Nghị định 16 quy định về tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công lập trên nguyên tắc đơn vị tự chủ cao về nguồn tài chính thì được tự chủ cao về quản lý, sử dụng các kết quả tài chính và ngược lại. Theo đó, Nghị định quy định tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp theo 4 mức độ chính:

Thứ nhất, tự chủ tài chính đối với đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư;

Thứ hai, tự chủ tài chính đối với đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên;

Thứ ba, tự chủ tài chính đối với đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên (do giá, phí dịch vụ sự nghiệp công chưa kết cấu đủ chi phí, được Nhà nước đặt hàng, giao nhiệm vụ cung cấp dịch vụ sự nghiệp công theo giá, phí chưa tính đủ chi phí);

Thứ tư, tự chủ tài chính đối với đơn vị được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên (theo chức năng, nhiệm vụ được cấp có thẩm quyền giao, không có nguồn thu hoặc nguồn thu thấp).

Quy định này nhằm khuyến khích các đơn vị tự chủ thấp phấn đấu tăng nguồn thu để được mức tự chủ cao hơn.

Tự chủ trong chi đầu tư và chi thường xuyên

Các đơn vị được chủ động sử dụng các nguồn tài chính được giao tự chủ, bao gồm nguồn thu từ hoạt động dịch vụ sự nghiệp công (kể cả nguồn ngân sách nhà nước đấu thầu, đặt hàng), nguồn thu phí theo quy định được để lại chi và nguồn thu hợp pháp khác, để chi thường xuyên.

Đối với đơn vị tự chủ tài chính cao: Đối với các nội dung chi đã có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, căn cứ vào khả năng tài chính, đơn vị được quyết định mức chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý cao hơn hoặc thấp hơn mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành và quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị. Đối với các nội dung chi chưa có định mức chi theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, căn cứ tình hình thực tế, đơn vị xây dựng mức chi cho phù hợp theo mức độ được tự chủ tài chính của từng loại đơn vị sự nghiệp công lập và theo quy chế chi tiêu nội bộ.

Các đơn vị tự chủ tài chính thấp: Căn cứ vào nhiệm vụ được giao và khả năng nguồn tài chính, đơn vị được quyết định mức chi hoạt động chuyên môn, chi quản lý, nhưng tối đa không vượt quá mức chi do cơ quan nhà nước có thẩm quyền quy định.

Tuy nhiên, đối với một số định mức, tiêu chuẩn quy định mang tính chất chung cho các cơ quan nhà nước, đơn vị sự nghiệp công lập, thì các đơn vị phải tuân thủ, như tiêu chuẩn, định mức sử dụng xe ô tô; nhà làm việc; trang bị điện thoại; chế độ công tác phí nước ngoài; tiếp khách nước ngoài, hội thảo quốc tế...

Để tạo điều kiện khuyến khích các đơn vị tự chủ toàn diện về chi thường xuyên và chi đầu tư, Nghị định bổ sung quy định các đơn vị này căn cứ nhu cầu đầu tư và khả năng cân đối các nguồn tài chính, đơn vị chủ động xây dựng danh mục các dự án đầu tư, báo cáo cơ quan có thẩm quyền phê duyệt. Trên cơ sở danh mục dự án đầu tư đã được phê duyệt, đơn vị quyết định dự án đầu tư, bao gồm các nội dung về quy mô, phương án xây dựng, tổng mức vốn, nguồn vốn, phân kỳ thời gian triển khai theo quy định của pháp luật về đầu tư.

Đơn vị sự nghiệp công được vay vốn tín dụng ưu đãi của Nhà nước hoặc được hỗ trợ lãi suất cho các dự án đầu tư sử dụng vốn vay của các tổ chức tín dụng theo quy định. Căn cứ yêu cầu phát triển của đơn vị, Nhà nước xem xét bố trí vốn cho các dự án đầu tư đang triển khai, các dự án đầu tư khác theo quyết định của cấp có thẩm quyền.

Về chi tiền lương và thu nhập tăng thêm

Nghị định quy định các đơn vị sự nghiệp chi trả tiền lương theo lương ngạch, bậc, chức vụ và các khoản phụ cấp do Nhà nước quy định đối với đơn vị sự nghiệp công. Khi Nhà nước điều chỉnh tiền lương cơ sở, đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên phải tự bảo đảm tiền lương tăng thêm từ nguồn thu của đơn vị; NSNN không cấp bổ sung; đối với đơn vị chưa tự bảo đảm chi thường xuyên và đơn vị được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, chi tiền lương tăng thêm từ các nguồn theo quy định, bao gồm cả nguồn NSNN cấp bổ sung (nếu thiếu).

Đối với phần thu nhập tăng thêm, các đơn vị được chủ động sử dụng Quỹ bổ sung thu nhập để thực hiện hiện phân chia cho người lao động trên cơ sở quy chế chi tiêu nội bộ của đơn vị, theo nguyên tắc gắn với số lượng, chất lượng và hiệu quả công tác của người lao động. Tuy nhiên, để đảm bảo mức chi trả thu nhập tăng thêm cho cán bộ quản lý không quá chênh lệch so với người lao động, Nghị định mới quy định, khi phân bổ thu nhập tăng thêm, thì hệ số thu nhập tăng thêm của chức danh lãnh đạo đơn vị sự nghiệp công tối đa không quá 2 lần hệ số thu nhập tăng thêm bình quân thực hiện của người lao động trong đơn vị.

Về trích lập các Quỹ

Theo Nghị định, hàng năm sau khi hạch toán đầy đủ các khoản chi phí, nộp thuế và các khoản nộp NSNN khác (nếu có) theo quy định; phần chênh lệch thu lớn hơn chi, đơn vị được sử dụng để trích lập các quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp; quỹ bổ sung thu nhập; quỹ khen thưởng và quỹ phúc lợi. Ngoài ra, Nghị định cũng cho phép các đơn vị được trích lập các quỹ khác theo quy định của pháp luật cho phù hợp với thực tế.

Về mức trích, căn cứ vào mức độ tự chủ tài chính như sau:

Đối với Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp: Đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên: Trích tối thiểu 25% chênh lệch thu lớn hơn chi; đơn vị chưa tự bảo đảm một phần chi thường xuyên trích tối thiểu 15%; đơn vị được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên, nếu có kinh phí tiết kiệm chi và số tiết kiệm chi lớn hơn một lần quỹ tiền lương thực hiện thì trích tối thiểu 5%. 

Đối với Quỹ bổ sung thu nhập: Đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được quyết định mức trích Quỹ bổ sung thu nhập (không khống chế mức trích); đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên trích tối đa không quá 3 lần quỹ tiền lương; đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên trích tối đa không quá 2 lần quỹ tiền lương; đơn vị được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên trích tối đa không quá 01 lần quỹ tiền lương.  

Đối với Quỹ khen thưởng và Quỹ phúc lợi: Đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư và đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên: trích tối đa không quá 3 tháng tiền lương, tiền công trong năm của đơn vị; đơn vị tự bảo đảm một phần chi thường xuyên trích tối đa không quá 2 tháng tiền lương, tiền công; đơn vị được Nhà nước bảo đảm chi thường xuyên trích tối đa không quá 01 tháng tiền lương, tiền công.

Tự chủ trong giao dịch tài chính

Để tạo điều kiện thuận lợi cho các đơn vị sự nghiệp trong giao dịch với bên ngoài, đặc biệt là trong các hoạt động liên doanh, liên kết, đồng thời tạo thêm nguồn thu cho đơn vị, Nghị định quy định: Đơn vị sự nghiệp công được mở tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng thương mại hoặc Kho bạc Nhà nước để phản ánh các khoản thu, chi hoạt động dịch vụ sự nghiệp công không sử dụng ngân sách nhà nước. Lãi tiền gửi đơn vị được bổ sung vào Quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp hoặc bổ sung vào Quỹ khác theo quy định của pháp luật chuyên ngành (nếu có), không được bổ sung vào Quỹ bổ sung thu nhập.

Riêng các khoản kinh phí thuộc NSNN, các khoản thu dịch vụ sự nghiệp công sử dụng NSNN, các khoản thu phí theo pháp lệnh phí, lệ phí, đơn vị sự nghiệp công lập mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước để phản ánh.

Nghị định cũng quy định, đơn vị sự nghiệp công lập được huy động vốn, vay vốn để đầu tư, xây dựng cơ sở vật chất theo quy định của pháp luật và phải có phương án tài chính khả thi để hoàn trả vốn vay; chịu trách nhiệm về hiệu quả của việc huy động vốn, vay vốn.

Đơn vị sự nghiệp công lập được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp

Nghị định 16 nêu rõ, đơn vị tự bảo đảm chi thường xuyên và chi đầu tư được vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp (công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ), khi đáp ứng đủ các điều kiện sau: Hoạt động dịch vụ sự nghiệp công có điều kiện xã hội hóa cao, Nhà nước không cần bao cấp; giá dịch vụ sự nghiệp công tính đủ chi phí (bao gồm cả trích khấu hao tài sản cố định); được Nhà nước xác định giá trị tài sản và giao vốn cho đơn vị quản lý theo quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước; hạch toán kế toán để phản ánh các hoạt động theo quy định của các chuẩn mực kế toán có liên quan áp dụng cho doanh nghiệp.

Khi được phép vận dụng cơ chế tài chính như doanh nghiệp, các đơn vị sự nghiệp được xác định vốn điều lệ và bảo toàn vốn; được huy động vốn, đầu tư vốn ra ngoài đơn vị; quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định theo doanh nghiệp; quản lý doanh thu, chi phí và phân phối lợi nhuận; thực hiện chế độ kế toán, thống kê như doanh nghiệp.