Theo đó, Quyết định quy định thực hiện việc áp dụng quản lý rủi ro trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng để phân tích, đánh giá, xếp hạng người nộp thuế là doanh nghiệp, tổ chức có hồ sơ đề nghị hoàn giá trị gia tăng. Việc quản lý rủi ro trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng sẽ thực hiện áp dụng đối với hồ sơ hoàn thuế dự án đầu tư và hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

Đồng thời, kết quả đánh giá, xếp hạng rủi ro đối với người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng là căn cứ để quyết định kiểm tra trước hoàn thuế sau đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế được xếp hạng rủi ro cao. Đây là cơ sở để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo mức độ xếp hạng rủi ro của người nộp thuế.

Ngoài ra, việc phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng còn giúp chuẩn hóa nội dung và các bước công việc, tạo sự thống nhất trong công tác lựa chọn người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro để phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng và xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế.

Bên cạnh đó, việc phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng cũng góp phần đẩy mạnh cải cách, hiện đại hóa công tác lựa chọn người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro, kịp thời phát hiện các hành vi vi phạm pháp luật thuế và nâng cao hiệu quả công tác quản lý thuế.