Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT.

Cụ thể, tại Khoản 6 Điều 14 quy định về nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào: Số thuế GTGT đã nộp theo Quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan được khấu trừ toàn hộ, trừ trường hợp cơ quan hải quan xử phạt về gian lận, trốn thuế và tại Điều 15 quy định điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Căn cứ Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP 12/2/2015 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng, cung ứng dịch vụ.

Cụ thể, tại Khoản 10 Điều 1 sửa đổi, bổ sung Điều 15 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT- BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính).

Căn cứ Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối vói hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Tại Điều 49 quy định về xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu là nộp thừa trong các trường hợp cụ thể như:

Người nộp thuế có sổ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp (bao gồm cả thuế GTGT đã nộp đổi với hàng hóa đã nhập khẩu nhung tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài hoặc tái xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan;

Hàng hóa đã xuất khẩu nhưng nhập khẩuu trở lại Việt Nam;

Hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế giá trị gia tăng theo quỵ định, sau đó đã thực tế xuất khẩu sản phẩm) đối với từng loại thuế trong thời hạn 10 năm kế từ ngày nộp tiền vào NSNN thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với sô tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ, kể cả việc bù trừ giữa các loại thuế với nhau;Hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo;Hoặc hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt;

Trừ trường hợp không được miễn xử phạt do đã thực hiện quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan quản lý thuế hoặc cơ quan nhà nước có thấm quyền quy định tại khoản 2 Điều 111 Luật Quản lý thuế;

Thẩm quyền quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Cơ quan hải quan nơi có phát sinh tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa cho người nôp thuế theo quy định. 

Số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý đồng thời với hoàn thuế nhập khẩu (nếu có) và thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 132 Thông tư này.

Tại Khoản 13 Điều 129 quy định về thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ xét hoàn thuế, không thu thuế. Chi cục trưởng Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan quyết định việc hoàn thuế, không thu thuế cho người nộp thuế theo quy định tại Thông tư này.

Bên cạnh đó, tại Tiết b.3 Khoản 4 Điều 132 quy định về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiên phạt nộp thừa.

Cụ thể, trường hợp người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa: Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai điều chỉnh số tiền thuế GTGT đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế.

Căn cứ vào các quy định trên, trường hợp Công ty Liên doanh TNHH Hino Motors Việt Nam (sau đây gọi tắt là Công ty) đã nộp số thuế GTGT do cơ quan Hải quan ấn định tại khâu nhập khẩu theo Quyết định số 235/QĐ-KTSTQ ngày 03/6/3016.

Sau đó, cơ quan Hải quan ra quyết định sửa đổi một phần Quyết định ấn định thuế dẫn đến số tiền thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa thì Công ty được hoàn lại số thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa đồng thời với số hoàn thuế nhập khẩu (nếu có) theo quy định tại điểm 5 Điều 49 Thông tư 38/2015/TT-BTC.

Đề nghị Công ty liên hệ với cơ quan Hải quan để thực hiện hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa theo quy định tại Khoản 4 Điều 49 và Khoản 13 Điều 129 Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính nêu trên.

Trường hợp, Công ty đã kê khai khấu trừ toàn bộ số tiền thuế GTGT nhập khẩu theo quyết định ấn định lần đầu của cơ quan Hải quan với cơ quan Thuế trên tờ khai 01/GTGT thì Công ty có trách nhiệm tự kê khai, điều chỉnh số tiền thuế GTGT đã được cơ quan hải quan hoàn nhưng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được cơ quan thuế hoàn thuế theo quy định.

Trường hợp, Công ty không đề nghị hoàn thuế GTGT nhập khẩu nộp thừa thì Công ty được kê khai khấu trừ toàn bộ số tiền thuế GTGT nhập khẩu đã nộp theo quyết định ấn định lần đầu của cơ quan Hải quan.