Trong các câu hỏi vướng mắc nêu ra tại hội nghị đối thoại, các doanh nghiệp Hà Lan cho rằng gặp khá nhiều vướng mắc về thực hiện kiểm tra chuyên ngành, hoạt động này đã cản trở trong hoạt động XNK của doanh nghiệp, nên doanh nghiệp kiến nghị một số nội dung nhằm đơn giản hóa thủ tục kiểm tra chuyên ngành, như: công nhận kết quả lẫn nhau; áp dụng quản lý rủi ro trong kiểm tra chuyên ngành… 

Giải đáp các vướng mắc của doanh nghiệp, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP.HCM Nguyễn Hữu Nghiệp cho biết, về vấn đề kiểm tra chuyên ngành, để tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, cơ quan Hải quan đã có đề xuất công nhận kết quả kiểm tra của các nước; những lô hàng nhập về làm nguyên liệu mua của cùng nhà sản xuất, đã kiểm tra nhiều lần nhưng không phát hiện vi phạm nên áp dụng cơ chế quản lý rủi ro, bỏ kiểm tra chuyên ngành đối với những mặt hàng này. Thực hiện phân luồng đối với hàng hóa kiểm tra chuyên ngành, tăng tỷ lệ kiểm tra đối với hànghóa nhập khẩu từ những nước trọng điểm, giảm tỷ lệ kiểm tra đối với hàng hóa nhập khẩu từ những nước an toàn…

Đại diện một doanh nghiệp đóng tại Khu công nghiệp Phan Thiết- Bình Thuận chuyên nhập khẩu nguyên liệu để sản xuất giấy decal, nêu câu hỏi về hướng dẫn về Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Đại diện doanh nghiệp này cho rằng, từ 1-9-2016, theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, những lô hàng nguyên liệu để sản xuất giấy decal được miễn thuế. Tuy nhiên, những khoản thuế đã nộp trước đó, nhưng hàng hóa vẫn còn tồn kho chưa xuất khẩu thì có được hoàn hay không.

Trả lời câu hỏi của doanh nghiệp, Cục Hải quan TP.HCM cho rằng, theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu 2016, hàng nhập khẩu SXXK được miễn thuế. Liên quan đến vấn đề này, Bộ Tài chính đã có văn bản hướng dẫn rất rõ, tờ khai thực hiện từ 1-9-2016 được miễn thuế, nhưng đối với tờ khai nhập khẩu trước 1-9-2016 xảy ra rất nhiều trường hợp.

Nếu nguyên liệu nhập khẩu SXXK chưa xuất khẩu, doanh nghiệp kê khai để được miễn thuế theo tờ khai mới, nếu còn tồn kho chưa sản xuất doanh nghiệp cũng thực hiện kê khai lại theo mẫu tờ khai mới, để cơ quan Hải quan xem xét miễn thuế lượng nguyên phụ liệu tồn. Sản phẩm chưa xuất khẩu, đã quá 275 ngày, doanh nghiệp đã nộp thuế, khi nào doanh nghiệp xuất khẩu sẽ làm thủ tục hoàn thuế theo quy định.

Đại diện Công ty điện tử Philips Việt Nam nêu câu hỏi, khi hàng nhập khẩu đã thông quan, nhưng phía nước ngoài thông báo xuất hóa đơn sai, doanh nghiệp có được khai bổ sung hay không. Vướng mắc này được ông Nguyễn Hữu Nghiệp hướng dẫn, trong các trường hợp cụ thể, doanh nghiệp chủ động liên hệ với cơ quan Hải quan để khai bổ sung. Nếu không thực hiện, khi kiểm tra sau thông quan, cơ quan Hải quan phát hiện doanh nghiệp thanh toán giá cao hơn giá khai báo hải quan thì ngoài việc bị truy thu thuế, DN còn bị phạt về hành vi gian lận thuế. 

Trả lời vướng mắc của một số doanh nghiệp trong việc áp mã HS code đối với hàng nhập khẩu, Cục Hải quan TP.HCM cho rằng, áp dụng Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp muốn được áp dụng mức thuế ưu đãi phải khai báo rõ loại hình nhập khẩu của mình, vì theo quy định chỉ miễn thuế đối với loại hình nhập khẩu SXXK, còn nhập khẩu theo loại hình kinh doanh không được miễn thuế. 

Không chỉ nêu các vướng mắc, một số doanh nghiệp cũng đưa ra một số kiến nghị đối với cơ quan Hải quan. Doanh nghiệp cho rằng, việc quy định phải nộp C/O ưu đãi đặc biệt ngay khi nhập khẩu hàng hóa dễ dẫn đến ách tắc hàng hóa tại cửa khẩu. Doanh nghiệp kiến nghị, cơ quan Hải quan cần tăng cường kiểm tra sau thông quan chứ không nên chặn ngay từ khâu nhập khẩu bằng các biện pháp quản lý chung đối với các doanh nghiệp; xem xét lại quy định tại Nghị định 68 phải xin phép Tổng cục Hải quan về việc thu hẹp hay mở rộng kho ngoại quan, thay vì xin phép tại Hải quan địa phương như trước đây. 

Tại hội nghị, Phó Cục trưởng Cục Hải quan TP.HCM Nguyễn Hữu Nghiệp đã giới thiệu cho doanh nghiệp những điểm mới trong Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu có hiệu lực 1-9-2016, trong đó lưu ý doanh nghiệp để được hưởng mức thuế ưu đãi đặc biệt phải có giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa, phải nộp ngay khi làm thủ tục đăng kí tờ khai, không được nợ C/O như quy định trước đây. Đồng thời, lưu ý các doanh nghiệp trong việc quản lý chặt chẽ chữ kí số; lựa chọn đại lý hải quan có uy tín để thực hiện hoạt động XNK…