Theo phân tích của Bộ Tài chính- cơ quan soạn thảo, tại Luật Quản lý thuế hiện hành có quy định: Người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan Thuế phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức luỹ tiến 0,05%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp không quá 90 ngày; 0,07%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp đối với số ngày chậm nộp vượt quá thời hạn 90 ngày. Đồng thời, người nộp thuế chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan Thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan Thuế phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức 0,05%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.

Thực chất, khoản tiền chậm nộp tiền thuế với mức tỷ lệ 0,05%/ngày về bản chất là khoản lãi chậm nộp tiền thuế. Tỷ lệ tính tiền chậm nộp được quy định cố định và đã có sự điều chỉnh qua các thời kỳ với tham chiếu đến lãi suất ngân hàng tuy có thời gian thì cao hơn lãi suất ngân hàng, có thời gian thì lại thấp hơn lãi suất ngân hàng (mức tỷ lệ 0,05%/ngày tương ứng với khoảng 18%/năm; trong khi lãi suất ngân hàng giai đoạn 2011-2012 là 16-20%/năm, giai đoạn 2013-2014 là 11-12%/năm và năm 2015 là 9,5-10,5%/năm).

Khi triển khai trên thực tế, có một bất cập đã được nhìn nhận là các DN lợi dụng tiền thuế của Nhà nước, sử dụng tiền thuế thay vì vay ngân hàng thủ tục phức tạp, phải có tài sản đảm bảo khoản vay. Để giải quyết, khi xây dựng dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung các Luật về thuế, Bộ Tài chính đã đưa ra đề nghị sửa lại quy định về tỷ lệ tính tiền chậm nộp theo hướng không quy định mức cụ thể mà quy định mức phạt chậm nộp bằng 120% mức lãi suất cho vay bình quân năm trước liền kề loại kỳ hạn một năm của 4 ngân hàng thương mại có doanh số cho vay lớn nhất do Bộ Tài chính công bố hàng năm tính trên số tiền thuế chậm nộp. Đặc biệt, đối với các khoản nợ tiền thuế phát sinh trước ngày 1-1-2016 mà người nộp thuế chưa nộp vào ngân sách (kể cả khoản tiền nợ thuế được truy thu qua kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền) được chuyển sang áp dụng theo tỷ lệ mới. Nếu người nộp thuế cung ứng hàng hoá, dịch vụ được thanh toán bằng nguồn vốn ngân sách Nhà nước nhưng chưa được thanh toán nên không nộp kịp thời các khoản thuế dẫn đến nợ thuế thì không phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế còn nợ nhưng không vượt quá số tiền ngân sách Nhà nước chưa thanh toán phát sinh trong thời gian ngân sách Nhà nước chưa thanh toán.

Theo ông Phạm Đình Thi – Vụ trưởng Vụ Chính sách thuế, Bộ Tài chính, khi đưa đề xuất này ra xin ý kiến Ủy ban Thường vụ Quốc hội, cơ quan soạn thảo nhận được 2 luồng ý kiến khác nhau. Một phía nhất trí điều chỉnh lại mức phạt tiền chậm nộp, tuy nhiên cho rằng mức 120% lãi suất cho vay bình quân của 4 ngân hàng thương mại là thấp, không đủ sức răn đe đối với các đối tượng nộp thuế cố tình chây ì, nợ thuế, trốn thuế. Do vậy, nhóm ý kiến này đề nghị nâng lên mức 150%, tương đương với quy định áp dụng mức lãi suất nợ quá hạn của các tổ chức tín dụng hiện nay. Đồng thời bổ sung làm rõ về thời điểm công bố lãi suất cho vay bình quân của 4 ngân hàng thương mại và thời gian áp dụng để làm căn cứ xác định mức phạt, tạo ra sự công bằng, minh bạch trong chính sách thuế. Phía còn lại cho rằng việc điều chỉnh lại mức phạt tiền chậm nộp thuế trên còn thiếu cụ thể, không minh bạch và khó thực hiện. Trường hợp do mức phạt tiền chậm nộp 0,05% (tương đương với khoảng 18,5% lãi suất ngân hàng) theo quy định hiện hành là quá cao, gây khó khăn cho doanh nghiệp thì đề nghị xem xét giảm mức phạt tiền chậm nộp thuế từ 0,05% xuống còn 0,03%.

Sau khi phân tích, đánh giá, Chính phủ đã tiếp thu theo phương án điều chỉnh quy định về tỷ lệ tính tiền chậm nộp thuế tại Luật Quản lý thuế bằng 0,03%/ngày tương ứng khoảng 10,95%/năm để đảm bảo tính cụ thể, minh bạch của Luật và dễ thực hiện trong thực tế. Việc sửa quy định về tỷ lệ tính tiền chậm nộp thuế được sẽ hạn chế được tình trạng các DN lợi dụng tiền thuế của Nhà nước như hiện nay.