Thông tư số 36/2023/TT-BTC quy định, mức thu phí trường hợp cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa là 60.000 đồng/bộ C/O; trường hợp cấp lại giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa là 30.000 đồng/bộ C/O.

Người nộp phí thực hiện nộp phí theo mức thu trên cho tổ chức thu phí khi nộp hồ sơ cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa. Chậm nhất ngày 05 hàng tháng, tổ chức thu phí nộp toàn bộ số phí thu được của tháng trước, tiền lãi phát sinh trên số dư tài khoản chuyên thu phí mở tại tổ chức tín dụng (nếu có) vào tài khoản phí chờ nộp ngân sách của Bộ Công Thương mở tại Kho bạc Nhà nước.

Bộ Công Thương kê khai, nộp, quyết toán phí và nộp tiền lãi phát sinh (trong tài khoản phí chờ nộp ngân sách của Bộ Công Thương mở tại Kho bạc Nhà nước) theo quy định.

Theo Thông tư số 36/2023/TT-BTC, tổ chức thu phí có trách nhiệm nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương). Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí do ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) đảm bảo.

Hàng năm, tổ chức thu  phí lập dự toán kinh phí phục vụ hoạt động cung cấp dịch vụ, thu phí (bao gồm cả kinh phí ủy quyền cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa) theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Trường hợp tổ chức thu phí thuộc diện được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định được trích để lại 83% số tiền phí thu được để trang trải chi phí phục vụ cung cấp dịch vụ, thu phí và chi trả chi phí cho tổ chức được uỷ quyền cấp giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá, thu phí theo quy định pháp luật; nộp 17% số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước.