Theo hướng dẫn tại Công văn số 3295/TCT-KK Tổng cục Thuế cho biết, căn cứ Khoản 7 Điều 4 và Khoản 1 Điều 183 Luật DN số 68/2014/QH13; Căn cứ Điểm c Khoản 3 Điều 15, Khoản 2 Điều 19 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT:

Căn cứ Khoản 5, Điều 10 Thông tư 156/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Luật Quản lý thuế;

Căn cứ khoản 2 (a) Điều 13 Thông tư 99/2016/TT-BTC ngày 29/6/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT;

Căn cứ Điểm 6, Điểm 7 (b) Công văn số 4943/TTC-KK ngày 23/11/2015 cùa Tổng Cục thuê hướng dẫn một số vướng mắc về khai thuế và khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Theo nội dung vướng mắc và các hướng dẫn nêu trên thì: Đối với đề nghị hoàn thuế GTGT kỳ từ tháng 8/2013 đến tháng 12/2014 những doanh nghiệp (DN) đề nghị hoàn thuế GTGT tại chỉ tiêu 42 kỳ kê khai tháng 3/2015. Việc DN tư nhân (DNTN) Kim Hoàng đề nghị hoàn thuế GTGT kỳ từ tháng 8/2013 đến tháng 12/2014 nhưng DN đề nghị hoàn thuế GTGT tại chỉ tiêu 42 kỳ kê khai tháng 3/2015 là chưa đúng quy định về kê khai, hoàn thuế.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp chấn chỉnh việc rà soát, thẩm định khi ban hành quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế, đồng thời hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng quy định về kê khai, hoàn thuế.

Đối với việc kê khai khấu trừ, hoàn thuế đối với tài sản cố định số tiền 281,4 triệu đồng, đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp căn cứ kết quả kiểm tra trước hoàn thuế tại DN, trường hợp cần thiết căn cứ kết quả kiểm tra có văn bản đề nghị cơ quan có thẩm quyền để xác định tài sản cố định do bà Huỳnh Thị Kim Hoàng và chồng là ông Đặng Văn Há góp vốn là Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất số BV 272064 ngày 11/8/2014 của UBND huyện Châu Thành tỉnh Đồng Tháp cấp ngày 11/8/2014 có phải là tài sản của DN hay không; Trường hợp xác định không phải là tài sản của DNTN Kim Hoàng thì DNTN Kim Hoàng không được kê khai, khấu trừ hoàn thuế đối với tài sản cố định nêu trên.

Đối với số thuế GTGT đầu vào 1.082,3 triệu đồng chuyển sang tháng 01/2015 khấu trừ do kê khai thuế tại tháng 12/2014 nhưng chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng, căn cứ quy định tại Khoản 2 Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2015 của Bộ Tài chính, Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp thông báo không được hoàn thuế đồng thời chuyển sang tháng 01/2015 khấu trừ là đúng quy định hiện hành.

Đối với kỳ đề nghị hoàn thuế từ tháng 01/2015 đến tháng 12/2015: do tại kỳ đề nghị hoàn thuế GTGT trước (kỳ tháng 08/2013 đến tháng 12/2014) DN đề nghi hoàn tại chỉ tiêu [42] tờ khai 01/GTGT tháng 3/2015 nên đến kỳ thuế tháng 12/2015 DN chưa đủ 12 tháng liên tục (mới được 9 tháng liên tục) có số thuế GTGT còn được khấu trừ nên không thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định.

Đối với đề nghị hoàn thuế kỳ từ tháng 4/2015 đến tháng 5/2016, số thuế đề nghị hoàn 1.070, 6 triệu đồng: Trong kỳ đề nghị hoàn thuế (từ tháng 4/2015 đến tháng 5/2016): cùng ngày 7/6/2016 DN thực hiện kê khai bổ sung tât cả các kỳ thuê từ tháng 01/2015 đến tháng 3/2016, đồng thời DN kê khai chỉ tiêu thuế GTGT còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang (chỉ tiêu [22]) không bằng chi tiêu thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau (chỉ tiêu [43]) của tờ khai chính thức kỳ trước liền kề (ví dụ: tờ khai 01/GTGT bổ sung kỳ thuế tháng 4/2015 chỉ tiêu [43] thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau bằng 3.062.202 đồng, tờ khai 01/GTGT chính thức kỳ thuế tháng 5/2015 có số thuế GTGT còn được khấu trừ kỳ trước chuyển sang bằng 0 đồng).

Căn cứ Khoản 5, Điều 10 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính và Điểm 6, Điểm 7 (b) Công văn số 4943/TTC-KK ngày 23/11/2015 của Tổng Cục thuế hướng dẫn một số vướng mắc về khai thuế và khai bổ sung hồ sơ khai thuế thì việc DN kê khai như nêu trên là không đúng quy định, DN chưa đủ điều kiện được hoàn thuế theo quy định.