Về chứng từ kế toán, Thông tư số 90/2021/TT-BTC quy định, Quỹ lập, sử dụng, bảo quản và lưu trữ chứng từ kế toán theo quy định của Luật Kế toán 2015 và các văn bản có liên quan.

Quỹ được chủ động thiết kế, xây dựng hệ thống và biểu mẫu chứng từ kế toán phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý của Quỹ nhưng phải đáp ứng các quy định của Luật Kế toán 2015 và đảm bảo nguyên tắc rõ ràng, minh bạch, kịp thời, dễ kiểm tra, kiểm soát và đối chiếu.

Quỹ mở sổ kế toán để ghi chép, hệ thống và lưu giữ toàn bộ các nghiệp vụ kinh tế, tài chính đã phát sinh có liên quan đến Quỹ. Quỹ phải tuân thủ các quy định của Luật Kế toán 2015 và các văn bản có liên quan về sổ kế toán. Quỹ được chủ động thiết kế, xây dựng hệ thống và biểu mẫu sổ kế toán phù hợp với đặc điểm hoạt động và yêu cầu quản lý của Quỹ nhưng phải đáp ứng các quy định của Luật Kế toán 2015 và đảm bảo trình bày thông tin đầy đủ, rõ ràng, dễ kiểm tra, kiểm soát.

Quỹ thuộc đối tượng áp dụng Thông tư này phải khóa sổ kế toán và lập báo cáo tài chính để gửi cơ quan có thẩm quyền và các đơn vị có liên quan theo quy định. Việc lập báo cáo tài chính phải được căn cứ vào số liệu kế toán sau khi khóa sổ kế toán.

Báo cáo tài chính phải được lập đúng nội dung, phương pháp theo quy định và được trình bày nhất quán giữa các kỳ kế toán, trường hợp báo cáo tài chính trình bày khác nhau giữa các kỳ kế toán thì phải thuyết minh rõ lý do. Báo cáo tài chính phải có chữ ký của người lập, kế toán trưởng và người đại diện theo pháp luật của Quỹ. Người ký báo cáo tài chính phải chịu trách nhiệm về nội dung của báo cáo.

Thông tư số 90/2021/TT-BTC nêu rõ, báo cáo tài chính phải được phản ánh một cách trung thực, khách quan về nội dung và giá trị các chỉ tiêu báo cáo; trình bày theo một cấu trúc chặt chẽ, có hệ thống về tình hình tài chính, kết quả hoạt động và các luồng tiền từ hoạt động của Quỹ. Báo cáo tài chính phải được lập kịp thời, đúng thời gian quy định, trình bày rõ ràng, dễ hiểu, chính xác thông tin, số liệu kế toán. Thông tin, số liệu báo cáo phải được phản ánh liên tục, số liệu của kỳ này phải được kế tiếp số liệu của kỳ trước.

Về kỳ lập báo cáo tài chính năm, Quỹ phải lập báo cáo tài chính vào cuối kỳ kế toán năm theo quy định của Luật Kế toán 2015. Đối với kỳ lập báo cáo tài chính giữa niên độ, trường hợp cơ chế tài chính hoặc pháp luật có liên quan quy định lập thêm báo tài chính theo kỳ kế toán giữa niên độ thì ngoài báo cáo tài chính năm Quỹ phải lập cả báo cáo tài chính giữa niên độ.

Báo cáo tài chính năm của các Quỹ phải được nộp trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc kỳ kế toán năm. Trường hợp Quỹ phải lập báo cáo tài chính theo kỳ kế toán khác thì thời hạn nộp báo cáo tài chính theo quy định của cơ chế tài chính và quy định của pháp luật có liên quan.

Thông tư số 90/2021/TT-BTC có hiệu lực kể từ ngày 01/01/2022. Các Quỹ đang áp dụng kế toán theo quy định tại Thông tư số 107/2017/TT-BTC ngày 10/10/2017 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ kế toán hành chính, sự nghiệp, Thông tư số 200/2014/TT-BTC ngày 22/12/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ kế toán doanh nghiệp và các Quỹ có chế độ kế toán đặc thù đã được Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn riêng (Quỹ đầu tư phát triển địa phương, Quỹ bảo vệ môi trường Việt Nam, Quỹ dịch vụ viễn thông công ích) áp dụng hướng dẫn kế toán theo quy định tại Thông tư này chậm nhất từ năm tài chính bắt đầu từ ngày 01/01/2025.

Thông tư số 209/2015/TT-BTC ngày 28/12/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn kế toán áp dụng với Quỹ đầu tư phát triển địa phương, Thông tư số 317/2016/TT-BTC ngày 07/12/2016 hướng dẫn kế toán áp dụng đối với Quỹ bảo vệ môi trường Việt Nam, Quyết định số 74/2007/QĐ-BTC ngày 21/8/2007 của Bộ Tài chính ban hành chế độ kế toán áp dụng Quỹ dịch vụ viễn thông công ích và Thông tư số 174/2010/TT-BTC ngày 04/11/2010 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung chế độ kế toán Quỹ dịch vụ viễn thông công ích Việt Nam ban hành kèm theo Quyết định số 74/2007/QĐ-BTC ngày 21/8/2007 hết hiệu lực kể từ ngày 01/01/2025.