Hiện nay, do thời gian quy định việc kiểm tra sau thông quan là 05 năm nên đa số các trường hợp phát sinh thay đổi về thuế nhập khẩu được phát hiện trong khâu sau thông quan thì chứng từ chứng nhận xuất xứ đều đã hết hiệu lực (12 tháng kể từ ngày cấp).

Theo đó, việc ràng buộc điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung dẫn đến các doanh nghiệp không thể đáp ứng quy định mặc dù hàng hóa nhập khẩu đều thỏa mãn quy định về xuất xứ tại thời điểm nhập khẩu, đủ điều kiện được áp dụng thuế ưu đãi đặc biệt.

Ngoài ra, theo Tổng cục Hải quan, qua theo dõi thời gian qua, nhiều doanh nghiệp phản ánh vướng mắc trong quá trình thực hiện, nhiều trường hợp nguyên liệu sau khi sản xuất, cấu thành lên sản phẩm nhưng do không tìm được thị trường xuất khẩu, các doanh nghiệp phải chuyển tiêu thụ trong nước.

Nếu căn cứ theo quy định nêu trên thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi do nguyên liệu đã đưa vào sản xuất và không còn nguyên trạng so với ban đầu.

Do vậy, để tạo thuận lợi thương mại và tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho doanh nghiệp, tại Điều 13 Thông tư số 33/2023/TT-BTC của Bộ Tài chính không quy định điều kiện chứng từ chứng nhận xuất xứ phải còn hiệu lực tại thời điểm nộp bổ sung và điều kiện hàng hoá phải được xác định chưa tham gia vào quá trình sản xuất, chế biến (đảm bảo tính nguyên trạng về xuất xứ) trong một số trường hợp đặc biệt.