Ở Việt Nam, quản lý rủi ro đã được chính thức quy định và áp dụng tại Quy trình thanh tra thuế ban hành kèm theo Quyết định số 460/QĐ-TCT ngày 5/5/2009, trong đó, có nội dung về lựa chọn đối tượng lập kế hoạch thanh tra trên cơ sở hệ thống tiêu chí xác định rủi ro về thuế.

Tại Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày 20/1/2012 của Quốc hội có hiệu lực kể từ ngày 01/7/2013 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006, vấn đề ứng dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế đã được đưa vào như một nguyên tắc quản lý thuế.

Quá trình áp dụng cơ chế quản lý rủi ro ở Việt Nam thời gian qua đã đạt được các kết quả đáng khích lệ. Theo đó, cơ quan thuế đã từng bước xây dựng và hoàn thiện cơ sở dữ liệu của người nộp thuế bao gồm thông tin định danh và các thông tin liên quan đến việc tuân thủ pháp luật thuế làm căn cứ phục vụ cho công tác phân tích, đánh giá và xử lý rủi ro trong quản lý thuế.

Bên cạnh đó, ngành Thuế đã đẩy mạnh việc ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý thuế, với cơ sở dữ liệu người nộp thuế được quản lý tập trung đã giúp cho quá trình ứng dụng công nghệ thông tin trong việc nhận diện, xâu chuỗi, phân nhóm để xác định các rủi ro về thuế được chính xác, đầy đủ hơn.

Ngành Thuế đã đẩy mạnh công tác quản lý rủi ro, tập trung vào các người nộp thuế có rủi ro cao, từ đó tập trung nguồn lực quản lý ngay từ khâu khai thuế, kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế nên phát hiện kịp thời những tường hợp sai sót, gian lận, hạn chế được những hành vi không tuân thủ của người nộp thuế.

Ngoài ra, việc xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra đã bám sát quy trình quản lý rủi ro bắt đầu từ việc nhận diện rủi ro, phân tích rủi ro, xác định rủi ro và từ đó đưa ra các chiến lược đối phó với rủi ro, kiểm soát rủi ro. Công tác quản lý nợ dựa trên mức độ rủi ro của các nhóm nợ khác nhau để có biện pháp xử lý phù hợp cũng đưa lại những kết quả tích cực, thể hiện ở tỷ lệ nợ đọng thuế giảm qua các năm.

Với các biện pháp quản lý thuế theo quy trình quản lý rủi ro đã giúp cơ quan thuế đưa ra các biện pháp nhằm ngăn chặn kịp thời các rủi ro có thể xảy ra về thuế. Việc xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm đã có tính giáo dục và răn đe cao đối với các người nộp thuế.

Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đạt được, quản lý rủi ro trong quản lý thuế ở Việt nam vẫn còn một số hạn chế chủ yếu như chưa có mô hình chiến lược về áp dụng cơ chế quản lý rủi ro trong quản lý thuế dẫn đến tình trạng chưa có sự gắn kết thực sự giữa cơ chế quản lý rủi ro với các hoạt động nghiệp vụ của ngành thuế.

Hệ thống cơ sở dữ liệu thông tin về người nộp thuế đã được cập nhật nhưng vẫn chưa thực sự đầy đủ và kịp thời; Chưa có bộ phận chuyên trách về thu thập thông tin phục vụ cho hoạt động quản lý thuế nói chung và chống chuyển giá nói riêng ở tầm quốc gia và trực tiếp xử lý các vấn đề thông tin ở tầm quốc tế.

Các tiêu chí đánh giá chấm điểm rủi ro được sử dụng chủ yếu mới chỉ so sánh giữa các kỳ của cùng một người nộp thuế mà chưa có sự so sánh với những người nộp thuế khác có cùng ngành nghề, cùng điều kiện kinh doanh…

Nhằm đảm bảo những điều kiện tốt nhất cho người nộp thuế phát huy ý thức tuân thủ pháp luật thuế của mình một cách tự nguyện, cần có sự điều chỉnh cách thức quản lý thuế từ áp dụng cơ chế quản lý rủi ro là chủ yếu sang cơ chế quản lý tuân thủ.

Bên cạnh việc tăng cường quản lý, thanh tra, kiểm tra đối với những người nộp thuế có ý thức tuân thủ thấp, cơ quan thuế còn có những sự hỗ trợ, tạo điều kiện thúc đẩy sự tuân thủ của các đối tượng khác.