Cục Thuế TP. Hà Nội cho biết, điểm c khoản 1 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn khai thuế giá trị gia tăng (GTGT): Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc.

Nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.

Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính đã có những hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế GTGT. Trong đó, điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Tại Điều 19 hướng dẫn điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT: “Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại điểm 1, 2, 3, 4, 5 Điều 18 Thông tư này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư (giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền, có con dấu theo đúng quy định của pháp luật, lập và lưu giữ sổ kể toán, chứng từ kế toán theo quy định, của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh”.

Khoản 10 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào:

Có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 20 triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới 20 triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài”.

Bên cạnh đó, khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính đã có những sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 219/2013/TT- BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế TGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT (đã được sửa đổi, bổ sung theo Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014, Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 và Thông tư số 26/2015/TT- BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính).

Căn cứ các quy định nêu trên, Cục Thuế TP. Hà Nội cho biết, trường hợp chi nhánh Công ty NHHH Phát triển hạ tầng di động không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện kê khai thuế tập trung tại trụ sở chính, Công ty được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn phục vụ cho sản xuất kinh doanh hàng hóa dịch vụ chịu thuế GTGT có ghi tên, địa chỉ, mã số thuế của Chi nhánh nếu đáp ứng các điều kiện về khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Công ty căn cứ trên cơ sở bảng kê chứng từ kế toán và toàn bộ chứng từ kế toán (bao gồm cả hóa đơn GTGT đầu vào) do Chi nhánh chuyển về để thực hiện hạch toán kế toán, kê khai khấu trừ thuế GTGT theo quy định.