Có hiệu lực kể từ ngày 03/5/2021, Thông tư số 19/2021/TT-BTC thay thế Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 và Thông tư sổ 66/2019/TT-BTC ngày 20/9/2019. Theo đó, giao dịch điện tử trong miễn giảm thuế được quy định cụ thể với các nội dung sau:

Thứ nhất, tiếp nhận và trả kết quả giải quyết hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế điện tử gửi trực tiếp đến cơ quan thuế.

Người nộp thuế lập và gửi hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế đến cơ quan thuế như sau: Trường hợp hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế là Văn bản/Đơn đề nghị miễn giảm và các tài liệu kèm theo, người nộp thuế thực hiện lập và gửi hồ sơ miễn, giảm thuế đến cơ quan thuế trực tuyến trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế/Cổng thông tin điện tử của cơ quan nhà nước có thẩm quyền/qua tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN. Trường hợp người nộp thuế đề nghị miễn, giảm thuế trên hồ sơ khai thuế và không phải gửi Văn bản/Đơn đề nghị miễn giảm thì việc lập và gửi hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử được thực hiện đồng thời với việc lập và gửi hồ sơ khai thuế điện tử theo quy định tại Điều 16 Thông tư này.

Thông báo tiếp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử: Trường hợp hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế là Văn bản/Đơn đề nghị miễn giảm và các tài liệu kèm theo: Chậm nhất 15 phút sau khi nhận được hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử của người nộp thuế, cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi Thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử (theo mẫu số 01-1/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này) cho người nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư này.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị miễn, giảm thuế đồng thời là hồ sơ khai thuế: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tiếp nhận hồ sơ khai thuế theo quy định tại Điều 16 Thông tư này. Ngay sau khi gửi Thông báo chấp nhận hồ sơ khai thuế điện tử, cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi Thông báo tiếp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử (theo mẫu số 01-1/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này) cho người nộp thuế bằng phương thức điện tử.

Xử lý hồ sơ miễn giảm thuế: Thông báo chấp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế trong  trường hợp hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế là Văn bản/Đơn đề nghị miễn giảm và các tài liệu kèm theo: Trong thời hạn 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày ghi trên Thông báo về việc tiếp nhận nộp hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ miễn giảm thuế điện tử (theo mẫu số 01-2/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này) cho người nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư này. Trường hợp người nộp thuế đề nghị miễn, giảm thuế đồng thời là hồ sơ khai thuế: Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi Thông báo chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ khai thuế điện tử theo quy định tại Điều 16 Thông tư này và Thông báo chấp nhận/không chấp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử được thực hiện theo quy định nêu trên.

Thời hạn giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử được tính từ ngày ghi trên Thông báo chấp nhận hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử (theo mẫu số 01- 2/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư này).

Cơ quan thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế của người nộp thuế đã tiếp nhận bằng phương thức điện tử theo quy định của Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế.

Trong quá trình giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế còn thiếu thông tin cần giải trình, bổ sung tài liệu thì cơ quan thuế gửi Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP) cho người nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư này.

Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế đối với hồ sơ đề nghị miễn, giảm đã tiếp nhận bằng phương thức điện tử.

Trả kết quả giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế điện tử: Cơ quan thuế gửi kết quả giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế của người nộp thuế đã tiếp nhận bằng phương thức điện tử (là các thông báo, quyết định liên quan đến quá trình giải quyết miễn, giảm thuế, kết quả giải quyết miễn, giảm thuế của cơ quan thuế) cho người nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Thông tư này.

Thứ hai, tiếp nhận hồ sơ và trả kết quả giải quyết cho người nộp thuế thực hiện miễn giảm thuế điện tử đồng thời với thực hiện thủ tục hành chính do cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền chuyển đến bằng phương thức điện tử theo cơ chế một cửa liên thông:

Gửi hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế điện tử: Người nộp thuế nộp hồ sơ miễn giảm thuế cùng với hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính đến cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật. Cơ quan quản lý nhà nước gửi hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế của người nộp thuế cùng với thông tin xác định nghĩa vụ tài chính đến cơ quan thuế bằng phương thức điện tử theo quy định tại Điều 37 Thông tư này.

Cơ quan thuế thực hiện giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế gửi kết quả giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế (là các thông báo, quyết định liên quan đến quá trình giải quyết miễn, giảm thuế, kết quả giải quyết miễn, giảm thuế của cơ quan thuế đối với hồ sơ đề nghị miễn, giảm thuế của người nộp thuế) qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế đến cổng thông tin điện tử của cơ quan tiếp nhận hồ sơ. Trường hợp người nộp thuế có tài khoản giao dịch thuế điện tử trên cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, kết quả giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế được gửi đồng thời đến địa chỉ thư điện tử của người nộp thuế.

Cơ quan tiếp nhận hồ sơ theo cơ chế một cửa liên thông có trách nhiệm gửi kết quả giải quyết hồ sơ miễn, giảm thuế đến người nộp thuế để người nộp thuế được biết và thực hiện.