1. Về đối tượng không chịu thuế:

Luật thuế GTGT đã bổ sung đối tượng không chịu thuế GTGT: “Bảo hiểm sức khỏe, các dịch vụ bảo hiểm khác liên quan đến con người; các dịch vụ bảo hiểm nông nghiệp khác; bảo hiểm tàu, thuyền; trang thiết bị và các dụng cụ cần thiết khác phục vụ trực tiếp đánh bắt thuỷ sản; Bán tài sản bảo đảm của khoản nợ của tổ chức Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ do Chính phủ thành lập để xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng Việt Nam; Phụ tùng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học”.

Luật thuế GTGT sửa đổi, bổ sung đã chuyển “dịch vụ phục vụ công cộng về vệ sinh, thoát nước đường phố và khu dân cư” từ đối tượng không chịu thuế sang đối tượng chịu thuế suất 10%. Việc chuyển dịch vụ này vào diện chịu thuế GTGT là cần thiết để bảo đảm tính liên hoàn của thuế GTGT, vì trong thực tiễn các doanh nghiệp đã đầu tư lớn cho việc xử lý chất thải, tái chế phế liệu mà sản phẩm đầu ra (phân vi sinh, sản phẩm tái chế từ nhựa, thuỷ tinh,...) chịu thuế GTGT nhưng không được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào. Trường hợp cung cấp hàng hoá, dịch vụ theo phương thức Nhà nước đặt hàng thì Nhà nước bố trí đủ kinh phí để doanh nghiệp nộp thuế.

Ngoài ra, Luật thuế GTGT đã chuyển đổi căn cứ để xác định hàng hoá, dịch vụ không chịu thuế GTGT của hộ, cá nhân kinh doanh có thu nhập thấp từ tiêu thức thu nhập so với mức tiền lương tối thiểu sang tiêu thức doanh thu. Cụ thể: “Hàng hóa, dịch vụ của cá nhân kinh doanh có mức doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT”. Việc chuyển đổi căn cứ này nhằm đảm bảo phù hợp bản chất của thuế GTGT là thu theo hàng hóa và dịch vụ, đồng thời đảm bảo sự ổn định hơn của chính sách so với quy định theo mức lương tối thiểu chung như hiện hành (mức lương tối thiểu thường được Nhà nước điều chỉnh hàng năm) và khắc phục sự phức tạp trong quá trình thực hiện do phải xác định thu nhập của các đối tượng này, tạo thuận lợi hơn cho cơ quan thuế và người nộp thuế trong việc thực thi pháp luật thuế GTGT.

2. Về giá tính thuế GTGT

Bổ sung quy định “giá tính thuế GTGT đối với hàng hoá chịu thuế bảo vệ môi trường là giá bán đã có thuế bảo vệ môi trường nhưng chưa có thuế GTGT”. Việc bổ sung quy định này là để bảo đảm đồng bộ trong hệ thống chính sách thuế và phù hợp với nguyên tắc và thông lệ quốc tế về giá tính thuế GTGT là giá bán cuối cùng chưa có thuế GTGT.

Theo Luật thuế bảo vệ môi trường thì Thuế Bảo vệ môi trường là khoản thuế gián thu tính bằng mức tuyệt đối cộng vào giá bán của hàng hoá chịu thuế do người mua, người nhập khẩu hàng hoá trả. Do vậy trong các khâu sau khâu nộp thuế người bán không thể xác định được số thuế Bảo vệ môi trường trong giá trị hàng hoá khi bán cho khách hàng, không tách được thuế Bảo vệ môi trường khỏi giá tính thuế GTGT.

3. Về thuế suất thuế GTGT

Bổ sung quy định về nguyên tắc xác định hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu áp dụng thuế suất 0% là “Hàng hoá, dịch vụ được tiêu dùng ở ngoài Việt Nam, trong khu phi thuế quan; hàng hoá, dịch vụ cung cấp cho khách hàng nước ngoài theo quy định của Chính phủ”. Việc bổ sung quy định này nhằm đảm bảo phù hợp với thông lệ quốc tế về việc xác định hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được căn cứ vào nơi tiêu dùng hàng hóa, dịch vụ ở nước ngoài, kể cả các loại hình dịch vụ thực hiện trong nước nhưng được sử dụng (tiêu dùng) ở nước ngoài, tránh các trường hợp lách luật (cung cấp dịch vụ cho nước ngoài nhưng thực tế dịch vụ tiêu dùng tại Việt Nam) cũng như giải quyết được vướng mắc cho người nộp thuế (NNT) trong trường hợp dịch vụ được xuất khẩu và được tiêu dùng ngoài Việt Nam nhưng không được xem là xuất khẩu theo quy định hiện hành vì phía nước ngoài này có cơ sở thường trú tại Việt Nam.

Bổ sung mức thuế suất 5% đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở.

4. Về khấu trừ thuế GTGT

Để phù hợp với quy định pháp luật về quản lý thuế đồng thời đảm bảo quyền lợi và tạo thuận lợi cho người nộp thuế, Luật Thuế GTGT đã bỏ khống chế thời hạn (6 tháng) kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn điều chỉnh bổ sung trong trường hợp có sai sót, theo đó “cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế”.

Đồng thời, Luật thuế GTGT cũng bỏ quy định “thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa - dịch vụ chịu thuế GTGT và không chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ” để bảo đảm nhất quán với nguyên tắc chỉ khấu trừ thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT, tránh các trường hợp lợi dụng để trục lợi và góp phần xử lý các vướng mắc trong hoàn thuế GTGT hiện nay.

5. Về ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT và phương pháp tính thuế

a) Ngưỡng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ

Thực tế quản lý thuế hiện có khoảng 550.000 tổ chức kinh tế thuộc diện kê khai và nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Trong đó có khoảng 1/3 là doanh nghiệp có quy mô nhỏ và rất nhỏ, doanh thu chưa tới 1 tỷ đồng/năm, số thu thuế GTGT chiếm khoảng 0,3% tổng thu về thuế GTGT. Đối với hầu hết doanh nghiệp nhỏ, rất nhỏ, việc tổ chức bộ máy kế toán chưa bảo đảm tuân thủ theo Luật Kế toán, chế độ hoá đơn chứng từ. Một số ít doanh nghiệp lợi dụng cơ chế thông thoáng trong việc thành lập doanh nghiệp để thành lập doanh nghiệp mua bán hoá đơn, thậm chí lập khống hoá đơn cho các doanh nghiệp khác để kê khai khấu trừ đầu vào, vừa ảnh hưởng tiêu cực đến môi trường kinh doanh, vừa gây thất thu ngân sách nhà nước.

Theo kinh nghiệm quốc tế thì đa số các nước đều có quy định ngưỡng doanh thu kê khai nộp thuế GTGT để xác định đối tượng đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ (có doanh thu vượt trên mức ngưỡng) nhằm đơn giản hoá thủ tục, tiết kiệm chi phí cho người nộp thuế có quy mô kinh doanh nhỏ và chống gian lận thuế. Chính vì thế Luật thuế GTGT lần này đã bổ sung quy định về ngưỡng doanh thu nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Cụ thể: Cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷ đồng trở lên, trừ hộ, cá nhân kinh doanh và trừ trường hợp  đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ.

Như vậy, từ ngày 1/1/2014, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc đối tượng áp dụng thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp - không thuộc đối tượng áp dụng phương pháp khấu trừ kể cả trường hợp có doanh thu hàng năm trên 1 tỷ.

b) Về phương pháp tính trực tiếp:

Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng: Áp dụng đối với hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.

Cách xác định: Số thuế phải nộp bằng (=) Giá trị gia tăng nhân (x) Thuế suất thuế giá trị gia tăng.

Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu: Áp dụng đối với Doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; Hộ, cá nhân kinh doanh; Nhà thầu nước ngoài chưa thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hoá đơn, chứng từ.

Cách xác định: Số thuế phải nộp bằng (=) Tỷ lệ % nhân (x) Doanh thu.

Tỷ lệ % để tính thuế GTGT được phân biệt theo 4 loại ngành nghề: Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%; Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;  Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%; Hoạt động kinh doanh khác: 2%.

 6. Về hoàn thuế GTGT

Bổ sung trường hợp hoàn thuế theo quý, theo đó trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng khai theo quý nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.

Sửa đổi phương thức hoàn thuế: từ “trong 03 tháng liên tục có số thuế chưa được khấu trừ hết” thành “sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên nếu còn số thuế âm mới được hoàn thuế”. Việc sửa đổi quy định này sẽ có tác dụng khắc phục bất cập hiện nay, giảm khó khăn cho quỹ hoàn thuế, góp phần chống lợi dụng, gian lận trong hoàn thuế đồng thời có tác dụng thúc đẩy doanh nghiệp sản xuất trong nước đẩy nhanh việc đưa dự án vào hoạt động và thúc đẩy quá trình lưu thông hàng hóa, trong khi đó các doanh nghiệp xuất khẩu vẫn được hoàn thuế như hiện nay.

Sửa mức thuế tối thiểu được hoàn đối với đầu tư và xuất khẩu đang quy định là 200 triệu đồng thành 300 triệu đồng. Việc sửa đổi quy định này sẽ góp phần bảo đảm phù hợp với tình hình phát triển kinh tế, xã hội và điều kiện, khả năng quản lý hiện nay, giảm bớt thủ tục hành chính, tạo thuận lợi cho người nộp thuế và cơ quan thuế, giảm khối lượng hồ sơ hoàn thuế

Bổ sung quy định việc hoàn thuế đối với hàng hoá mang theo khi xuất cảnh của người mang hộ chiếu nước ngoài.

7. Về giải pháp giảm thuế GTGT và hiệu lực thi hành

Nhằm góp phần hỗ trợ cho doanh nghiệp đặc biệt là doanh nghiệp trong lĩnh vực bất động sản, đồng thời thể hiện sự chia sẻ, hỗ trợ của nhà nước đối với những người có thu nhập thấp trong việc mua nhà ở thì một số nội dung trong Luật thuế GTGT số 31/2012/QH13 đã được phép áp dụng ngay từ 1/7/2013. Cụ thể:

- Giảm 50% mức thuế suất thuế giá trị gia tăng (từ ngày 1/7/2013 đến hết ngày 30/6/2014) đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở thương mại là căn hộ hoàn thiện có diện tích sàn dưới 70 m2 và có giá bán dưới 15 triệu đồng/m2.

- Áp dụng thuế suất 5% đối với bán, cho thuê, cho thuê mua nhà ở xã hội theo quy định của Luật Nhà ở.