Theo quy định, khoản tiền thu phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen thu bằng đồng Việt Nam (VNĐ) và hời hạn nộp phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học chậm nhất sau 05 ngày kể từ khi nhận được thông báo bằng văn bản của cơ quan tiếp nhận hồ sơ chấp nhận hồ sơ đăng ký là hợp lệ.

Bên cạnh đó, cơ quan thu phí thẩm định hồ sơ cấp Giấy chứng nhận an toàn sinh học đối với cây trồng biến đổi gen được để lại 80%  số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho công tác thẩm định và thu phí như: Chi phí phục vụ trực tiếp cho việc thực hiện công tác thẩm định và thu phí; Chi mua sắm vật tư, nguyên liệu và các khoản chi khác liên quan trực tiếp đến việc thực hiện công tác thẩm định và thu phí; Chi thuê phương tiện, thiết bị phục vụ công tác thẩm định trong điều kiện cơ quan thu phí không có hoặc không đủ để phục vụ công tác thẩm định; Chi sửa chữa thường xuyên, sửa chữa lớn tài sản, máy móc, thiết bị phục vụ...

Ngoài ra, đối với khoản thu giữ lại đó, cơ quan thu phí thực hiện khen thưởng, phúc lợi cho cán bộ, nhân viên trực tiếp thực hiện công tác thẩm định và thu phí trong đơn vị theo nguyên tắc bình quân một năm, một người tối đa không quá 3 tháng lương thực hiện nếu số thu năm nay cao hơn năm trước và tối đa bằng 2 tháng lương thực hiện nếu số thu năm nay thấp hơn hoặc bằng năm trước.

Đối với, tổng số tiền thu được còn lại 20%, cơ quan thu phí có trách nhiệm nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 15/5/2014.