Có thể thấy nguyên nhân khách quan của thực trạng trên là do một số đơn vị được kiểm toán còn thể hiện sự đối phó với KTNN như: Không cung cấp đầy đủ hoặc cố tình cung cấp không kịp thời các thông tin, số liệu, sổ sách kế toán phục vụ công tác kiểm toán; làm ảnh hưởng và gây khó khăn cho công tác kiểm toán từ khâu khảo sát, lập kế hoạch, chọn mẫu kiểm toán, xác định trọng yếu rủi ro ban đầu đến việc cung cấp hồ sơ tài liệu phục vụ để đưa ra kết luận kiểm toán. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng cũng như thời gian phát hành BCKT.

Thêm vào đó, một số vấn đề tồn tại được phát hiện trong quá trình kiểm toán của Tổ, Đoàn kiểm toán không được đơn vị được kiểm toán giải trình kịp thời dẫn đến chậm trễ trong việc kết luận kiểm toán và phát hành BCKT.

Bên cạnh nguyên nhân khách quan, còn có những nguyên nhân chủ quan như:

 - Công tác chuẩn bị, lập kế hoạch kiểm toán chi tiết của một số Đoàn, Tổ kiểm toán còn hạn chế; trình độ chuyên môn nghiệp vụ, kinh nghiệm trong kiểm toán của một số kiểm toán viên còn bất cập.

- Khi kết thúc kiểm toán, một số vấn đề tồn tại hay những phát hiện “nhạy cảm” trong quá trình kiểm toán chưa được xử lý dứt điểm; một số kết luận kiểm toán ban đầu đưa ra còn chưa có đầy đủ các bằng chứng kiểm toán xác thực, tin cậy và phù hợp với các quy định của pháp luật hiện hành.

 - Công tác phối hợp giữa Đoàn kiểm toán với các Vụ chức năng thuộc KTNN chưa nhịp nhàng nên đôi lúc dẫn đến công tác phát hành báo cáo bị chậm so với quy định…

Để góp phần nâng cao chất lượng và tiến độ trong lập và phát hành BCKT, xin đề xuất một số giải pháp sau:

Thứ nhất, trong công tác lập kế hoạch kiểm toán cần chú trọng tăng cường khảo sát, thu thập đầy đủ thông tin từ nhiều nguồn về đối tượng được kiểm toán cũng như phân tích BCTC của các đối tượng kiểm toán; chú trọng trong việc xác định trọng yếu rủi ro và chọn mẫu kiểm toán; Bám sát các mục tiêu kiểm toán, kế hoạch kiểm toán tổng thể được lãnh đạo Kiểm toán Nhà nước phê duyệt để thực hiện các cuộc kiểm toán đảm bảo chất lượng và đúng thời gian; Xây dựng các đề cương kiểm toán làm định hướng cho lập kế hoạch và thực hiện các cuộc kiểm toán.

Thứ hai, trong quá trình thực hiện kiểm toán, các kiểm toán viên (KTV), Tổ kiểm toán cần thu thập đầy đủ các bằng chứng kiểm toán xác thực, hợp lý trước khi đưa ra kết luận kiểm toán; thực hiện kiểm toán theo đúng kế hoạch kiểm toán đã được phê duyệt cũng như bám sát mục tiêu kiểm toán đã đề ra và tuân thủ nghiêm các quy trình, chuẩn mực kiểm toán do KTNN ban hành; báo cáo và đề xuất kịp thời những vướng mắc trong quá trình thực hiện kiểm toán cho lãnh đạo Đoàn kiểm toán.

Thứ ba, cần nêu cao tinh thần trách nhiệm, ý thức của các KTV và tăng cường trách nhiệm của Tổ tổng hợp, Trưởng Đoàn kiểm toán.

Thứ tư, tăng cường sự chỉ đạo và điều hành sâu sát, cụ thể của lãnh đạo Vụ, lãnh đạo Đoàn kiểm toán; bám sát mục tiêu kế hoạch đã đặt ra, kịp thời nắm bắt và xử lý các vấn đề khó khăn, vướng mắc phát sinh trong hoạt động kiểm toán.

Thứ năm, về công tác nhân sự, cần bố trí nhân lực phù hợp và có năng lực để tăng cường công tác tham mưu kiểm soát chất lượng kiểm toán, thực hiện kiểm tra theo dõi nhật ký làm việc của KTV; kế hoạch kiểm toán chi tiết của Tổ kiểm toán; thẩm định dự thảo BCKT, BCKT, hồ sơ kiểm toán; hoặc tổ chức các cuộc kiểm tra trực tiếp hoặc gián tiếp các Tổ kiểm toán theo quyết định của lãnh đạo Vụ. Bên cạnh đó, tăng cường nhân lực có chất lượng cho Tổ tổng hợp, chú ý năng lực của Tổ trưởng Tổ tổng hợp, khắc phục những hạn chế trong công tác tổng hợp, lập và phát hành BCKT.

Thứ sáu, đẩy mạnh phong trào thi đua về chất lượng BCKT của các Tổ kiểm toán, đánh giá nhận xét và tuyên dương kịp thời đối với những Tổ kiểm toán có BCKT đạt chất lượng cao hay KTV có những phát hiện lớn.

Thứ bảy, thường xuyên tổ chức các lớp đào tạo, đàm thoại, trao đổi kinh nghiệm trong nội bộ từng KTNN khu vực/chuyên ngành cũng như cử KTV tham gia chương trình giảng dạy, đào tạo do KTNN tổ chức; đồng thời khuyến khích đẩy mạnh phong trào thi đua học tập, tự giác nghiên cứu của các KTV.   

Thứ tám, KTNN khu vực/chuyên ngành cần phối hợp tốt với các đơn vị tham mưu, đặc biệt là Vụ Tổng hợp, Vụ Pháp chế, Vụ Chế độ và Kiểm soát chất lượng kiểm toán nhằm thúc đẩy công tác phát hành BCKT; khắc phục hoặc giải trình kịp thời những sai sót tồn tại qua thẩm định BCKT của các Vụ chức năng.