Theo VASEP, trong thời gian qua, các DN Thủy sản đã gặp một số vướng mắc trong thực hiện các quy định về thuế GTGT theo Nghị định 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT và Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013  hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT.  Trong đó, các vướng mắc chủ yếu liên quan đến các quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT; trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT và Thủ tục hoàn thuế GTGT phải kèm báo cáo tồn kho.

Nhằm hỗ trợ DN tháo gỡ các vướng mắc nêu trên, ngày 17/4/2014, Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã tổ chức cuộc họp với Hiệp hội và DN thủy sản để trao đổi và làm rõ các kiến nghị xung quanh các quy định tại Nghị định 209 và Thông tư 219. Ngay sau cuộc họp với Bộ Nông nghiệp và phát triển Nông thôn, VASEP cũng đã gửi công văn lên Bộ Tài chính phản ánh những vướng mắc về thuế GTGT của DN thủy sản.

Ngày 20/5, Tổng cục Thuế đã có công văn số 1829 hướng dẫn và giải đáp cụ thể  các vướng mắc liên quan đến thuế GTGT của các DN thủy sản. Theo đó, việc xử lý hóa đơn bán hàng thủy hải sản mới qua sơ chế thông thường hoặc chưa chế biến đã ghi thuế suất 5%, nếu trong trường hợp người bán là DN, hợp tác xã (HTX) đã lập hóa đơn GTGT, ghi thuế GTGT khi bán sản phẩm thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho DN, HTX khác thì người bán và người mua phải điều chỉnh hóa đơn để không phải kê khai và tính nộp thuế GTGT. Trường hợp người bán đã xuất nhiều hóa đơn GTGT cho cùng một người mua thì khi điều chỉnh, người bán được xuất 1 hóa đơn điều chỉnh kèm theo Bảng kê các hóa đơn điều chỉnh.

Về việc nộp thuế GTGT đối với hàng thủy sản XK bị trả về, Tổng cục Thuế cho biết, theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành thì đối tượng chịu thuế GTGT là hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh và tiêu dùng ở Việt Nam (bao gồm cả hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh ở nước ngoài), trừ các đối tượng không chịu thuế GTGT.

Theo đó, trường hợp DN XK hàng nhưng bị phía nước ngoài trả về thì khi nhập khẩu lại Việt Nam, DN vẫn phải thực hiện kê khai nộp thuế GTGT như hàng hóa nhập khẩu từ nước ngoài. DN được khấu trừ thuế GTGT căn cứ vào chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu theo quy định.

Về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi sản phẩm thủy hải sản mới qua sơ chế, chưa chế biến, theo hướng dẫn tại khoản 11, Điều 14 Thông tư  219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (Thông tư 219) “Thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hoá, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ”.

Như vậy, theo Tổng cục Thuế, từ ngày 1/1/2014, trường hợp DN, HTX bán thành phẩm là thủy hải sản mới qua sơ chế thông thường hoặc chưa qua chế biến thành sản phẩm khác cho DN, HTX khác thì không phải kê khai, tính và nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 5, Điều 5 Thông tư 219 và thuế GTGT đầu vào được khấu trừ toàn bộ theo hướng dẫn tại khoản 11, Điều 14 của thông tư này.