Theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng (GTGT), pháp luật kế toán và pháp luật về hóa đơn, cơ sở kinh doanh khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ phải có hóa đơn, chứng từ. Hóa đơn là tài liệu ghi nhận giao dịch bán hàng hóa, dịch vụ giữa người bán và người mua.

Quy định cụ thể về sử dụng và quản lý hóa đơn, ngày 7/11/2002, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07/11/2002 của Chính phủ quy định về việc in, phát hành, sử dụng, quản lý hóa đơn. Theo đó, Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) đặt in hóa đơn để bán cho tất cả các cơ sở kinh doanh trên cả nước.

Ngày 14/5/2010, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP quy định về hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ. Tại Nghị định này, đã có sự thay đổi trong cơ chế phát hành, quản lý hóa đơn khi cho phép chuyển đổi phương thức phát hành, quản lý hóa đơn từ cơ chế “doanh nghiệp mua hóa đơn của cơ quan thuế” sang cơ chế “doanh nghiệp tự đặt in, tự in hóa đơn hoặc sử dụng HĐĐT nếu đủ điều kiện” để sử dụng.

Để sửa đổi những bất cập trong việc sử dụng hóa đơn quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP, ngày 17/01/2014, Chính phủ ban hành Nghị định số 04/2014/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 51/2010/NĐ-CP. Theo đó, doanh nghiệp thuộc diện rủi ro phải mua hóa đơn của cơ quan thuế để sử dụng trong 12 tháng, sau đó mới được chuyển sang sử dụng hóa đơn đặt in, tự in hoặc HĐĐT nếu đủ điều kiện.

Để hướng dẫn cụ thể các doanh nghiệp, đơn vị sử dụng hóa đơn, ngày 31/3/2014, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 39/2014/TT-BTC hướng dẫn chung về hoá đơn và Thông tư số 32/2011/TT-BTC ngày 14/3/2011 hướng dẫn về HĐĐT của doanh nghiệp (không có mã xác thực của cơ quan thuế).

Tuy nhiên, qua thực tế triển khai thực hiện Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 04/2014/NĐ-CP ngày 17/01/2014, ngành Thuế đã phát hiện một số đối tượng lợi dụng sự thông thoáng của Luật Doanh nghiệp khi không kinh doanh nhưng vẫn sử dụng hóa đơn, xuất hóa đơn khống, sử dụng hóa đơn lòng vòng để khấu trừ, hoàn khống thuế GTGT hoặc rút tiền thanh toán từ ngân sách nhà nước, không kê khai nộp thuế để trốn thuế.

Để hạn chế các trường hợp lợi dụng gian lận trong việc sử dụng hóa đơn, ngày 12/2/2015, Chính phủ ban hành Nghị định số 12/2015/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế.

Cụ thể, Điều 5 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP nêu rõ: Người nộp thuế (bao gồm cả tổ chức và cá nhân) kinh doanh thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế thì lập HĐĐT và gửi thông tin trên hóa đơn bằng phương thức điện tử cho cơ quan thuế để nhận mã xác thực hóa đơn từ cơ quan thuế.

Ngay sau đó, Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định số 1209/QĐ-BTC ngày 23/6/2015 thí điểm sử dụng HĐĐT có mã xác thực của cơ quan thuế. Theo các quy định trên, các doanh nghiệp đang sử dụng 2 loại HĐĐT: HĐĐT không có mã xác thực của cơ quan thuế theo Thông tư số 32/2011/TT-BTC (Cơ quan thuế không công bố định dạng chuẩn dữ liệu mà doanh nghiệp tự xây dựng định dạng) và HĐĐT có mã xác thực của cơ quan thuế theo Quyết định số 1209/QĐ-BTC của Bộ Tài chính.

Để nâng cao tính pháp lý của việc sử dụng, quản lý hóa đơn, chứng từ, Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 cũng đã bổ sung 1 chương quy định về hóa đơn, chứng từ điện tử với nguyên tắc khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập HĐĐT để giao cho người mua theo định dạng chuẩn dữ liệu. Đồng thời, Chính phủ cũng đã ban hành Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 quy định về hóa đơn, chứng từ theo Luật Quản lý thuế, Luật Thuế GTGT, Luật Kế toán, Luật Giao dịch công nghệ.

Để hướng dẫn chi tiết các đơn vị, doanh nghiệp triển khai thực hiện, ngày 17/9/2021, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 78/2021/TT-BTC hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế ngày 13/6/2019, Nghị định số 123/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về hóa đơn, chứng từ. Đồng thời, Tổng cục Thuế đã ban hành Quyết định số 1450/QĐ-TCT ngày 7/10/2021 quy định thành phần chứa dữ liệu nghiệp vụ HĐĐT và phương thức truyền nhận với cơ quan thuế và Quy trình quản lý HĐĐT theo Quyết định số 1447/QĐ-TCT ngày 5/10/2021 để phục vụ triển khai HĐĐT. 

Theo các quy định tại các văn bản trên, doanh nghiệp đã sử dụng HĐĐT theo Thông tư số 32/2011/TT-BTC sẽ chuyển đổi định dạng hóa đơn theo quy định chuẩn định dạng của cơ quan thuế để chuyển dữ liệu hóa đơn cho người mua và chuyển đến cơ quan thuế qua đơn vị trung gian. Một số ít doanh nghiệp sử dụng hóa đơn số lượng lớn, có hạ tầng công nghệ thông tin đáp ứng điều kiện như VNPT, Viettel... sẽ kết nối trực tiếp để chuyển dữ liệu hóa đơn cho cơ quan thuế. Đồng thời, đến nay, Tổng cục Thuế cũng đã tiếp nhận đề nghị và ký hợp đồng với 18 tổ chức truyền nhận dữ liệu HĐĐT và đăng tải công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để người nộp thuế có thông tin lựa chọn dịch vụ theo yêu cầu.