Theo ông Nguyễn Quốc Hưng - Phó Vụ trưởng Vụ Chính sách thuế (Bộ Tài chính) cho biết, thực tế cho thấy, nếu tính cả số có quy mô vừa thì nhóm DN siêu nhỏ, nhỏ và vừa chiếm tới trên 97% tổng số DN tại Việt Nam. Đồng nghĩa, nếu áp dụng các chính sách ưu đãi, hỗ trợ cho cả nhóm DN vừa thì gần như toàn bộ DN tại Việt Nam đều được hưởng ưu đãi.

Như thế, chính sách này sẽ không mang nhiều ý nghĩa ưu tiên phát triển, thậm chí còn có thể dẫn đến sự cạnh tranh không bình đẳng giữa DN vừa với các DN nhỏ, siêu nhỏ khi nhóm DN vừa đã sẵn có nhiều lợi thế hơn về vốn, doanh thu, thị trường, lao động và công nghệ. 

Hơn nữa, đề xuất áp dụng các chính sách ưu đãi đối với DN nhỏ và siêu nhỏ phải dựa trên tính toán về khả năng, điều kiện của NSNN trong bối cảnh hiện nay.

Theo ước tính, việc đề xuất áp dụng các chính sách ưu đãi tại dự thảo nghị quyết đối với DN nhỏ và siêu nhỏ sẽ làm giảm thu NSNN khoảng 9.200 tỷ đồng mỗi năm; nếu tiếp tục mở rộng ra với DN vừa, thì có thể làm giảm thu NSNN hơn 19.500 tỷ đồng mỗi năm.

Trong bối cảnh thu ngân sách ngày càng khó khăn, con số này sẽ làm ảnh hưởng lớn đến cân đối NSNN để thực hiện các mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội. Mặt khác, việc xác định đối tượng để đề xuất giải pháp hỗ trợ cần phải dựa trên nguyên tắc: hỗ trợ đúng, trúng, tránh tình trạng ưu đãi tràn lan, làm giảm hiệu quả của chính sách. 

Xác định DN nhỏ và siêu nhỏ là những đối tượng dễ bị tổn thương trước những biến động kinh tế, tại dự thảo nghị quyết, Bộ Tài chính đề xuất, áp dụng thuế suất 15% đối với trường hợp DN siêu nhỏ có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng và có số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm không quá 10 người; áp dụng thuế suất 17% đối với trường hợp DN nhỏ có tổng doanh thu năm không quá 50 tỷ đồng và có số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm không quá 100 người.

Đồng thời, để khuyến khích hộ kinh doanh chuyển lên DN, Bộ Tài chính đề xuất miễn thuế TNDN trong 2 năm liên tục kể từ khi có thu nhập chịu thuế đối với DN nhỏ, siêu nhỏ được thành lập mới từ hộ kinh doanh.

Ngoài ra, trên cơ sở phân loại lĩnh vực, ngành nghề sản xuất kinh doanh để thu thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ trên doanh thu đối với hộ kinh doanh (quy định tại Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các luật về thuế).

Bộ Tài chính cũng đề xuất, áp dụng phương pháp tính thuế đối với DN siêu nhỏ theo nguyên tắc: DN siêu nhỏ phải thực hiện hạch toán doanh thu, chi phí và khai, nộp thuế theo phương pháp xác định thu nhập.

Trường hợp có tổng doanh thu năm không quá 3 tỷ đồng và có số lao động tham gia bảo hiểm xã hội bình quân năm không quá 10 người, xác định được doanh thu, nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh thì kê khai nộp thuế TNDN theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hoá, dịch vụ.