Công văn trên cũng quy định rõ, đối với DN có trụ sở chính tại một tỉnh, thành phố nhưng có cơ sở sản xuất tại một tỉnh, thành phố khác thì DN được lựa chọn làm thủ tục hải quan NK nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu tại một chi cục Hải quan thuộc cục hải quan tỉnh, thành phố nơi có trụ sở chính hoặc nơi có cơ sở sản xuất.

Trường hợp DN làm thủ tục hải quan tại chi cục Hải quan thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố nơi có trụ sở chính, việc kiểm tra thực tế nguyên liệu NK được thực hiện tại địa điểm kiểm tra hàng hóa ở cửa khẩu nhập hoặc địa điểm kiểm tra hàng hóa XK, NK tập trung của chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai.

Chi cục Hải quan chịu trách nhiệm làm thủ tục hải quan đối với nguyên vật liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu do Cục trưởng Cục Hải quan tỉnh, thành phố quyết định. Ngoài ra, với hàng hóa NK để thực hiện dự án đầu tư, Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư gia công thuộc Cục Hải quan Hải Phòng; Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư thuộc Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh được thực hiện thủ tục đối với hàng hóa NK của dự án đầu tư miễn thuế trên địa bàn Hải Phòng, TP. Hồ Chí Minh do 2 cục hải quan trên thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa NK được miễn thuế.

Đối với hàng hóa NK của các dự án đầu tư không được miễn thuế, Bộ Tài chính cho phép DN NK hàng đầu tư không được miễn thuế lựa chọn làm thủ tục hải quan tại chi cục Hải quan nơi xây dựng dự án đầu tư hoặc Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư gia công thuộc Cục Hải quan Hải Phòng; Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư thuộc Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh.

Đối với các lô hàng đầu tư NK đăng ký tờ khai tại Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư gia công thuộc Cục Hải quan Hải Phòng; Chi cục Hải quan quản lý hàng đầu tư thuộc Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh thuộc diễn phải kiểm tra thực tế: Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện kiểm tra thực tế hàng hóa theo quy định.