Tính đến cuối năm 2013, nước ta có khoảng 370.000 tổ hợp tác; 19.800 HTX trong các lĩnh vực. Trong đó, có 10.026 HTX nông nghiệp (chiếm 50,64% tổng số HTX). Các tổ hợp tác và HTX đã và đang làm các dịch vụ hỗ trợ cho sản xuất kinh doanh của các hộ nông dân, gồm: dịch vụ làm đất; thủy nông (phục vụ đưa nước tưới tiêu đồng ruộng); bảo vệ thực vật; cung ứng giống cây trồng vật nuôi và vật tư nông nghiệp. Một số HTX còn thực hiện dịch vụ tiêu thụ sản phẩm cho nông dân, tổ chức hoạt động tín dụng nội bộ hỗ trợ cho kinh tế hộ nông dân phát triển.

Trên thực tế, phát triển kinh tế tập thể mà nòng cốt là HTX là một trong những chủ trương mang tính chất chiến lược của Đảng và Nhà nước nhằm phát triển nông nghiệp, nông thôn trên con đường công nghiệp hóa, hiện đại hóa. Tuy nhiên, hoạt động của HTX hiện nay vẫn còn nhiều khó khăn. Trong đó, việc tiếp cận vốn vay ưu đãi để cải tiến công nghệ, mở rộng dịch vụ sản xuất còn bất cập, cơ sở vật chất còn nghèo nàn. Về nhân sự, Ban quản trị HTX nhiều nơi đa số trên 50- 60 tuổi, trình độ, trách nhiệm hạn chế; các HTX có chủ nhiệm trẻ còn ít. Lao động trong các HTX nông nghiệp gần như chỉ có lao động trung niên, người già; với lực lượng lao động trẻ, khỏe mạnh đã lên thành phố làm công nhân trong các khu công nghiệp.

Bên cạnh đó, nhiều Liên minh HTX tỉnh, thành phố chưa sâu sát đối với hoạt động của HTX địa phương trong việc tư vấn hỗ trợ và cung cấp dịch vụ về kế hoạch sản xuất, dịch vụ, công tác kế toán, xây dựng đề án, tư vấn về chính sách,... Vấn đề giúp các HTX mở rộng mối quan hệ kinh tế, xây dựng thương hiệu nông sản, liên kết với các doanh nghiệp thông qua các hợp đồng kinh tế vẫn còn nhiều khó khăn.

Thêm vào đó, thực tế, nhiều HTX nông nghiệp ở khu vực nông thôn chưa chủ động xây dựng kế hoạch hoạt động sản xuất kinh doanh, vẫn còn tư tưởng trông chờ sự hỗ trợ của cấp ủy, chính quyền. Do vậy vẫn chưa tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với hoạt động kinh doanh. Tại nhiều địa phương, HTX quy mô cấp thôn không đủ khả năng làm dịch vụ cho thành viên. Hiện tượng cả làng là thành viên của HTX đang phổ biến ở rất nhiều làng quê.

Bởi vậy, nhằm nâng cao hiệu quả sản xuất và hoạt động của HTX, theo ông Lê Thăng Long - Phó trưởng Ban Chính sách và phát triển Hợp tác xã (Liên minh Hợp tác xã Việt Nam) cho rằng, cần có những giải pháp đồng bộ trong việc thực hiện tái cơ cấu nền nông nghiệp. Thông qua đó, góp phần thúc đẩy hoạt động của HTX. Cụ thể, cần đẩy mạnh liên kết đa chiều thông qua liên kết giữa sản xuất và tiêu thụ sản phẩm; chuyển dịch cơ cấu lao động, phát triển trình độ nông dân về mọi mặt. Bên cạnh đó, cần làm rõ cơ sở pháp lý về kinh tế hộ nông dân trong việc thu hồi, sử dụng đất, có thể giao đất lâu dài cho hộ nông dân ở các vùng quy hoạch nông nghiệp ổn định, vay vốn tín dụng; tham gia liên doanh, liên kết,... Quy hoạch đất đai nông nghiệp ổn định, đồng bộ với quy hoạch dịch vụ, thương mại, công nghiệp chế biến thành những cụm công - nông nghiệp.

Mặt khác, nên thử nghiệm quy hoạch vùng nông nghiệp hiện đại riêng biệt với quy mô từ vài trăm đến hàng nghìn héc-ta nhằm hình thành kinh tế nông trại quy mô lớn; sản xuất và quản lý, thương mại hoàn toàn theo tiêu chuẩn hiện đại; đẩy mạnh việc dồn điền đổi thửa, tích tụ và tập trung ruộng đất thành cánh đồng mẫu lớn.

Nhằm phát triển hợp tác xã nông nghiệp, cũng theo ông Long, cần chú trọng đến công tác đào tạo về nguồn lực. Trong đó, cần tổ chức bồi dưỡng cán bộ quản lý HTX ngắn ngày; khuyến khích, động viên lực lượng lao động trẻ và tri thức tham gia vào bộ máy lãnh đạo các HTX nông nghiệp. Từng bước hình thành những tổ hợp nông nghiệp - công nghiệp - dịch vụ công nghệ cao, trong đó hạt nhân là các HTX, hướng tới xây dựng mô hình sản xuất nông nghiệp bền vững.

Cùng với đó, cần khuyến khích phát triển các hình thức hợp tác, liên kết đa dạng, đặc biệt giữa người nông dân và doanh nghiệp, HTX trong sản xuất, dịch vụ với quy mô phù hợp. Từng bước hình thành chuỗi giá trị, bảo đảm hài hòa lợi ích của các chủ thể tham gia từ sản xuất, chế biến đến tiêu thụ. Tập trung phát triển sản phẩm có lợi thế so sánh, có khả năng cạnh tranh và thị trường tiêu thụ.

Ngoài ra, cần thực hiện chính sách ưu đãi về đất đai, tài chính, thuế, tín dụng… nhằm tạo điều kiện hoạt động cho các doanh nghiệp và HTX; tăng cường khuyến khích doanh nghiệp và HTX đầu tư vào công nghiệp chế biến, tiêu thụ nông sản, các ngành nghề sử dụng nhiều lao động địa phương góp phần chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, nông thôn.