Theo dự thảo, DN được trích một tỷ lệ phần trăm (%) tính trên thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) để tạo nguồn Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ của DN.

Cụ thể, đối với DNNN trích từ 3% đến 10% thu nhập tính thuế TNDN trong kỳ. Tỷ lệ trích cụ thể căn cứ vào khả năng và nhu cầu sử dụng nguồn vốn cho hoạt động khoa học và công nghệ của DN.

Đối với các DN không thuộc đối tượng nêu tại điểm a khoản 1 Điều này, DN tự quyết định mức trích cụ thể nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế TNDN trong kỳ. Khoản trích được xác định hàng năm và được tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN.

Về nghĩa vụ thuế khi DN sử dụng Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ, dự thảo nêu rõ, Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư nghiên cứu, phát triển khoa học và công nghệ của DN và các nội dung được phép chi Quỹ theo quy định của pháp luật.

Trường hợp DN chi Quỹ không đúng mục đích thì DN phải nộp ngân sách nhà nước phân thuế TNDN tính trên khoản thu nhập đã trích vào Quỹ tương ứng với khoản sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế TNDN đó.

Lãi suất tính lãi đối với số thuế thu hồi tính trên phần Quỹ sử dụng sai mục đích là mức tính tiền chậm nộp thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành và thời gian tính lại là khoảng thời gian kể từ khi trích lập Quỹ đến khi thu hồi.

Trong thời hạn 5 năm, kể từ khi trích lập Quỹ theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư này mà DN không sử dụng hoặc không sử dụng hết 70% Quỹ thì DN phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế TNDN tính trên khoản thu nhập đã trích tương ứng với phần không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% Quỹ; đồng thời, phải nộp phần lãi phát sinh tử số thuế TNDN đó. Khoản chi từ Quỹ được xác định theo khoản 3 Điều này.

Tiền lãi phát sinh từ số thuế TNDN phải nộp được xác định theo quy định tại Điều 3 Thông tư này.

Các khoản chi từ Quỹ gồm: Các khoản chi đúng mục đích để được quyết toán theo quy định; Các khoản tạm ứng và có đầy đủ hóa đơn, chứng từ nhưng chưa đủ điều kiện để quyết toán; Các khoản điều chuyển vốn từ Quỹ của tổng công ty, công ty mẹ cho Công ty con, DN thành viên hoặc ngược lại.

Việc điều chuyển Quỹ từ công ty mẹ cho công ty con chỉ áp dụng đối với trường hợp công ty sở hữu 100% vốn điều lệ và không bao gồm trường hợp DN có vốn đầu tư nước ngoài điều chuyển cho công ty mẹ ở nước ngoài và công ty mẹ ở Việt Nam điều chuyển cho công ty con ở nước ngoài.

Thuế suất thuế TNDN dùng để tính số thuế thu hồi là thuế suất áp dụng cho DN theo từng kỳ tính thuế của DN trong thời gian trích lập Quỹ. Việc xác định thuế TNDN đối với trường hợp trích lập Quỹ trong thời gian DN đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN như sau:

Thứ nhất, trường hợp DN có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN, nếu DN không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích đối với số Quỹ đã được trích trong thời gian DN đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN thì số thuế TNDN thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế TNDN tại thời điểm trích lập Quỹ.

Thứ hai, trường hợp DN có trích Quỹ trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN, đồng thời có nhận điều chuyển Quỹ từ DN khác, nếu DN không sử dụng, sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích đối với số Quỹ đã trích và nhận điều chuyển thì thuế TNDN thu hồi được thực hiện như sau:

- Đối với số tiền trích lập Quỹ tại DN thì số thuế TNDN thu hồi được xác định theo mức ưu đãi thuế TNDN tại thời điểm trích lập Quỹ của DN.

- Đối với số tiền nhận điều chuyển từ DN khác về thì số thuế TNDN thu hồi được xác định theo mức thuế suất thuế TNDN phổ thông tại thời điểm nhận điều chuyển.

Việc xác định số tiền trích tại DN và số tiền nhận điều chuyển trong tổng số tiền chưa sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích được căn cứ theo tỷ lệ giữa số tiền nhận điều chuyển và số trích Quỹ tại DN.

Cùng với các nội dung trên, dự thảo Thông tư quy định về việc xác định lãi trên số thuế TNDN phải nộp. Theo đó, lãi suất tính theo lãi suất phát hành trái phiếu chính phủ kỳ hạn 01 năm hoặc tín phiếu Kho bạc kỳ hạn 52 tuần tại thời điểm gần nhất trong vòng 3 tháng trước thời điểm tính lãi.

Trường hợp trong vòng 3 tháng trước thời điểm tính lãi không phát hành trái phiếu chính phủ kỳ hạn 1 năm hoặc tín phiếu Kho bạc kỳ hạn 52 tuần thì áp dụng lãi suất tính lãi theo lãi suất trái phiếu chính phủ có kỳ hạn còn lại 1 năm (từ 274 ngày đến 547 ngày) theo kết quả giao dịch trái phiếu chính phủ công bố trên website của Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội tại thời điểm gần nhất. Thời gian tính lãi là 2 năm và áp dụng tại thời điểm thu hồi.

Về báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ, theo dự thảo Thông tư, hàng năm, DN phải lập Báo cáo trích lập, điều chuyển và sử dụng Quỹ theo mẫu được ban hành kèm theo Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chỉ tiết một số điều của Luật Quản lý thuế.

Trường hợp các DN có sự điều chuyển nguồn giữa các Quỹ theo quy định thì đơn vị nhận điều chuyển phải báo cáo tình hình nhận điều chuyển và sử dụng số tiền Quỹ được điều chuyển...