Theo Điều 15, Nghị định số 123/2020/NĐ-CP, hai trường hợp doanh nghiệp được đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế, đó là:

Thứ nhất, doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh thuộc diện sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế không phải trả tiền dịch vụ thì có thể đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế không phải trả tiền dịch vụ.

Thứ hai, doanh nghiệp là tổ chức kết nối chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử theo hình thức trực tiếp đến cơ quan thuế.

Các doanh nghiệp đủ điều kiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế thực hiện đăng ký theo mẫu tại Phụ lục IA ban hành kèm theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP. theo các bước sau:

Bước 1, truy cập vào Cổng hóa đơn điện tử Tổng cục Thuế (tại hoadondientu.gdt.gov.vn) và điền các thông tin tại Tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử bao gồm: tên người nộp thuế, mã số thuế, cơ quan thuế quản lý, người liên hệ, địa chỉ liên hệ, điện thoại liên hệ, thư liên hệ.

Bước 2, tích lựa chọn hình thức hóa đơn có mã hoặc không có mã: Có mã của cơ quan thuế; Không có mã của cơ quan thuế.

Bước 3, tích lựa chọn sử dụng hóa đơn điện tử có mã phải trả tiền dịch vụ hay không phải trả tiền dịch vụ

Bước 4, lựa chọn phương thức chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử

Bước 5, lựa chọn loại hóa đơn sử dụng Hóa đơn GTGT; Hóa đơn bán hàng; Hóa đơn bán tài sản công; Hóa đơn bán hàng dự trữ quốc gia; Các loại hóa đơn khác; Các chứng từ được in, phát hành, sử dụng và quản lý như hóa đơn.

Bước 6, điền các danh sách chứng thư số sử dụng

Bước 7, đăng ký ủy nhiệm lập hóa đơn (nếu có)

Bước 8, điền đầy đủ ngày tháng năm và ký tên người nộp thuế.

Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế gửi thông báo điện tử trực tiếp theo mẫu tại Phụ lục IB ban hành kèm theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP về việc tiếp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử cho doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh qua địa chỉ thư điện tử đã đăng ký với cơ quan thuế đối với trường hợp doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trực tiếp tại Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trong thời gian 01 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, cơ quan thuế có trách nhiệm gửi thông báo điện tử theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT Phụ lục IB ban hành kèm theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP cho doanh nghiệp về việc chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử. Trong đó, với trường hợp được chấp nhận, doanh nghiệp tiến hành xuất hóa đơn điện tử theo Nghị định số 123/2020/NĐ-CP;  trường hợp không được chấp nhận, doanh nghiệp thực hiện điều chỉnh, bổ sung nội dung theo yêu cầu của cơ quan thuế và gửi lại theo các bước trên.