Bộ Tài chính, đã chỉ ra nhiều khó khăn trong quản lý thuế đối với thương mại điện tử: Nhiều loại giao dịch phức tạp mà cơ quan quản lý chưa nắm bắt được (Ví dụ: trang mạng nước ngoài bán quảng cáo cho doanh nghiệp Việt Nam, mua quảng cáo từ doanh nghiệp Việt Nam…); toàn bộ quá trình giao dịch đều thực hiện online, thỏa thuận qua email ( nhiều công ty Việt Nam giao dịch với họ cũng chưa gặp mặt trực tiếp). Hình thức thanh toán: thanh toán qua mạng bằng thẻ tín dụng cá nhân hoặc chuyển khoản từ tài khoản cá nhân người mua sang tài khoản cá nhân người bán hoặc bằng tiền mặt nên khó kiểm soát.

Ngoài ra, đối với cá nhân bán hàng qua mạng xã hội facebook, zalo… thì có vấn đề cụ thể sau: Theo quy định của Luật thuế thu nhập cá nhân và các văn bản hướng dẫn thì cá nhân có thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ ( không bao gồm thu nhập của cá nhân kinh doanh có doanh thu từ 100 triệu đồng/năm trở xuống) phải nộp thuế có nghĩa vụ khai nộp thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ/doanh thu. Đối với thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thì có thể chia thành 2 loại: Loại hình kinh doanh theo phương thức truyền thống; Loại hình kinh doanh trên mạng (TMĐT).

Theo Nghị định số 72/2013/NĐ-CP và Thông tư 38/2016/TT-BTTTT của Bộ TTTT thì cá nhân này không phải đăng ký với cơ quan Nhà nước về việc bán hàng trên mạng. Theo Nghị định số 52/2013/NĐ-CP và Thông tư 47/2014/TT-BCT của Bộ Công thương thì các cá nhân này không phải đăng ký với cơ quan Nhà nước về việc bán hàng trên mạng (do các mạng xã hội này không sử dụng tên miền Việt Nam).

Theo Nghị định số 39/20017/NĐ-CP về cá nhân hoạt động thương mại một cách độc lập, thường xuyên không phải đăng ký kinh doanh thì bao gồm những cá nhân thực hiện các hoạt động thương mại sau: Buôn bán rong; Buôn bán lặt vặt;  Buôn quà vặt;  Buôn chuyến; Thực hiện các dịch vụ đánh giày, bán vé số…và các dịch vụ khác có hoặc không có đại điểm cố định. Các hoạt động thương mại một cách độc lập, thường xuyên không phải đăng ký kinh doanh khác.

Theo quy định của Luật thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 13/2008/QH12 ngày 3/6/2008, Luật thuế thu nhập doang nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 3/6/2008, Luật thuế thu nhập cá nhân số 04/2007/QH12 ngày 21/11/2007 thì: Doanh nghiệp được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử qua mạng tại Việt Nam phải kê khai, nộp thuế GTGT, thuế TNDN theo quy định.

Đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh thương mại điện tử qua mạng tại Việt Nam hoặc có thu nhập từ kinh doanh thương mại điện tử qua mạng tại Việt Nam thì phải nộp thuế GTGT, thuế TNDN theo hướng dẫn tại Thông tư số 103/2014/TT-BTC ngày 06/8/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam.

Đối với cá nhân cư trú tại Việt Nam có hoạt động kinh doanh thương mại điện tử qua mạng có tổng doanh thu từ tất cả các loại hình kinh doanh trong năm (kể cả các loại hình kinh doanh khác ngoài kinh doanh thương mại điện tử qua mạng) trên 100 triệu đồng/năm phải kê khai nộp thuế GTGT, thuế TNCN theo quy định.

Nghị định số 52/2013/NĐ-CP ngày 16/5/2013 của Chính phủ về thương mại điện tử quy định đối tượng áp dụng: Các thương nhân, tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động thương mại điện tử trên lãnh thổ Việt Nam, bao gồm: Thương nhân, tổ chức, cá nhân Việt Nam; Cá nhân nước ngoài cư trú tại Việt Nam; Thương nhân, tổ chức nước ngoài có sự hiện diện tại Việt Nam thông qua hoạt động đầu tư, lập chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc thiết lập website dưới tên miền Việt Nam”.

Như vậy  Nghị định số 52/2013/NĐ-CP ngày 16/5/2013 của Chính phủ chưa điều chỉnh tổ chức nước ngoài hoạt động TMĐT không hiện diện tại Việt Nam, không thiết lập website dưới tên miền Việt Nam.

Nghị định 72/2013/NĐ-CP ngày 15/7/2013 của Chính phủ về quản lý, cung cấp, sử dụng dịch vụ Internet và thông tin trên mạng và Thông tư số 38/2016/TT-BTTTT ngày 26/12/2016 của Bộ Thông tin truyền thông hướng dẫn Nghị định 72/2013/NĐ-CP về việc cung cấp thông tin công cộng qua biên giới, trong đó có quy định các nội dung sau:

Phạm vi điều chỉnh: quy định chi tiết về việc cung cấp thông tin công cộng qua biên giới có người sử dụng tại Việt Nam hoặc có truy cập từ Việt Nam ( hoạt động cung cấp thông tin công cộng qua biên giới).

Đối tượng áp dụng: tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước có liên quan đến hoạt động cung cấp thông tin công cộng qua biên giới.

Các tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân nước ngoài khi cung cấp thông tin cộng cộng qua biên giới có người sử dụng tại Việt Nam hoặc có truy cập từ Việt Nam cần tuân thủ các quy định của pháp luật liên quan của Việt Nam.

Cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam có quyền thực thi các biện pháp cần thiết để bảo đảm thực hiện chính sách quản lý thông tin trên mạng trong trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp thông tin công cộng qua biên giới hoặc không hợp tác với Bộ Thông tin Truyền thông trong việc phối hợp và xử lý thông tin vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều 5 Nghị định số 72/2013/NĐ-CP: Lợi dụng việc cung cấp, sử dụng dịch vụ Internet và thông tin trên mạng nhằm mục đích chống lại Nhà nước; gây phương hại đến an ninh quốc gia; tuyên truyền chiến tranh, khủng bố; tuyên truyền, kích động bạo lực, đồi trụy; tiết lộ bí mật nhà nước…

Như vậy các mạng xã hội (facebook, zalo…) chịu sự quản lý về mặt cung cấp thông tin theo quy định tại Nghị định số 72/2013/NĐ-CP, Thông tư số 38/2016/TT-BTTTT nêu trên.  Để chỉ đạo thu thuế đối với hoạt động kinh doanh TMĐT qua mạng, Bộ Tài chính đã có công văn gửi Cục thuế các tỉnh, thành phố hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai, nộp thuế theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế hiện hành.

Tuy nhiên, để tăng cường quản lý đối với hoạt động kinh doanh TMĐT qua mạng đạt hiệu quả, Bộ Tài chính kiến nghị và đề xuất một số giải pháp như sau: Tích cực phối hợp với Bộ Công thương, Bộ Thông tin Truyền thông trong việc quản lý đối với TMĐT theo quy định tại Nghị định số 52/2013/NĐ-CP, Nghị định số 72/2013/NĐ-CP như: kết nối và chia sẻ cung cấp thông tin giữa Bộ Công thương, Bộ Thông tin Truyền thông và Bộ Tài chính những thông tin về các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực TMĐT phải báo cáo theo quy định của pháp luật.

Để quản lý thu thuế cá nhân bán hàng qua mạng phù hợp với thông lệ quốc tế và thực tế, nghiên cứu bổ sung quy định pháp luật liên quan về chính sách thu thuế đối với hàng hóa giữa các cá nhân bán hàng qua mạng như phương thức thu thuế đối với hàng hóa chuyển phát nhanh qua biên giới ( định hướng về mức thu đối với một sản phẩm hàng hóa có giá trị từ 01 triệu đồng trở lên thì thu thuế GTGT và thuế TNCN theo tỷ lệ (%), không thu thuế đối với một một sản phẩm hàng hóa có giá trị dưới 01 triệu đồng. Trường hợp một sản phẩm hàng hóa  dưới 01 triệu đồng mà tần suất giao dịch từ 2 lần/ngày thì thực hiện thu thuế CTGT và TNCN theo quy định).

Nghiên cứu để thực hiện giải pháp về thanh toán: yêu cầu các dịch vụ xuyên biên giới khi thanh toán phải thanh toán qua cổng thanh toán nội địa (thông qua Công ty cổ phần thanh toán quốc gia - Trung tân Napas của NHNN). Từ đó cơ quan thuế mới kiểm soát được doanh thu của các dịch vụ này để có cơ sở đề nghị tổ chức nước ngoài khấu trừ nộp thuế. Đối với với loại hình này các nước Châu Âu, Ấn đọ, Hàn quốc đã thực hiện giải pháp thanh toán trên.

Bộ Tài chính thống nhất với đề xuất của Bộ Thông tinTruyền thông đề nghị Google thiết lập đầu mối đại diện chính thức của Google tại Việt Nam và đề nghị Bộ Thông tin Truyền thông phối hợp với Bộ Tài chính đề nghị nhà cung cấp nước ngoài như ( Google, Facebook…) khai báo, nộp thuế nhà thầu đối với các dịch vụ mà tổ chức nước ngoài có cung cấp cho tổ chức, cá nhân ở Việt Nam. Cơ quan thuế sẽ thông báo cho nhà cung cấp nước ngoài biết, đồng thời thông báo cho cơ quan thuế nước sở tại (nơi có cơ sở thường trú của tổ chức hoặc cư trú của cá nhân) biết.

Phối hợp và trao đổi cung cấp thông tin cơ quan thuế đối với các công ty cung cấp dịch vụ Internet (VDC, FPT, Mobiphone, Vinaphone, Viettel…) về số lượng và giá trị giao dịch TMĐT; về việc thanh toán qua ngân hàng trong các giao dịch TMĐT. Phối hợp với các cơ quan ban ngành có liên quan rà soát để sửa đổi, bổ sung quy định về xử lý vi phạm trong lĩnh vực TMĐT, lĩnh vực thuế để tăng cường tính răn đe đối với các tổ chức, cá nhân hoạt động trong kinh doanh TMĐT cố tình trốn thuế, tránh thuế.