Trước đó, Cục Thuế Bình Dương nhận được Công văn số 01/082017 của Công ty cổ phần Chuỗi Cung ứng Vận tải DHL (Việt Nam) đề nghị giải đáp về việc đăng ký kê khai thuế chung với trụ sở chính. Qua nội dung công văn nói trên, Cục Thuế Bình Dương cho biết, Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính quy định khai thuế giá trị gia tăng (GTGT) thì trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.

Bên cạnh đó, tại Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính có quy định khai thuế, nộp thuế thu nhập cá nhân (TNCN) thì tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện chịu thuế TNCN có trách nhiệm khai quyết toán thuế TNCN và quyết toán thuế TNCN thay cho các cá nhân có uỷ quyền không phân biệt có phát sinh khấu trừ thuế hay không phát sinh khấu trừ thuế. Các tổ chức, cá nhân trả thu nhập là cơ sở sản xuất, kinh doanh nộp hồ sơ khai thuế tại cơ quan thuế trực tiếp quản lý tổ chức, cá nhân...

Trong khi đó, theo Điều 17 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính có quy định về khai thuế môn bài thì người nộp thuế môn bài phải nộp Tờ khai thuế môn bài cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Cụ thể, trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc ở khác địa phương cấp tỉnh nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc thực hiện nộp Tờ khai thuế môn bài của đơn vị trực thuộc cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp đơn vị trực thuộc.

Tại điểm c, khoản 1, Điều 16 Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính có quy định về khai thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) thì trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc nhưng hạch toán phụ thuộc thì đơn vị trực thuộc đó không phải nộp hồ sơ khai thuế TNDN; khi nộp hồ sơ khai thuế TNDN, người nộp thuế có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại đơn vị trực thuộc.

Tại Điều 84 của Bộ Luật Dân sự số 91/2015/QH13 ngày 24/11/2015 có quy định về Chi nhánh, văn phòng đại diện của pháp nhân thì Chi nhánh, văn phòng đại diện là đơn vị phụ thuộc của pháp nhân, không phải là pháp nhân. Chi nhánh có nhiệm vụ thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng của pháp nhân. Văn phòng đại diện có nhiệm vụ đại diện trong phạm vi do pháp nhân giao, bảo vệ lợi ích của pháp nhân. Việc thành lập, chấm dứt chi nhánh, văn phòng đại diện của pháp nhân phải được đăng ký theo quy định của pháp luật và công bố công khai. Người đứng đầu chi nhánh, văn phòng đại diện thực hiện nhiệm vụ theo uỷ quyền của pháp nhân trong phạm vi và thời hạn được uỷ quyền. Pháp nhân có quyền, nghĩa vụ dân sự phát sinh từ giao dịch dân sự do chi nhánh, văn phòng đại diện xác lập, thực hiện.

Căn cứ theo các quy định nêu trên, trường hợp Chi nhánh Công ty Cổ phần Chuỗi Cung ứng Vận tải DHL (Việt Nam) hạch toán phụ thuộc ở địa phương cấp tỉnh khác nơi trụ sở chính của Công ty thì:

- Về thuế GTGT: Trường hợp Chi nhánh không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu, không thực hiện hạch toán kế toán thì Công ty thực hiện khai thuế GTGT tập trung tại trụ sở chính của Công ty.

- Về thuế TNDN: Công ty kê khai nộp thuế tập trung tại trụ sở chính.

- Về thuế môn bài: Chi nhánh thực hiện khai thuế môn bài cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Chi nhánh theo quy định tại Điều 4 Thông tư số 302/2016/TT-BTC ngày 15/11/2016 và Điều 17 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính.

- Về thuế TNCN: Trường hợp các khoản thu nhập của nhân viên Chi nhánh Công ty đều được chi trả tập trung tại Trụ sở chính thì Công ty thực hiện kê khai, nộp thuế và quyết toán thuế TNCN tập trung tại địa phương nơi Công ty đóng Trụ sở chính theo hướng dẫn tại Điều 16 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 6/11/2013 của Bộ Tài chính.

- Về thuế nhà thầu: Chi nhánh không có tư cách pháp nhân, hoạt động theo sự ủy quyền của Công ty, nếu không có ký kết hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ với tổ chức nước ngoài thì không phải kê khai nộp hộ thuế nhà thầu nước ngoài.