Bộ Tài chính cho biết, bám sát mục tiêu cơ cấu lại ngân sách nhà nước, quản lý nợ công theo Nghị quyết số 07-NQ/TW ngày 18/11/2016 của Bộ Chính trị và Nghị quyết số 25/2016/QH14 của Quốc hội.  

Đồng thời, tiếp tục thực hiện Chiến lược Cải cách hệ thống thuế đến năm 2020 đối với thuế TNDN theo hướng: Đơn giản hóa chính sách ưu đãi thuế theo hướng hẹp về lĩnh vực, tiếp tục khuyến khích đầu tư vào các ngành sản xuất các sản phẩm có giá trị gia tăng lớn, các ngành công nghiệp hỗ trợ, sử dụng công nghệ cao, công nghệ sinh học, dịch vụ chất lượng cao.

Theo đánh giá của Bộ Tài chính, Luật thuế TNDN và các văn bản hướng dẫn đã có nhiều chính sách khuyến khích phát triển KH&CN, trong đó dành nhiều ưu đãi ở mức cao nhất đối với lĩnh vực này như (i) miễn thuế, giảm thuế; (ii) ưu đãi về thuế suất, về thời gian miễn, giảm thuế; và (iii) trích lập Quỹ phát triển KH&CN.

Ngoài ra, trong quá trình thực hiện, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 95/2014/NĐ-CP ngày 17/10/2014 của Chính phủ quy định về đầu tư và cơ chế tài chính đối với hoạt động KH&CN (có hiệu lực thi hành từ 01/12/2014), trong đó tại khoản 2 Điều 20 quy định doanh nghiệp KH&CN được hưởng chế độ miễn, giảm thuế TNDN như doanh nghiệp đầu tư vào khu công nghệ cao (CNC) theo quy định của pháp luật về thuế TNDN và các văn bản pháp luật có liên quan.
Khoản 2 Điều 16 Nghị định số 118/2015/NĐ-CP quy định đối tượng được hưởng ưu đãi đầu tư bao gồm: Doanh nghiệp CNC, doanh nghiệp KH&CN, tổ chức KH&CN theo quy định của pháp luật về CNC và pháp luật về KH&CN.

Căn cứ các quy định nêu trên thấy rằng: với quy định của Nghị định số 95/2014/NĐ-CP sẽ tạo thêm một mức ưu đãi mới dành riêng cho doanh nghiệp KH&CN (chỉ hưởng miễn thuế, giảm thuế (miễn thuế trong 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo; không áp dụng thuế suất ưu đãi) . Thực tế, quy định này có bất cập là chưa tạo ra sự ưu đãi bình đẳng cho các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực KH&CN... vì doanh nghiệp có dự án đầu tư mới vào Khu CNC ngoài hưởng chế độ miễn, giảm thuế TNDN thì còn được hưởng ưu đãi về thuế suất.

Bên cạnh đó, tại Nghị định số 95/2014/NĐ-CP cũng chưa quy định về thời điểm bắt đầu tính ưu đãi thuế của doanh nghiệp KH&CN.
Mặt khác, Luật KH&CN hiện hành không quy định rõ ràng trong việc xác định hoạt động “nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ”, trong khi Luật thuế TNDN lại quy định hoạt động này được hưởng ưu đãi ở mức cao như nêu trên. Trong khi Điều 16 Luật Đầu tư số 67/2015/QH13 (có hiệu lực từ 01/7/2015) cũng chỉ sử dụng các thuật ngữ “Hoạt động CNC, sản phẩm công nghiệp hỗ trợ CNC; hoạt động nghiên cứu và phát triển” là ngành nghề ưu đãi đầu tư.

Bộ Tài chính đánh giá, thực tế xử lý cho thấy hầu hết không có trường hợp xác định ưu đãi theo điều kiện thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ và cũng chưa có hướng dẫn cụ thể về quy trình, thủ tục, cơ quan chịu trách nhiệm xác định điều kiện dự án đầu tư mới nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ trong thực tế.

Từ những cở sở trên, theo Bộ Tài chính, để đảm bảo minh bạch trong thực hiện, trình Chính phủ cho bỏ khỏi phạm vi ưu đãi tại Luật thuế TNDN hiện hành lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, đồng thời bổ sung ưu đãi đối với doanh nghiệp KH&CN, trong đó mức ưu đãi bằng với mức ưu đãi áp dụng đối với doanh nghiệp CNC hiện hành và quy định rõ thời điểm bắt đầu tính ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp KH&CN tính từ năm được cấp Giấy chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN. Thực hiện đề xuất này sẽ khắc phục được những bất cập trong xử lý ưu đãi đối với doanh nghiệp KH&CN thời gian qua.

Ngoài ra, đề nghị sửa lại cụm từ: “...ứng dụng CNC thuộc danh mục CNC được ưu tiên đầu tư phát triển và danh mục sản phẩm công nghệ cao được khuyến khích phát triển; ...đầu tư mạo hiểm cho phát triển CNC thuộc danh mục CNC được ưu tiên đầu tư phát triển và danh mục sản phẩm công nghệ cao được khuyến khích phát triển” để phù hợp với quy định của Luật công nghệ cao.