Cụ thể, căn cứ hướng dẫn tại Khoản 3 (c) Điều 11 và Khoản 1 Điều 56 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 của Chính phủ;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 2.15 (b2)  Phụ lục 4 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ;

Căn cứ hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 1 Thông tư số 134/2014/TT-BTC ngày 12/9/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục gia hạn thời hạn nộp thuế và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với máy móc, thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư;

Căn cứ các hướng dẫn nêu trên và Quy chế tổ chức và hoạt động của Ban Quản lý Dự án đầu tư dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng- Chi nhánh Tổng công ty Viglacera – CTCP thì:

- Về nguyên tắc: Ban Quản lý dự án đầu tư dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng công suất 2,3 triệu m2/năm (sau đây gọi là Ban Quản lý dự án) phải lập hồ sơ khai thuế riêng với Cục Thuế tỉnh Bình Dương đối với các hóa đơn đầu vào liên quan đến dự án đầu tư dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng công suất 2,3 triệu m2/năm (bao gồm cả thuế GTGT đối với máy móc, thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư do Tổng công ty Viglacera trực tiếp mở tờ khai và nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu).

Tổng Công ty Viglacera – CTCP khi điều chuyển máy móc, thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư cho Ban Quản lý dự án phải lập hóa đơn GTGT theo quy định của Ban Quản lý dự án kê khai, khấu trừ, hoàn thuế đối với thuế GTGT đầu vào của máy móc, thiết  bị nhập khẩu tại Cục Thuế tỉnh Bình Dương.

- Tuy nhiên, theo báo cáo của Cục Thuế TP. Hà Nội và thực tế phát sinh tại đơn vị thì đồng ý cho phép Tổng Công ty Viglacera – CTCP là  đơn vị thực hiện đầu tư dự án dây chuyền sản xuất kính tiết kiệm năng lượng công suất 2,3 triệu m2/năm tại Bình Dương; trực tiếp mở tờ khai và nộp thuế đầu vào của máy móc, thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư.

Tổng Công ty Viglacera – CTCP được kê khai điều chỉnh đối với số thuế GTGT đầu vào phát sinh khi nhập khẩu máy móc, thiết bị để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư đã kê khai tại tờ khai mẫu số 01/GTGT sang mẫu số 02/GTGT và đề nghị hoàn thuế theo trường hợp quy định tại Thông tư số 134/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính nêu trên.

Giao Cục Thuế TP. Hà Nội chủ trì phối hợp với Cục Thuế tỉnh Bình Dương để thực hiện kiểm tra trước khi hoàn, đảm bảo thực hiện hoàn thuế đúng đối tượng trường hợp hoàn theo quy định. Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải kết chuyển để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện và số thuế phải nộp ở Bình Dương (nếu có).

Công văn này thay thế Công văn số 5249/TCT-KK ngày 11/11/2016 của Tổng cục Thuế về việc kê khai khấu trừ và hoàn thuế GTGT máy móc thiết bị nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư.