểm tra, khảo sát, lắp đặt, bảo dưỡng, sửa chữa các phương tiện, thiết bị liên lạc vô tuyến hàng hải và các thiết bị hỗ trợ hàng hải cho tàu biển quốc tế; cung cấp và thay thế các linh kiện, phụ tùng phục vụ sửa chữa, bảo dưỡng các phương tiện, thiết bị của tàu biển cho các hàng tàu biển quốc tế thì để được áp dụng thuế suất GTGT là 0% đối với dịch vụ xuất khẩu, Công ty TNHH Codar Việt Nam phải đáp ứng các điều kiện quy định tại khoản 2, Điều 9 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính nêu trên.

Trường hợp Công ty TNHH Codar Việt Nam thực hiện xuất hóa đơn GTGT và kê khai sai mức thuế suất thuế GTGT đối với dịch vụ cung cấp cho vận tải quốc tế thì Công ty thực hiện xử lý hóa đơn đã lập theo hướng dẫn tại khoản 3 Điều 20 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính.