Theo đó, căn cứ điều 4 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Điều 6 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính quy định về các khoản chi được trừ và không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế như sau:

Các khoản chi được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế:

Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp; Khoản chi có đủ hoá đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định của pháp luật; Khoản chi nếu có hoá đơn mua hàng hoá, dịch vụ từng lần có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT) khi thanh toán phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế:

Một là, phần chi phí trả lãi tiền vay vốn sản xuất kinh doanh của đối tượng không phải là tổ chức tín dụng hoặc tổ chức kinh tế vượt quá 150% mức lãi suất cơ bản do Ngân hàng Nhà nước Việt Nam công bố tại thời điểm vay.

Hai là, chi trả lãi tiền vay tương ứng với phần vốn điều lệ (đối với doanh nghiệp tư nhân là vốn đầu tư) đã đăng ký còn thiếu theo tiến độ góp vốn ghi trong điều lệ của doanh nghiệp kể cả trường hợp doanh nghiệp đã đi vào sản xuất kinh doanh. Chi trả lãi tiền vay trong quá trình đầu tư đã được ghi nhận vào giá trị của tài sản, giá trị công trình đầu tư.

Trường hợp doanh nghiệp đã góp đủ vốn điều lệ, trong quá trình kinh doanh có khoản chi trả lãi tiền vay để đầu tư vào doanh nghiệp khác thì khoản chi này được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế.

Chi trả lãi tiền vay tương ứng với vốn điều lệ còn thiếu theo tiến độ góp vốn ghi trong điều lệ của doanh nghiệp không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế được xác định như sau:

Trường hợp số tiền vay nhỏ hơn hoặc bằng số vốn điều lệ còn thiếu thì toàn bộ lãi tiền vay là khoản chi không được trừ.

Trường hợp số tiền vay lớn hơn số vốn điều lệ còn thiếu theo tiến độ góp vốn: Nếu doanh nghiệp phát sinh nhiều khoản vay thì khoản chi trả lãi tiền vay không được trừ bằng tỷ lệ (%) giữa vốn điều lệ còn thiếu trên tổng số tiền vay nhân (x) tổng số lãi vay; Nếu doanh nghiệp chỉ phát sinh một khoản vay thì khoản chi trả lãi tiền không được trừ bằng số vốn điều lệ còn thiếu nhân (x) lãi suất của khoản vay nhân (x) thời gian góp vốn điều lệ còn thiếu.

Căn cứ điều 21, Nghị định số 160/2006/NĐ-CP ngày 28/12/2006 của Chính Phủ hướng dẫn thi hành pháp lệnh ngoại hối có quy định về vay, trả nợ nước ngoài của người cư trú là tổ chức kinh tế, tổ chức tín dụng, gồm:

Thứ nhất, người cư trú là tổ chức kinh tế, tổ chức tín dụng được trực tiếp vay, trả nợ nước ngoài theo nguyên tắc tự vay, tự chịu trách nhiệm trả nợ và sử dụng vốn vay đúng mục đích, phù hợp với quy định của pháp luật.

Thứ hai, người cư trú là tổ chức kinh tế, tổ chức tín dụng vay và trả nợ nước ngoài phải đáp ứng điều kiện vay, trả nợ nước ngoài, đăng ký khoản vay, mở và sử dụng tài khoản vốn vay, trả nợ nước ngoài, rút vốn và chuyển tiền trả nợ, báo cáo tình hình thực hiện khoản vay theo quy định của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.

Thứ ba, các khoản vay nước ngoài của người cư trú là tổ chức kinh tế, tổ chức tín dụng phải được Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xác nhận đăng ký. Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xác nhận đăng ký khoản vay trong phạm vi tổng hạn mức vay vốn nước ngoài do Thủ tướng Chính phủ phê duyệt hàng năm.

Căn cứ theo các quy định nêu trên, trường hợp Công ty trong giai đoạn đầu tư có phát sinh khoản vay vốn ngắn hạn và dài hạn của Công ty mẹ ở nước ngoài từ năm 2007 để chuyển trả tiền thuê đất, đặt cọc cho nhà thầu để xây dựng nhà xưởng.

Sau đó Công ty mẹ muốn chuyển toàn bộ khoản nợ vay ngắn hạn thành khoản vay dài hạn để phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, có hợp đồng vay, chứng từ thanh toán lãi vay, hàng năm Công ty thanh toán lãi vay và đã kê khai nộp thuế nhà thầu đầy đủ và không thuộc trường hợp khoản chi trả lãi tiền vay dùng để góp vốn điều lệ, chi trả lãi tiền vay tương ứng phần vốn điều lệ đã đăng ký còn thiếu và không vượt mức khống chế theo quy định tại điều 4, Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính, đồng thời phải thỏa mãn các quy định về quản lý ngoại hối của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam tại điều 21, Nghị định số 160/2006/NĐ-CP ngày 28/12/2006 của Chính phủ thì khoản chi phí lãi vay phát sinh này Công ty được hạch toán vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.