Ngay từ những ngày đầu được thành lập, mảng hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế đã được Cục Thuế tỉnh Thanh Hoá đặc biệt coi trọng khi xác định đây là công cụ tối quan trọng để phát hiện kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật, từ đó có biện pháp xử lý, chấn chỉnh, tạo lập sự công bằng trong môi trường quản lý thuế. Kể từ ngày 1/7/2007, khi Luật Quản lý thuế chính thức có hiệu lực, được đưa vào áp dụng thì công tác thanh tra, kiểm tra không chỉ được luật định là một trong 4 chức năng chính yếu, cốt lõi của quản lý thuế, mà còn được ngành Thuế đầu tư nghiêm túc và kỹ lưỡng. Nếu không có sự kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ và kịp thời thì những rủi ro đối với người nộp thuế cũng như sự thất thoát nguồn thu của ngân sách nhà nước sẽ không tránh khỏi.

Nhận định đúng về tầm quan trọng của vấn đề, Cục Thuế đã bắt đầu bằng việc củng cố, xây dựng bộ máy làm công tác thanh tra, kiểm tra gồm 2 phòng Thanh tra thuế, 3 phòng kiểm tra thuế và 31 Đội kiểm tra thuế của 27 chi cục thuế huyện, thị xã, thành phố, trong đó riêng Chi cục Thuế TP. Thanh Hoá có 4 Đội kiểm tra. Cục Thuế đã bổ sung lực lượng cán bộ công chức làm công tác thanh tra, kiểm tra thuế với 313 người, chiếm gần 25% tổng số cán bộ công chức của toàn đơn vị, với riêng Văn phòng Cục Thuế Tỉnh tỷ lệ này còn cao hơn khi 2 Phòng thanh tra thuế cơ cấu 36 cán bộ công chức và 3 Phòng kiểm tra thuế cơ cấu 54 cán bộ, công chức. Tuy nhiên, đây mới chỉ là cơ cấu cứng, bởi trong những giai đoạn hay chiến dịch cao điểm, Cục Thuế lại linh hoạt điều động thêm những cán bộ, công chức có trình độ chuyên môn sâu, kinh nghiệm quản lý dày dặn từ các bộ phận chuyên môn khác để bổ sung thêm, đảm bảo đủ lực lượng thực thi theo yêu cầu nhiệm vụ.

Cũng xác định nhân tố con người luôn đóng vai trò quyết định cho mọi sự thành công, đặc biệt đối với mảng công tác thanh tra, kiểm tra thuế - một lĩnh vực rất phức tạp và nhạy cảm, nên cùng với việc kiện toàn lực lượng, Cục Thuế Thanh Hoá đã luôn quan tâm sát sao tới việc xây dựng và hoàn thiện đội ngũ. Theo đó, bên cạnh các khoá đào tạo, tập huấn, bổ túc kiến thức nâng cao trình độ chuyên môn, kỹ năng nghiệp vụ, Cục Thuế còn thường xuyên tổ chức các đợt sinh hoạt chính trị dưới nhiều hình thức nhằm nâng cao nhận thức, bồi dưỡng thêm phẩm chất đạo đức cho lực lượng cán bộ công chức làm công tác thanh tra, kiểm tra. Đặc biệt, như một cách thức giúp anh em có thêm bản lĩnh và sự trưởng thành đối với nhiệm vụ được giao, Cục Thuế luôn duy trì việc kiểm tra, kiểm soát việc tuân thủ kỷ cương, kỷ luật đối với hoạt động công vụ của các đoàn thanh tra, kiểm tra thuế, kịp thời phát hiện và chấn chỉnh tác phong, lề lối làm việc, hỗ trợ hiệu quả cho đội ngũ cán bộ đảm trách phần công việc nhiều thách thức này.

Chính những giải pháp khoa học và hiệu quả trong tổ chức và xây dựng lực lượng của Cục Thuế Thanh Hoá đã trở thành nguồn động lực mạnh mẽ cổ vũ, động viên, khích lệ cán bộ công chức làm công tác thanh tra, kiểm tra quyết tâm phấn đấu vươn lên, hăng hái, tích cực nghiên cứu phát huy sáng kiến, cải tiến để hoàn thành tốt công việc được giao và đóng góp xứng đáng cho nhiệm vụ chung của đơn vị. Bằng chứng là liên tục nhiều năm qua, mỗi năm khối thanh tra, kiểm tra đều có từ 40 - 50 sáng kiến và đề tài nghiên cứu khoa học được Hội đồng sáng kiến cải tiến cấp Cục Thuế và Tổng cục Thuế công nhận, góp phần mang lại hiệu quả cao và từng bước nâng tầm trình độ công tác quản lý thuế của Thanh Hoá nói riêng và toàn quốc nói chung.

Tiêu biểu trong số những thành tích này là những sáng kiến trong việc thanh tra, kiểm tra thuế tập trung vào các đối tượng có nhiều rủi ro về thuế trên địa bàn, cụ thể là các doanh nghiệp, đơn vị trọng điểm có số thu nộp ngân sách lớn; doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài; các ngân hàng, các đơn vị liên doanh, liên kết hay hoạt động trong lĩnh vực xây dựng cơ bản; các đơn vị lỗ nhiều năm, lỗ nhưng vẫn đầu tư tài sản cố định. Theo đó, dựa trên cơ sở thu thập thông tin về doanh nghiệp, căn cứ từ những phân tích đánh giá mức độ rủi ro về thuế của từng đối tượng trong giai đoạn 2010-2014, Cục Thuế Thanh Hoá đã xây dựng kế hoạch để tổ chức thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế đối với 1.718 doanh nghiệp; kiểm tra thuế đối với 349.796 hồ sơ khai thuế và kiểm tra 5.133 doanh nghiệp. Do có sự khoanh vùng, lựa chọn đúng đối tượng, cộng thêm với kỹ năng, nghiệp vụ sắc bén, Cục Thuế đã truy thu thuế và phạt được 383.369 triệu đồng, truy hoàn 3.531 triệu đồng, giảm khấu trừ 41.523 triệu đồng, giảm lỗ 620.441 triệu đồng, ghi tăng thuế 49.509 triệu đồng và ấn định thuế 493,6 triệu đồng, để đưa vào NSNN.

Thanh Hóa được cả nước biết đến là một địa chỉ thu hút đầu tư nước ngoài hiệu quả. Tính đến cuối tháng 12/2014, toàn tỉnh có 44 nhà đầu tư nước ngoài đến từ các nước như Nhật Bản, Hàn Quốc, Đài Loan, Singapore, Đức, Trung Quốc, Bỉ.... Riêng Khu kinh tế Nghi Sơn với Dự án lọc hóa dầu Nghi Sơn với tổng mức đầu tư trên 9 tỷ USD đã thu hút 104 nhà thầu nước ngoài tham gia. Xác định đây là nguồn thu lớn nhưng phức tạp, lãnh đạo Cục Thuế đã tập trung chỉ đạo, phối hợp nắm bắt thông tin đưa ra giải pháp phù hợp để quản lý. Thông qua công tác kiểm tra hồ sơ kê khai thuế của các nhà đầu tư, các phòng kiểm tra thuế đã nhanh chóng triển khai đồng bộ các biện pháp để tổ chức quản lý, theo đó đã chủ động phối hợp với Ban quản lý khu kinh tế Nghi Sơn làm việc với các nhà thầu chính để thuyết phục việc thực thi quyết sách quản lý thuế toàn bộ công trình. Nhờ đó trong năm 2014, ngành Thuế đã thu được gần 1.800 tỷ đồng tiền thuế từ các nhà thầu, góp phần hoàn thành 160% dự toán pháp lệnh thu ngân sách năm 2014.

Một điểm nhấn nữa của Cục Thuế Thanh Hoá là sáng kiến trong công tác kiểm tra hóa đơn. Bằng việc chủ động và sáng tạo trong triển khai dự án “chống các hành vi vi phạm về hóa đơn” qua ứng dụng “Đối chiếu bảng kê hóa đơn”, trong vòng 4 năm 2011-2014, cơ quan thuế các cấp đã phát hiện và tiến hành xử phạt vi phạm hành chính đối với 842 số hóa đơn vi phạm, qua đó truy thu, xử phạt để thu về cho NSNN 8,3 tỷ đồng. Riêng năm 2014 có 685 số hóa đơn vi phạm, xử lý truy thu thuế 4 tỷ đồng, phạt hành chính 3,3 tỷ đồng; Xử phạt hành chính về việc in, quản lý và phát hành hoá đơn đối với 97 vụ việc, với số tiền thu về cho ngân sách 657 triệu đồng. Bên cạnh đó, từ các dữ liệu thu thập qua các cuộc thanh tra, kiểm tra hóa đơn, Cục Thuế đã phối hợp chặt chẽ với cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh tiến hành điều tra xử lý, kịp thời đưa các vụ điển hình ra xét xử như: vụ Công ty TNHH Tuấn Quỳnh Trang bán khống hóa đơn, Công ty TNHH Thảo Nguyên sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, Công ty TNHH Thúy Nhu sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, Công ty TNHH xuất nhập khẩu gỗ Phương Bắc mua bán và sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, Công ty TNHH thương mại Thanh Trang nợ thuế lớn, lập hóa đơn khống... Dù số tiền thuế được phát hiện để truy thu về cho ngân sách là một thành tích đáng nể, nhưng đối với Cục Thuế Thanh Hoá quan trọng hơn là việc tạo lập sự công bằng và minh bạch của môi trường quản lý, tác động vào ý thức của các tổ chức, cá nhân chấp hành ngày càng tốt hơn pháp luật thuế.

Dẫn chứng cho nhận định này không gì sát thực hơn việc thông qua thanh tra xác định giá thị trường trong giao dịch liên kết, đấu tranh trong việc áp giá gia công, trong hoạt động liên doanh liên kết giữa công ty mẹ và công ty con của các đơn vị gia công may mặc, giày da trên địa bàn, nhiều doanh nghiệp sau khi được cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra đã tự điều chỉnh lại kết quả sản xuất kinh doanh, có lãi để nộp ngân sách nhà nước. Điển hình là Công ty TNHH Roll sport Việt Nam năm 2011, 2012 giảm lỗ 30 tỷ đồng; Công ty TNHH giày Sunjade Việt Nam năm 2011, 2012 giảm lỗ 5,5 tỷ đồng; Công ty TNHH IVORY Việt Nam năm 2013 giảm lỗ 79,8 tỷ đồng; Công ty TNHH giày Hong Fu Việt Nam năm 2011, 2012 giảm lỗ 33 tỷ đồng; Công ty TNHH giày ANNORA Việt Nam năm 2013 giảm lỗ 12 tỷ đồng; Công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí năm 2013 giảm lỗ 153,7 tỷ đồng; Công ty cổ phần Hậu Cần Dầu khí năm 2013 giảm lỗ 6,4 tỷ đồng; Công ty cổ phần Hồng Phúc năm 2013 giảm lỗ 11 tỷ đồng…

Chính tác động lan toả từ “sự cảm hoá” của công tác thanh tra, kiểm tra nên không chỉ công tác chống thất thu của cơ quan Thuế ngày càng hiệu quả, mà ý thức thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước của người nộp thuế ở Thanh Hoá cũng ngày càng tốt hơn. Đây chính là nền tảng vững chắc để cùng với sự phát triển và trưởng thành về mọi mặt, Cục Thuế Thanh Hoá đã liên tục hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ trong nhiều năm liền với kết quả năm sau luôn cao hơn năm trước. Trong giai đoạn 2010-2014 thu ngân sách trên địa bàn luôn đạt 120,6% dự toán; tốc độ tăng thu bình quân 23,5% và tăng 2,86 lần so với giai đoạn 2006-2010. Riêng năm 2014, tổng số thu ngân sách do ngành Thuế Thanh Hóa thực hiện đạt 8.268 tỷ đồng, bằng 160% dự toán năm và tăng gần gấp 2 lần số thu của năm 2011, trở thành 1/11 tỉnh, thành phố của cả nước có số thu ngân sách từ 8.000 tỷ đồng trở lên, riêng số thu từ doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài nếu năm 2010 chỉ chiếm 3,4 % tổng thu thì đến năm 2014 đã chiếm tỷ lệ 26%, tăng gấp 12 lần.