Căn cứ Khoản 2 Điều 28 Thông Tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài Chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý Thuế quy định về việc xử lý số tiền thuế nộp thừa:

 “Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa theo các cách sau:

a) Bù trừ số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, kể cả bù trừ giữa các loại thuế với nhau.

- Trường hợp người nộp thuế được hoàn trả đồng thời có nghĩa vụ phải nộp các khoản thu khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan thuế nơi hoàn trả để xem xét giải quyết.

Cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này để vừa giải quyết hoàn thuế đồng thời kết hợp thu số tiền thuế, tiền phạt còn nợ ngân sách nhà nước, gửi người nộp thuế.

b) Trừ vào số tiền thuế, tiền phạt phải nộp của lần nộp tiếp theo.

Việc bù trừ giữa số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế phải nộp của lần nộp tiếp theo của cùng một loại thuế được thực hiện tự động trong hệ thống quản lý của cơ quan thuế. ”