Cụ thể, người nộp thuế mới thành lập hoặc bắt đầu phát sinh nghĩa vụ với ngân sách nhà nước truy cập vào Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để khai và nộp hồ sơ đăng ký thuế lần đầu theo quy định tại Thông tư số 95/2016/TT-BTC ngày 28/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đăng ký thuế.

Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tiếp nhận, đối chiếu thông tin và gửi Thông báo tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử (theo mẫu 01-1/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này) cho người nộp thuế chậm nhất 15 phút kể từ khi nhận được hồ sơ đăng ký thuế của người nộp thuế vào địa chỉ thư điện tử hoặc số điện thoại người nộp thuế đã đăng ký với cơ quan thuế, thông báo nêu rõ thời gian, địa điểm trả kết quả, đồng thời yêu cầu người nộp thuế mang hồ sơ giấy đến trụ sở cơ quan thuế.

Theo Thông tư số 66/2019/TT-BTC, trường hợp hồ sơ đăng ký thuế đủ điều kiện cấp mã số thuế theo quy định, cơ quan thuế giải quyết theo quy định tại Thông tư số 95/2016/TT-BTC. Người nộp thuế nộp hồ sơ đăng ký thuế bản giấy tại trụ sở của cơ quan thuế ghi trên Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử.

Cơ quan thuế đối chiếu ngay hồ sơ đăng ký thuế bản giấy với hồ sơ đã nhận qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Trường hợp hồ sơ đăng ký thuế bằng giấy khớp với hồ sơ đăng ký thuế điện tử, cơ quan thuế trả kết quả đăng ký thuế cho người nộp thuế. Trường hợp hồ sơ đăng ký thuế bằng bản giấy không khớp đúng với hồ sơ điện tử và thông tin trên hồ sơ bằng bản giấy đầy đủ, chính xác, cơ quan thuế giải quyết theo hồ sơ giấy và trả kết quả đăng ký thuế cho người nộp thuế. Trường hợp thông tin trên hồ sơ bằng bản giấy không đầy đủ, không chính xác, cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế sửa đổi, bổ sung thông tin và nộp lại hồ sơ đăng ký thuế bản giấy khác.

Sau thời hạn trả kết quả đăng ký thuế 30 ngày kể từ ngày ghi trên Thông báo tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử mà người nộp thuế không đến cơ quan thuế hoặc đến cơ quan thuế nhưng không có văn bản nêu rõ lý do thì hồ sơ đăng ký thuế điện tử đã nộp không còn hiệu lực.

Trường hợp hồ sơ đăng ký thuế không đủ điều kiện cấp mã số thuế theo quy định, trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ ghi trên Thông báo tiếp nhận hồ sơ đăng ký thuế điện tử, cơ quan thuế gửi Thông báo không chấp nhận hồ sơ đăng ký thuế (theo mẫu số 01-2/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này) cho người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Người nộp thuế có trách nhiệm gửi hồ sơ đăng ký thuế điện tử khác qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc nộp hồ sơ bản giấy tại trụ sở cơ quan thuế quản lý trực tiếp để thay thế cho hồ sơ có sai sót đã gửi đến cơ quan thuế.