Theo giải đáp của Tổng cục Hải quan, cụ thể đối với các trường hợp như sau:

Thứ nhất, về thuế nhập khẩu:

Căn cứ điểm d khoản 1 Điều 19 Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 thì: Người nộp thuế đã nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhung đã đưa vào sản xuất hàng hóa xuất khấu và đã xuất khấu sản phẩm thì được hoàn thuế nhập khẩu.

Căn cứ Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016 của Chính phủ quy định hoàn thuế đối với hàng hóa xuất khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm.

Theo các quy định nêu trên và trên cơ sở báo cáo của Cục Hải quan tỉnh Tây Ninh, Tổng cục Hải quan đề nghị Cục Hải quan tỉnh Tây Ninh thực hiện kiểm tra hồ sơ lô hàng nhập khẩu, lô hàng xuất khẩu; sổ sách, chứng từ kế toán, chứng từ thanh toán, định mức sử dụng nguyên liệu và các giao dịch có liên quan của doanh nghiệp.

Kết quả kiểm tra nếu xác định nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình sản xuất xuất khẩu nhưng chuyển mục đích sử dụng đã nộp thuế, sau đó đưa số nguyên liệu này vào sản xuất hàng hóa xuất khẩu và đã thực xuất khẩu sản phẩm đáp ứng quy đinh tại khoản 3 Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP thì được hoàn số thuế nhập khẩu tương ứng với tỷ lệ sản phẩm thực tế xuất khẩu.

Hồ sơ hoàn thuế thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 36 Nghị định 134/2016/NĐ-CP; Thủ tục hoàn thuế thực hiện theo quy định tại Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Doanh nghiệp có trách nhiệm cung cấp hồ sơ hải quan nhập khẩu, xuất khẩu; định mức sử dụng nguyên liệu, chứng từ thanh toán, các chứng từ, tài liệu có liên quan, đồng thời có văn bản cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai báo với cơ quan hải quan. Trường hợp phát hiện doanh nghiệp sử dụng hàng hóa không đúng như khai báo thì bị xử lý theo quy định của pháp luật.

Thứ hai, về thuế giá trị gia tăng:

Theo quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế thì: Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khẩu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan.

Thực hiện hoàn thuế trước, kỉểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hỏa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế”.

Theo đó, trường hợp Công ty Cổ phần Mía đường Thành Thành Công Tây Ninh nhập khẩu sau đó sản xuất và đã xuất khẩu, Công ty có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý. Đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan Thuế địa phương để được hướng dẫn cụ thể.