Tại Việt Nam, trước năm 2015, QLRR là một nội dung còn khá mới. Để chuẩn bị cho việc áp dụng QLRR, Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính đã có những bước chuẩn bị từ cơ chế, chính sách đến việc triển khai thí điểm ứng dụng trong nội ngành Thuế.

Cụ thể, năm 2015, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định số 2176/QĐ-TCT ngày 10/11/2015 về việc cơ quan thuế các cấp áp dụng QLRR trong công tác lập kế hoạch thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở NNT. Bộ tiêu chí gồm 20 chỉ số với việc gán điểm rủi ro tương ứng với các mức độ rủi ro và quy mô doanh nghiệp, từ đó tiến hành lựa chọn NNT để phục cho việc thanh tra, kiểm tra thuế.

Trên cơ sở những kết quả đạt được từ việc triển khai thí điểm ứng dụng QLRR vào hoạt động thanh tra thuế, Bộ Tài chính đã tham mưu trình Chính phủ trình Quốc hội đưa nội dung QLRR vào Luật Quản lý thuế; đồng thời Bộ Tài chính cũng ban hành Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 về áp dụng QLRR trong quản lý thuế. Những văn bản pháp lý trên đã tạo hành lang pháp lý quan trọng cho việc áp dụng QLRR trong quản lý thuế một cách đầy đủ, toàn diện, trong các khâu của nghiệp vụ quản lý thuế, góp phần cải cách, hiện đại hóa công tác quản lý thuế, nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý thuế trong tình hình mới và phù hợp với thông lệ quốc tế.

Tại Thông tư số 204/2015/TT-BTC, Bộ Tài chính giao Tổng cục Thuế nghiên cứu, xây dựng và trình Bộ ban hành Bộ tiêu chí và chỉ số phục vụ QLRR đáp ứng yêu cầu quản lý thuế trong từng thời kỳ và phù hợp với các quy định của pháp luật thuế. Các tiêu chí phân loại rủi ro gồm: Đánh giá tuân thủ pháp luật thuế đối với NNT; Đánh giá xếp hạng mức độ rủi ro đối với NNT; Lựa chọn trường hợp kiểm tra về đăng ký thuế; Lựa chọn hồ sơ khai thuế kiểm tra tại trụ sở cơ quan quản lý thuế; Phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế và lựa chọn đối tượng hồ sơ có dấu hiệu rủi ro để bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế...

Thông tư số 204/2015/TT-BTC nêu rõ, điều kiện và tiêu thức để phân loại NNT theo mức độ tuân thủ pháp luật thuế, mức độ rủi ro. Cùng với đó, Bộ Tài chính đã ban hành các văn bản quy định áp dụng QLRR trong các khâu nghiệp vụ quản lý thuế như: Quyết định số 1005/QĐ-BTC ngày 1/11/2016 về bộ tiêu chí áp dụng QLRR trong công tác phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chon doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế; Quyết định số 1006/QĐ-BTC ngày 1/11/2016 về ban hành bộ tiêu chí, chỉ số lựa chọn doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra tại trụ sở NNT; Quyết định số 253/QĐ-BTC ngày 20/03/2017 về ban hành bộ tiêu chí và chỉ số phân tích thông tin đánh giá NNT có dấu hiệu rủi ro trong việc tạo, in, phát hành và sử dụng hóa đơn.

Theo thống kê của Tổng cục Thuế, với việc áp dụng QLRR, trong giai đoạn 2016-2020, cơ quan thuế các cấp đã thực hiện 472.868 cuộc thanh tra, kiểm tra, xử lý truy thu, truy hoàn và phạt trên 89.896 tỷ đồng. Trong đó, đã thực hiện thanh tra 35.757 cuộc, truy thu, truy hoàn và phạt 48.423 tỷ đồng, số thuế truy thu, truy hoàn và phạt bình quân một cuộc thanh tra tăng từ 1.134 triệu đồng (năm 2016) lên 1.969 triệu đồng (năm 2020), tương ứng mức tăng 173,7%.

Về kiểm tra thuế, toàn ngành Thuế đã thực hiện 437.111 cuộc kiểm tra tại trụ sở NNT, xử lý truy thu, truy hoàn và phạt 41.473 tỷ đồng. Số thuế truy thu thêm so với số thuế DN kê khai cho thấy, cơ quan thuế đã nỗ lực trong phân tích rủi ro, tìm ra những sai phạm trọng yếu, số thuế truy thu bình quân cao. Điều này cho thấy, công tác QLRR trong thanh tra, kiểm tra đã phát huy hiệu quả và mang lại số thuế truy thu lớn cho ngân sách nhà nước.

Tiếp tục các kết quả đã đạt được, đặc biệt kể từ khi Quốc hội khóa XV thông qua Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH15, theo đó QLRR trong quản lý thuế được quy định cụ thể tại Điều 9, đồng thời trực tiếp giao Bộ Tài chính quy định cụ thể tiêu chí để đánh giá việc tuân thủ, phân loại rủi ro đối với NNT. Ngày 17/5/2021, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 31/2021/TT-BTC để thay thế Thông tư số 204/TT-BTC nhằm cụ thể hóa công tác áp dụng QLRR trong quản lý thuế và đặc biệt giao quyền cho Tổng cục Thuế ban hành chi tiết bộ chỉ số tiêu chí để phù hợp với tình hình thực tế, cũng như chủ động trong công tác quản lý của ngành.

Từ sau khi Thông tư số 31/2021/TT-BTC có hiệu lực, Tổng cục Thuế sát sao chỉ đạo xây dựng, hoàn thiện các quy định về QLRR bằng việc ban hành các bộ chỉ số tiêu chí, quy trình thực hiện để đáp ứng theo các ngiệp vụ quản lý thuế như: Quyết định số 1158/QĐ-TCT ngày 03/8/2021 về việc ban hành Bộ chỉ số tiêu chí lựa chọn NNT có dấu hiệu rủi ro để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở NNT; Quyết định số 78/QĐ-TCT ngày 2/2/2023 về QLRR trong quản lý và sử dụng hóa đơn; Quyết định số 1582/QĐ-TCT ngày 6/10/2022 về lựa chọn hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng, tiêu thụ đặc biệt, thu nhập doanh nghiệp để kiểm tra tại cơ quan thuế; Quyết định số 1388/QĐ-TCT ngày 18/9/2023 về áp dụng QLRR trong phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng.